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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x0n | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of sugar binding protein CbpB complexed wtih laminaribiose from Clostridium thermocellum | ||||||||||||
要素 | CbpB | ||||||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / cellodextrin | ||||||||||||
機能・相同性 | beta-laminaribiose 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Acetivibrio thermocellus (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2022 タイトル: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum. 著者: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x0n.cif.gz | 475.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x0n.ent.gz | 396.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x0n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7x0gC 7x0hC 7x0iC 7x0jC 7x0kC 7x0lC 7x0mC 7x0oC 7x0pC 7x0qC 7x0rC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45245.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: 多糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.14 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2% Tacsimate pH 4.0, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 16% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.68→25.707 Å / Num. obs: 148751 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 1.874 % / Biso Wilson estimate: 20.27 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 0.988 / Net I/σ(I): 11.25 / Num. measured all: 278714 / Scaling rejects: 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.68→25.707 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.95 Å2 / Biso mean: 29.4763 Å2 / Biso min: 9.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.68→25.707 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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