PDB-7x0l: Crystal structure of sugar binding protein CbpB complexed wtih ce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x0l

タイトル

Crystal structure of sugar binding protein CbpB complexed wtih cellotetraose from Clostridium thermocellum

要素

CbpB

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / cellodextrin

機能・相同性

beta-cellotetraose

機能・相同性情報

生物種

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32070125	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32170051	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32171203	中国

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum.
著者: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y.

履歴

登録	2022年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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-
関連構造データ

関連構造データ	7x0gC 7x0hC 7x0iC 7x0jC 7x0kC 7x0mC 7x0nC 7x0oC 7x0pC 7x0qC 7x0rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CbpB

B: CbpB

ヘテロ分子

91.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CbpB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CbpB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.070, 46.560, 119.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.870, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

CbpB

分子量: 45245.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Bis-Tris, pH5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→38.555 Å / Num. obs: 112089 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.086 % / B_iso Wilson estimate: 17 Å² / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.148 / R_rim(I) all: 0.179 / Χ²: 0.954 / Net I/σ(I): 8.15 / Num. measured all: 345880 / Scaling rejects: 1211

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	2.874	0.984	2.45	21898	8660	7619	0.574	1.216	88
1.95-2	2.921	0.829	3.09	22513	8297	7707	0.662	1.019	92.9
2-2.06	2.923	0.493	4.22	22839	8201	7813	0.797	0.606	95.3
2.06-2.12	2.86	0.423	4.91	21713	8001	7591	0.812	0.52	94.9
2.12-2.19	3.019	0.351	5.84	22236	7602	7365	0.868	0.427	96.9
2.19-2.27	3.213	0.342	6.46	23411	7382	7286	0.893	0.411	98.7
2.27-2.36	3.234	0.288	7.02	22856	7176	7068	0.918	0.345	98.5
2.36-2.45	3.211	0.238	7.53	22050	6928	6867	0.942	0.285	99.1
2.45-2.56	3.177	0.206	8.06	20650	6601	6499	0.949	0.248	98.5
2.56-2.69	3.17	0.173	8.68	19598	6264	6183	0.961	0.208	98.7
2.69-2.83	3.13	0.146	9.44	18525	6011	5918	0.964	0.177	98.5
2.83-3	2.991	0.126	9.97	16503	5681	5517	0.969	0.153	97.1
3-3.21	3.013	0.1	11.06	15364	5348	5100	0.981	0.122	95.4
3.21-3.47	3.334	0.085	12.88	16362	4939	4908	0.986	0.101	99.4
3.47-3.8	3.284	0.078	13.87	14985	4615	4563	0.987	0.092	98.9
3.8-4.25	3.256	0.073	14.59	13393	4165	4113	0.988	0.087	98.8
4.25-4.91	3.127	0.068	14.78	11065	3589	3539	0.988	0.082	98.6
4.91-6.01	2.966	0.066	14.41	8435	3082	2844	0.988	0.08	92.3
6.01-8.5	3.273	0.066	15.62	7676	2378	2345	0.99	0.078	98.6
8.5-38.555	3.061	0.078	15.88	3808	1312	1244	0.982	0.093	94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.555 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	3816	3.41 %
R_work	0.1744	108228	-
obs	0.1755	112044	96.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.01 Å² / B_iso mean: 26.5204 Å² / B_iso min: 4.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→38.555 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6334	0	90	579	7003
B_iso mean	-	-	24.53	31.4	-
残基数	-	-	-	-	818

