PDB-7x0j: Crystal structure of sugar binding protein CbpB complexed wtih ce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x0j

タイトル

Crystal structure of sugar binding protein CbpB complexed wtih cellobiose from Clostridium thermocellum

要素

CbpB

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / cellodextrin

機能・相同性

beta-cellobiose

機能・相同性情報

生物種

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32070125	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32170051	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32171203	中国

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum.
著者: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y.

履歴

登録	2022年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7x0j.ent.gz	394.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7x0j_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x0j_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7x0j_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	7x0j_validation.cif.gz	56.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7x0gC 7x0hC 7x0iC 7x0kC 7x0lC 7x0mC 7x0nC 7x0oC 7x0pC 7x0qC 7x0rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CbpB

B: CbpB

ヘテロ分子

91.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CbpB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CbpB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.950, 72.820, 230.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

CbpB

分子量: 45245.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M Sodium acetate, pH 4.5, 18% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→45.2 Å / Num. obs: 162939 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.371 % / B_iso Wilson estimate: 22.16 Å² / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_rim(I) all: 0.157 / Χ²: 1.037 / Net I/σ(I): 5.82 / Num. measured all: 549323

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74	3.444	0.714	1.65	41634	12104	12088	0.584	0.848	99.9
1.74-1.79	3.378	0.578	2.03	39937	11851	11824	0.697	0.689	99.8
1.79-1.84	3.239	0.466	2.44	37357	11588	11533	0.764	0.56	99.5
1.84-1.9	3.236	0.452	2.9	36117	11194	11160	0.802	0.545	99.7
1.9-1.96	3.486	0.411	3.62	37751	10855	10829	0.77	0.488	99.8
1.96-2.03	3.524	0.27	4.61	36868	10485	10462	0.906	0.32	99.8
2.03-2.11	3.486	0.226	5.36	35155	10131	10086	0.927	0.269	99.6
2.11-2.19	3.44	0.193	5.99	33465	9796	9729	0.942	0.229	99.3
2.19-2.29	3.321	0.23	6.18	30674	9332	9237	0.904	0.276	99
2.29-2.4	3.169	0.162	6.74	27741	8919	8754	0.944	0.195	98.2
2.4-2.53	3.371	0.149	7.58	28439	8551	8436	0.954	0.178	98.7
2.53-2.69	3.452	0.138	8.31	27506	8046	7967	0.96	0.164	99
2.69-2.87	3.378	0.126	8.84	25147	7551	7444	0.96	0.151	98.6
2.87-3.1	3.319	0.118	9.21	22699	6972	6839	0.966	0.141	98.1
3.1-3.4	3.116	0.11	9.28	19608	6469	6293	0.969	0.133	97.3
3.4-3.8	3.288	0.104	9.83	18805	5877	5720	0.974	0.124	97.3
3.8-4.39	3.5	0.099	10.58	17665	5121	5047	0.976	0.117	98.6
4.39-5.38	3.462	0.092	10.7	14960	4373	4321	0.977	0.109	98.8
5.38-7.6	3.253	0.078	10.3	10885	3357	3346	0.985	0.093	99.7
7.6-45.2	3.788	0.074	11.41	6910	1840	1824	0.987	0.087	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→45.2 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2112	3751	2.3 %
R_work	0.1798	159161	-
obs	0.1805	162912	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.67 Å² / B_iso mean: 31.2298 Å² / B_iso min: 10.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→45.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6263	0	46	816	7125
B_iso mean	-	-	16.56	37.56	-
残基数	-	-	-	-	811

