PDB-7x0o: Crystal structure of sugar binding protein CbpC from Clostridium ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x0o

タイトル

Crystal structure of sugar binding protein CbpC from Clostridium thermocellum

要素

CbpC

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / cellodextrin

生物種

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32070125	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32170051	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32171203	中国

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum.
著者: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y.

履歴

登録	2022年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x0gC 7x0hC 7x0iC 7x0jC 7x0kC 7x0lC 7x0mC 7x0nC 7x0pC 7x0qC 7x0rC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CbpC

B: CbpC

99.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CbpC

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CbpC

登録者が定義した集合体
49.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.810, 80.060, 170.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and ((resid 7 and (name N or name...
2	1	(chain B and (resid 7 through 168 or (resid 169...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and ((resid 7 and (name N or name...	A	7
1	2	1	(chain A and ((resid 7 and (name N or name...	A	33 - 460
1	3	1	(chain A and ((resid 7 and (name N or name...	A	33 - 460
1	4	1	(chain A and ((resid 7 and (name N or name...	A	33 - 460
1	5	1	(chain A and ((resid 7 and (name N or name...	A	33 - 460
2	1	1	(chain B and (resid 7 through 168 or (resid 169...	B	7 - 168
2	2	1	(chain B and (resid 7 through 168 or (resid 169...	B	169
2	3	1	(chain B and (resid 7 through 168 or (resid 169...	B	33 - 460
2	4	1	(chain B and (resid 7 through 168 or (resid 169...	B	33 - 460
2	5	1	(chain B and (resid 7 through 168 or (resid 169...	B	33 - 460
2	6	1	(chain B and (resid 7 through 168 or (resid 169...	B	33 - 460

#1: タンパク質	CbpC 分子量: 49776.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→42.587 Å / Num. obs: 103492 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 3.527 % / B_iso Wilson estimate: 32.63 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 1.116 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 365052 / Scaling rejects: 19

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	2.482	0.688	1.47	13914	8940	5606	0.441	0.845	62.7
2.05-2.11	3.144	0.526	2.52	12650	8725	4024	0.708	0.623	46.1
2.11-2.17	3.387	0.45	3.26	28318	8449	8360	0.802	0.53	98.9
2.17-2.24	3.31	0.608	2.52	18771	8251	5671	0.849	0.716	68.7
2.24-2.31	3.265	0.483	2.99	9129	7947	2796	0.871	0.568	35.2
2.31-2.39	3.532	0.261	5.31	27284	7770	7724	0.936	0.307	99.4
2.39-2.48	3.579	0.218	6.07	26538	7459	7415	0.945	0.255	99.4
2.48-2.58	3.637	0.178	7.37	26003	7184	7149	0.961	0.209	99.5
2.58-2.7	3.619	0.161	8.49	24784	6900	6848	0.96	0.189	99.2
2.7-2.83	3.723	0.126	9.95	24431	6584	6563	0.975	0.148	99.7
2.83-2.98	3.745	0.106	11.37	23265	6232	6213	0.985	0.124	99.7
2.98-3.16	3.77	0.089	13.58	22241	5909	5900	0.987	0.104	99.8
3.16-3.38	3.745	0.08	15.18	20845	5583	5566	0.988	0.093	99.7
3.38-3.65	3.633	0.079	15.81	17215	5151	4738	0.987	0.093	92
3.65-4	3.579	0.073	16.77	13860	4778	3873	0.987	0.086	81.1
4-4.47	3.677	0.066	18.05	15746	4296	4282	0.989	0.078	99.7
4.47-5.16	3.654	0.064	18.44	13776	3780	3770	0.99	0.075	99.7
5.16-6.32	3.696	0.059	18.17	11801	3196	3193	0.992	0.069	99.9
6.32-8.94	3.859	0.052	18.93	9609	2490	2490	0.996	0.061	100
8.94-42.587	3.716	0.045	19.32	4872	1346	1311	0.995	0.052	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→42.587 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2597	3755	3.63 %
R_work	0.2313	99726	-
obs	0.2323	103481	85.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.78 Å² / B_iso mean: 41.1217 Å² / B_iso min: 19.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→42.587 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6637	0	0	397	7034
B_iso mean	-	-	-	40.1	-
残基数	-	-	-	-	840

