PDB-7x0q: Crystal structure of ATPase Clo1313_2554 from Clostridium thermocellum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x0q

タイトル

Crystal structure of ATPase Clo1313_2554 from Clostridium thermocellum

要素

ABC transporter related protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / cellodextrin

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate transport / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32070125	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32170051	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32171203	中国

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum.
著者: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y.

履歴

登録	2022年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x0q.cif.gz	298.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x0q.ent.gz	243.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x0gC 7x0hC 7x0iC 7x0jC 7x0kC 7x0lC 7x0mC 7x0nC 7x0oC 7x0pC 7x0rC 2d62S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ABC transporter related protein

B: ABC transporter related protein

84.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.390, 104.390, 167.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 through 11 or (resid 12...
2	1	(chain B and (resid 3 through 57 or (resid 58...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LYS	LYS	(chain A and (resid 3 through 11 or (resid 12...	A	A	3 - 11	3 - 11
1	2	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain A and (resid 3 through 11 or (resid 12...	A	A	12	12
1	3	SER	SER	MET	MET	(chain A and (resid 3 through 11 or (resid 12...	A	A	3 - 369	3 - 369
1	4	SER	SER	MET	MET	(chain A and (resid 3 through 11 or (resid 12...	A	A	3 - 369	3 - 369
1	5	SER	SER	MET	MET	(chain A and (resid 3 through 11 or (resid 12...	A	A	3 - 369	3 - 369
2	1	SER	SER	THR	THR	(chain B and (resid 3 through 57 or (resid 58...	B	B	3 - 57	3 - 57
2	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain B and (resid 3 through 57 or (resid 58...	B	B	58	58
2	3	SER	SER	MET	MET	(chain B and (resid 3 through 57 or (resid 58...	B	B	3 - 369	3 - 369
2	4	SER	SER	MET	MET	(chain B and (resid 3 through 57 or (resid 58...	B	B	3 - 369	3 - 369
2	5	SER	SER	MET	MET	(chain B and (resid 3 through 57 or (resid 58...	B	B	3 - 369	3 - 369

#1: タンパク質	ABC transporter related protein / NBD2554 分子量: 42123.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus (バクテリア) 株: ATCC 27405 / DSM 1237 / JCM 9322 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372 遺伝子: Cthe_1862 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DGK4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 100 mM acetate/acetic acid pH 4.4, 200 mM Li2SO4, 2 M sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→36.907 Å / Num. obs: 39211 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.874 % / B_iso Wilson estimate: 86.89 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 16.74 / Num. measured all: 269550 / Scaling rejects: 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.9-2.98	7.148	0.617	2.85	20436	2859	2859	0.895	0.665	100
2.98-3.06	7.103	0.45	3.87	20299	2858	2858	0.946	0.485	100
3.06-3.15	6.953	0.354	4.85	19127	2751	2751	0.961	0.383	100
3.15-3.24	6.676	0.28	5.96	17845	2673	2673	0.975	0.304	100
3.24-3.35	6.88	0.19	8.75	17903	2602	2602	0.985	0.205	100
3.35-3.47	7.234	0.143	11.38	18084	2500	2500	0.993	0.154	100
3.47-3.6	7.215	0.117	14.11	17416	2414	2414	0.995	0.126	100
3.6-3.74	7.105	0.093	17.33	16441	2314	2314	0.996	0.101	100
3.74-3.91	6.924	0.078	20.35	15344	2216	2216	0.996	0.085	100
3.91-4.1	6.508	0.072	22.28	13998	2151	2151	0.997	0.078	100
4.1-4.32	6.77	0.064	24.64	13743	2030	2030	0.997	0.069	100
4.32-4.59	6.98	0.059	27.21	13450	1927	1927	0.998	0.064	100
4.59-4.9	6.847	0.057	28.43	12195	1782	1781	0.998	0.061	99.9
4.9-5.29	6.708	0.056	27.69	11390	1698	1698	0.998	0.061	100
5.29-5.8	6.319	0.057	27.3	9744	1542	1542	0.996	0.062	100
5.8-6.48	6.921	0.054	28.9	9634	1392	1392	0.998	0.058	100
6.48-7.49	6.746	0.052	30	8331	1235	1235	0.998	0.056	100
7.49-9.17	6.263	0.046	30.71	6445	1029	1029	0.998	0.05	100
9.17-12.97	6.444	0.043	32.36	5200	807	807	0.999	0.046	100
12.97-36.907	5.845	0.046	28.58	2525	441	432	0.998	0.051	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2D62