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7-1.7215	0.4297	139	0.4066	5884	100
1.7215-1.7442	0.4367	137	0.3894	5926	100
1.7442-1.7681	0.3921	140	0.3542	5983	100
1.7681-1.7933	0.3636	140	0.3204	5880	100
1.7933-1.8201	0.24	139	0.2809	5950	100
1.8201-1.8485	0.2703	136	0.2448	5883	99
1.8485-1.8788	0.2688	143	0.2279	5959	100
1.8788-1.9112	0.2327	141	0.222	6015	100
1.9112-1.946	0.2595	139	0.2295	5848	100
1.946-1.9834	0.2636	143	0.2133	5963	100
1.9834-2.0239	0.2573	139	0.2157	5937	100
2.0239-2.0679	0.2264	140	0.207	5920	100
2.0679-2.116	0.2198	139	0.209	5875	99
2.116-2.1689	0.2388	138	0.1888	5950	99
2.1689-2.2276	0.196	138	0.1886	5897	100
2.2276-2.2931	0.228	139	0.1976	5920	99
2.2931-2.3671	0.1984	136	0.183	5788	98
2.3671-2.4517	0.1946	139	0.1763	5859	98
2.4517-2.5499	0.2212	140	0.1807	5933	99
2.5499-2.6659	0.2009	143	0.1744	5849	99
2.6659-2.8064	0.1836	138	0.1713	5855	98
2.8064-2.9822	0.213	135	0.1724	5843	99
2.9822-3.2124	0.2041	140	0.1632	5830	98
3.2124-3.5356	0.2171	138	0.1542	5816	97
3.5356-4.0469	0.1738	140	0.1374	5812	98
4.0469-5.0976	0.1665	138	0.1228	5890	99
5.0976-45.2	0.1586	134	0.1494	5896	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3744	-0.3757	1.3271	2.9906	0.2794	2.528	0.0241	0.1988	0.1039	-0.1491	-0.0236	-0.1729	-0.1302	0.5255	0.1359	0.1312	-0.0385	0.013	0.231	0.0373	0.1653	-6.7202	-36.9242	-43.5212
2	1.5066	0.114	-0.1145	1.3825	-0.3362	2.062	-0.2137	-0.7237	-0.534	0.1799	0.1004	-0.0151	0.3446	0.0275	0.0479	0.3007	0.0394	0.0557	0.3797	0.181	0.2976	-27.2088	-3.8433	-9.9782
3	4.6719	0.4462	-0.5853	2.7851	-0.786	4.3857	-0.0349	-0.5732	0.0676	0.3266	0.0476	0.1703	-0.2863	-0.0618	0.0132	0.2089	0.0127	0.0293	0.1971	0.0227	0.1007	-30.6775	10.8152	-13.6466
4	2.9553	-1.4245	-2.0082	2.4426	1.4433	2.3562	-0.0289	-0.221	-0.0285	0.0314	0.0738	-0.1432	-0.0822	0.2254	-0.0886	0.1452	-0.0474	-0.0242	0.1463	0.0196	0.1281	-17.7005	7.0874	-25.4751
5	3.7665	0.1408	-0.0239	3.9051	0.4773	3.1653	-0.0223	0.1111	-0.4064	-0.2402	0.0152	-0.3301	0.4111	0.2167	-0.006	0.187	0.0027	0.0276	0.1592	-0.0445	0.234	-9.2717	0.7625	-43.2743
6	1.7181	-1.0511	-0.4392	2.7249	-0.445	1.7623	-0.024	-0.0185	0.0128	-0.0428	0.1071	0.215	0.0192	-0.1197	-0.0895	0.1362	-0.0484	-0.0125	0.1669	0.0021	0.1342	-27.2645	13.3963	-35.6633
7	3.8211	-0.1357	0.3677	2.8758	-0.3328	4.8581	0.0266	0.3186	-0.3172	-0.3327	0.0174	-0.2999	0.4628	0.1725	-0.0245	0.1537	-0.0511	-0.013	0.1944	-0.057	0.1445	-21.364	3.5444	-45.7862
8	2.1969	-1.1895	0.0305	5.3861	-1.3177	1.4554	-0.1472	-0.1071	-0.3495	0.0395	0.0363	-0.247	0.1095	0.0284	0.1154	0.1321	-0.0342	0.0101	0.1409	-0.0041	0.2053	-11.4329	-2.253	-30.9053
9	1.7369	-0.4163	0.2099	1.272	-0.2856	1.0284	-0.0812	-0.4806	-0.0749	0.2175	0.0849	-0.0907	-0.0924	0.092	0.05	0.1815	-0.0087	-0.0121	0.2354	0.0363	0.1197	-18.2378	7.6386	-14.7731
10	1.8179	-1.1622	-1.9148	0.944	1.929	7.3985	-0.0037	0.2237	-0.2033	-0.0687	0.0084	0.161	0.2049	-0.0221	0.0403	0.1767	-0.0833	-0.0375	0.2161	-0.046	0.2037	-33.5825	5.8321	-42.8608
11	2.1612	0.1675	-0.3694	1.2008	0.2007	1.7644	0.0815	-0.2518	0.2038	0.1943	-0.0376	0.0728	-0.1845	-0.0137	-0.0534	0.2222	-0.0385	0.008	0.1809	-0.0251	0.1482	-24.4229	-26.8864	-14.7857