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9-1.924	0.4618	131	0.4662	3616	87
1.924-1.9494	0.657	134	0.5555	3716	88
1.9494-1.9761	0.3458	130	0.3677	3716	91
1.9761-2.0043	0.3606	142	0.2983	3961	95
2.0043-2.0342	0.2376	148	0.2355	3946	95
2.0342-2.066	0.2504	133	0.2234	3980	96
2.066-2.0999	0.2614	144	0.2084	4001	96
2.0999-2.1361	0.2566	134	0.192	3855	93
2.1361-2.1749	0.1987	143	0.1909	3993	97
2.1749-2.2167	0.2331	150	0.1897	4148	99
2.2167-2.262	0.2135	137	0.191	4095	99
2.262-2.3111	0.2314	146	0.1809	4068	98
2.3111-2.3649	0.196	141	0.1612	4112	99
2.3649-2.424	0.1954	144	0.1592	4103	99
2.424-2.4896	0.1916	140	0.1539	4126	99
2.4896-2.5628	0.1841	150	0.1493	4136	98
2.5628-2.6455	0.1957	127	0.1453	4058	98
2.6455-2.74	0.1912	148	0.1502	4149	99
2.74-2.8497	0.2056	133	0.1573	4069	99
2.8497-2.9794	0.2056	150	0.1587	4058	98
2.9794-3.1364	0.2116	134	0.1566	3905	94
3.1364-3.3328	0.2044	148	0.1491	4122	99
3.3328-3.5899	0.1744	147	0.1414	4137	99
3.5899-3.9509	0.1614	144	0.1269	4087	99
3.9509-4.5218	0.1543	150	0.129	4109	99
4.5218-5.6941	0.1614	143	0.1367	4012	97
5.6941-38.5	0.161	145	0.1796	3950	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.114	0.3726	-0.4254	2.6809	-0.77	1.5032	0.0551	-0.134	-0.0258	0.145	-0.0394	0.0621	-0.0084	-0.0443	-0.0291	0.0887	-0.0142	-0.0008	0.138	-0.0259	0.1353	-9.0123	7.7011	44.2027
2	0.6574	0.1578	0.5782	0.8923	0.9132	3.5772	-0.0387	0.0526	-0.0227	-0.0869	-0.0041	0.0257	0.0744	0.0758	0.0128	0.0852	0.0096	0.0018	0.0677	-0.012	0.1607	-3.7006	3.4212	21.7462
3	3.1412	0.0369	0.3873	3.7335	1.4442	4.3732	-0.026	0.2429	0.2043	-0.2089	-0.0478	0.3431	-0.0378	-0.4191	-0.015	0.1208	0.0046	-0.0402	0.1074	0.0082	0.1693	-11.4108	8.9153	6.7695
4	1.1892	0.5834	-0.1246	1.0336	0.2969	0.5706	-0.0241	0.0313	-0.0125	-0.0146	-0.0336	0.1408	0.0202	-0.0881	0.0451	0.0997	0.0252	-0.0078	0.096	-0.0102	0.1643	-6.9027	10.6495	17.5907
5	0.9719	0.3132	0.0645	3.9256	1.9036	4.7948	0.0328	-0.1863	-0.0762	0.2474	-0.2163	0.0351	0.2505	-0.0817	0.1435	0.0145	-0.0189	0.0071	0.1241	0.0254	0.1487	-7.2973	1.7386	45.4462
6	0.532	0.1625	-0.1502	1.173	-0.3654	0.2663	0.0026	0.0242	0.0486	-0.0535	0.0137	0.1473	0.0102	-0.0215	-0.0132	0.1334	0.0084	-0.0056	0.1107	-0.0133	0.1726	-2.2612	14.5111	23.9553
7	0.9852	0.0695	0.5151	1.5084	0.4641	2.8903	0.0746	-0.0116	-0.1297	0.0554	-0.035	0.0032	0.169	0.184	-0.0554	0.1214	0.0393	0.0074	0.1367	0.0441	0.1603	-40.4612	2.188	41.8661
8	0.675	0.3918	-0.576	1.6113	-1.3705	2.3434	-0.0256	-0.0073	0.0466	-0.0464	-0.0183	-0.1675	-0.0657	0.1509	0.0027	0.0926	0.0035	0.0077	0.1052	-0.0198	0.1621	-38.7826	24.8261	17.6313
9	1.6214	0.449	0.1619	1.3779	0.1067	0.5288	-0.0215	-0.0457	-0.0802	-0.0053	0.0019	-0.1896	0.0066	0.0724	0.0165	0.0996	0.0265	0.001	0.1052	-0.0023	0.1161	-41.2096	16.1309	19.3308
10	0.3247	0.1705	0.0201	0.1388	-0.188	2.5127	-0.0135	-0.0284	-0.0585	-0.0222	0.0004	-0.0132	0.069	0.0793	0.0151	0.0953	0.044	0.0028	0.1221	0.0092	0.1395	-44.3292	8.45	29.1897

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 49 through 147 )	A	49 - 147
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 148 through 187 )	A	148 - 187
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 188 through 218 )	A	188 - 218
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 219 through 332 )	A	219 - 332
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 333 through 369 )	A	333 - 369
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 370 through 457 )	A	370 - 457
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 49 through 157 )	B	49 - 157
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 158 through 218 )	B	158 - 218
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 219 through 332 )	B	219 - 332
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 333 through 457 )	B	333 - 457

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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