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Yorodumi- PDB-7x0i: Crystal structure of sugar binding protein CbpB from Clostridium ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7x0i | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of sugar binding protein CbpB from Clostridium thermocellum | ||||||||||||
Components | CbpB | ||||||||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / cellodextrin | ||||||||||||
Biological species | Acetivibrio thermocellus (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.7 Å | ||||||||||||
Authors | Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2022 Title: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum. Authors: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7x0i.cif.gz | 470.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7x0i.ent.gz | 393.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7x0i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0i | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7x0gC 7x0hC 7x0jC 7x0kC 7x0lC 7x0mC 7x0nC 7x0oC 7x0pC 7x0qC 7x0rC C: citing same article (ref.) |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45245.770 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acetivibrio thermocellus (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 0.1 M Sodium acetate, pH 4.5, 18% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 2, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→41.118 Å / Num. obs: 163957 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.85 % / Biso Wilson estimate: 18.38 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.107 / Net I/σ(I): 12.41 / Num. measured all: 1123151 / Scaling rejects: 718 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.7→41.118 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.69 Å2 / Biso mean: 31.8072 Å2 / Biso min: 7.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→41.118 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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