12	2.258	-0.4942	2.1823	0.7809	-0.9912	5.4316	0.0658	0.0718	0.0296	-0.0583	-0.0623	0.0228	0.0451	-0.283	-0.0937	0.1399	-0.0322	0.013	0.1287	0.0007	0.1357	-29.8867	-34.3596	-30.443
13	7.5877	-2.693	1.8485	8.6843	-3.1682	4.8939	0.3399	0.3106	-0.1838	-0.1467	-0.1686	0.2822	-0.0303	-0.4431	-0.153	0.1707	-0.005	-0.0389	0.2765	0.0171	0.1108	-34.3915	-37.7493	-51.7427
14	3.935	-3.3026	5.2121	4.7505	-3.4807	8.4157	-0.0404	0.3794	0.6161	-0.3405	-0.0571	0.309	-0.4825	-0.0199	0.2283	0.3103	0.0027	0.0041	0.3085	0.122	0.3083	-28.2672	-23.5345	-49.8276
15	1.7471	-0.1433	0.3126	0.9718	1.2663	3.416	0.078	-0.0062	0.0226	0.0005	-0.0269	-0.1907	0.0376	0.0163	-0.0489	0.1364	-0.0421	-0.0159	0.1355	0.024	0.1315	-17.1052	-41.8411	-35.4956
16	2.3501	-1.6992	-0.7461	1.8923	1.0833	1.2079	0.1172	0.2001	0.2493	-0.0998	-0.0513	-0.0192	-0.3565	-0.0391	-0.1069	0.2213	-0.0213	0.007	0.1812	0.0628	0.1541	-22.3797	-29.7036	-46.7882
17	2.8811	-2.0939	-0.6481	3.6114	0.7735	1.8069	0.115	0.082	0.2713	-0.0481	-0.0769	0.0522	-0.2978	-0.2396	-0.0226	0.1795	0.0039	0.0109	0.2124	0.0374	0.1489	-34.9069	-28.1421	-38.2407
18	5.0507	-0.0779	2.2535	1.614	0.2143	6.3544	0.045	-0.5266	0.2254	0.2756	-0.0953	0.0434	-0.2217	-0.3283	0.0871	0.1941	-0.038	0.0181	0.1381	-0.0356	0.1363	-30.1299	-28.7	-12.0669
19	0.2854	0.2004	0.2818	0.3923	0.0893	1.0952	0.049	-0.0701	0.0609	0.0172	-0.047	0.0329	-0.0341	-0.1341	-0.003	0.1721	-0.0194	-0.0112	0.2064	0.0132	0.195	-27.7581	-35.4202	-30.9431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 428 through 454 )	B	428 - 454
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 103 )	A	49 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 104 through 147 )	A	104 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 148 through 177 )	A	148 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 178 through 218 )	A	178 - 218
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 219 through 248 )	A	219 - 248
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 249 through 275 )	A	249 - 275
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 276 through 332 )	A	276 - 332
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 333 through 408 )	A	333 - 408
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 409 through 454 )	A	409 - 454
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 50 through 147 )	B	50 - 147
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 148 through 177 )	B	148 - 177
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 178 through 198 )	B	178 - 198
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 199 through 218 )	B	199 - 218
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 219 through 248 )	B	219 - 248
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 249 through 289 )	B	249 - 289
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 290 through 332 )	B	290 - 332
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 333 through 369 )	B	333 - 369
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 370 through 427 )	B	370 - 427

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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