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2528	X-RAY DIFFRACTION	1.891	TORSIONAL
1	2	B	2528	X-RAY DIFFRACTION	1.891	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.0001-2.0254	0.3844	144	0.3593	3826	90
2.0254-2.0521	0.3809	59	0.3764	1577	80
2.0521-2.0802			0.3201	7	4
2.0802-2.1099	0.3458	154	0.3308	4081	94
2.1099-2.1414	0.3922	159	0.3159	4234	99
2.1414-2.1749	0.309	164	0.2982	4283	99
2.1749-2.2105	0.3519	163	0.3196	4272	99
2.2105-2.2486	0.4104	19	0.3564	514	65
2.2486-2.2895	0.345	29	0.3537	769	78
2.2895-2.3336	0.3271	159	0.2984	4289	99
2.3336-2.3812	0.3375	161	0.2811	4281	100
2.3812-2.433	0.3458	163	0.271	4290	99
2.433-2.4896	0.3027	160	0.2758	4282	100
2.4896-2.5518	0.314	164	0.2556	4289	99
2.5518-2.6208	0.3006	162	0.2503	4350	99
2.6208-2.6979	0.2976	164	0.2505	4291	99
2.6979-2.785	0.2756	164	0.2513	4225	100
2.785-2.8845	0.3074	161	0.2514	4311	100
2.8845-2.9999	0.2418	169	0.2453	4336	100
2.9999-3.1364	0.2929	159	0.2304	4286	100
3.1364-3.3017	0.2642	159	0.2286	4327	100
3.3017-3.5085	0.2173	161	0.2261	4316	99
3.5085-3.7792	0.2455	121	0.2167	3103	72
3.7792-4.1593	0.2301	159	0.197	4265	99
4.1593-4.7604	0.2022	157	0.1833	4319	100
4.7604-5.995	0.2222	160	0.1926	4292	100
5.995-42.5	0.2014	161	0.1953	4311	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3561	0.1532	0.0035	0.8743	0.8227	2.1974	-0.0203	0.0437	-0.0658	0.118	-0.0127	0.0901	0.0222	-0.0109	0.0582	0.2094	-0.0258	-0.0035	0.2635	0.0419	0.3822	-9.951	20.9	-34.04
2	2.3475	0.4067	0.4549	0.9042	0.4145	1.8611	-0.0412	-0.1522	0.2971	0.0645	-0.0664	0.0941	-0.1272	0.0014	0.1096	0.2415	-0.0124	-0.0131	0.2581	0.0544	0.2943	-13.78	31.273	-6.164
3	1.5353	0.5395	0.025	1.7247	1.4705	3.9679	-0.0256	-0.1559	-0.0844	0.1752	0.0815	-0.1492	-0.1029	0.3408	-0.0433	0.2287	0.0234	0.0025	0.2329	0.0715	0.3187	-3.214	25.068	-22.269
4	2.561	-0.3104	-0.0919	1.9321	0.2733	1.7993	-0.0402	-0.0743	-0.0758	0.1765	0.1153	0.2359	-0.1529	0.0852	-0.0363	0.2627	-0.0474	0.0238	0.2236	0.0771	0.1816	-0.536	25.423	-18.827
5	4.112	-0.3187	0.0776	2.5196	0.8748	2.7524	0.1246	0.6539	-0.2679	-0.0433	-0.1855	0.3587	-0.0561	-0.2864	-0.0142	0.1655	-0.0002	0.0006	0.4195	-0.0258	0.335	-22.915	60.98	-44.817
6	1.4631	0.1679	-1.1151	1.8295	-0.9917	4.6325	0.0441	-0.3298	-0.1408	0.5842	0.1385	0.098	-0.0201	0.0476	-0.2523	0.3659	-0.0144	0.0062	0.3054	-0.0025	0.3372	-25.157	70.369	-22.779
7	3.2514	0.134	-0.7811	0.5754	-0.2647	1.547	-0.0204	0.0926	0.1202	0.3344	0.1324	0.1144	0.0521	-0.1825	-0.1143	0.4895	-0.0626	-0.0113	0.2269	0.0705	0.2597	-17.585	59.502	-12.676
8	3.3433	-0.2714	-0.4502	2.3761	-0.8581	2.3093	0.0459	0.3274	0.0927	0.411	-0.1053	0.0262	-0.1965	-0.1317	0.1461	0.256	-0.0292	-0.0261	0.1929	0.0496	0.3384	-31.067	60.992	-17.475
9	1.6341	0.114	0.7776	2.5108	-0.7984	2.5912	-0.0273	-0.0059	0.0891	0.4306	0.0378	0.1487	0.0175	-0.187	0.0004	0.3603	-0.0462	0.0305	0.137	-0.0319	0.2344	-31.872	65.434	-29.272

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 33:170 )	A	33 - 170
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 171:272 )	A	171 - 272
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 273:355 )	A	273 - 355
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 356:434 )	A	356 - 434
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 33:111 )	B	33 - 111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 112:194 )	B	112 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 195:272 )	B	195 - 272
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 273:327 )	B	273 - 327
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 328:434 )	B	328 - 434

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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