2d62

解像度: 2.9→36.907 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2758	1982	9.41 %
R_work	0.2231	19083	-
obs	0.2281	21065	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 202.54 Å² / B_iso mean: 101.4855 Å² / B_iso min: 30 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→36.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5594	0	0	0	5594
残基数	-	-	-	-	719

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2152	X-RAY DIFFRACTION	11.015	TORSIONAL
1	2	B	2152	X-RAY DIFFRACTION	11.015	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.9002-2.9727	0.37	128	0.32	1274	97
2.9727-3.053	0.4456	140	0.3041	1321	97
3.053-3.1428	0.3825	137	0.3093	1334	99
3.1428-3.2442	0.3725	138	0.2992	1332	99
3.2442-3.3601	0.3214	140	0.2764	1345	100
3.3601-3.4945	0.3321	140	0.2578	1342	100
3.4945-3.6534	0.3234	141	0.2453	1346	100
3.6534-3.8459	0.2949	142	0.2291	1358	100
3.8459-4.0865	0.2825	142	0.2125	1371	100
4.0865-4.4016	0.2781	143	0.1916	1379	100
4.4016-4.8437	0.2052	142	0.1774	1367	100
4.8437-5.5425	0.2355	147	0.1995	1400	100
5.5425-6.9753	0.2583	148	0.2415	1422	100
6.9753-36.9	0.2551	154	0.2092	1492	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.711	2.3232	0.0045	4.3325	1.5893	2.1592	-0.4768	0.5875	-0.5387	0.3795	0.0166	1.1695	0.8378	-1.2705	0.402	0.8185	-0.4449	0.3262	1.1049	-0.3929	1.1239	-41.8419	-25.9954	3.0109
2	4.7679	-2.6052	1.5707	4.8706	3.4487	8.5025	-0.413	1.2969	-0.5272	-1.0151	0.6862	-1.1211	-0.2408	1.2991	-0.0601	0.8357	-0.2974	0.2361	1.1446	-0.0905	0.9826	-24.983	-13.0994	-14.262
3	9.2043	2.1136	-7.2548	8.1188	-1.5892	5.7064	0.2775	0.0361	0.2181	1.049	-0.3027	0.3067	-0.3479	-0.1549	0.192	0.6548	-0.1916	0.0811	0.6859	-0.0898	0.331	-31.6528	-10.7903	0.989
4	3.5967	0.1004	0.5926	1.3844	0.1924	6.6498	-0.2374	0.154	0.0585	0.1985	0.2316	-0.4315	0.0024	-0.1254	0.0201	0.7656	-0.0556	0.1521	0.4408	-0.1025	0.6728	-29.4989	-9.921	32.3827
5	3.1723	1.0996	-0.6666	4.0423	-0.0482	4.0004	-0.0328	-0.0613	0.7327	0.5068	0.4017	-1.0487	-0.1226	0.4149	-0.3322	0.5561	0.0573	0.015	0.5108	-0.3027	1.4355	11.0023	11.8939	11.6097
6	5.741	-3.7224	-6.2136	8.3126	4.1861	6.7895	-0.3285	0.7315	0.3877	1.4572	-0.3144	-2.2615	0.446	0.3429	0.6965	0.7421	-0.0638	-0.137	0.5227	-0.0154	1.1905	14.7061	-11.5117	4.9814
7	6.6939	-0.703	4.4258	1.9871	1.3885	6.7169	0.2552	0.1391	-0.0506	1.0773	0.3238	-0.679	0.67	0.3133	-0.4211	0.8969	0.0042	-0.0718	0.5359	-0.2384	1.3125	6.4674	-16.6625	8.0325
8	8.5405	8.08	4.2466	9.3613	0.7814	8.8021	-0.3217	-0.2682	-0.2416	0.8357	0.2996	0.5815	0.183	-0.9459	0.1174	0.7694	0.0569	0.1042	0.5464	-0.2578	1.0863	-0.0546	-2.8905	14.2357
9	5.4131	0.0038	-1.065	1.286	0.5088	2.4539	-0.031	-0.2324	1.0164	0.0305	0.3266	-0.3122	-0.1353	-0.1664	-0.2236	0.5243	0.0397	0.0113	0.4431	-0.0702	0.9076	-22.4236	17.1681	20.9013

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 3 through 81 )	B	3 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 82 through 149 )	B	82 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 150 through 201 )	B	150 - 201
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 202 through 369 )	B	202 - 369
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 3 through 77 )	A	3 - 77
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 78 through 110 )	A	78 - 110
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 111 through 150 )	A	111 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 151 through 201 )	A	151 - 201
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 202 through 369 )	A	202 - 369

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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