PDB-7x0h: Crystal structure of sugar binding protein CbpA complexed wtih gl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x0h

タイトル

Crystal structure of sugar binding protein CbpA complexed wtih glucose from Clostridium thermocellum

要素

CbpA

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / glucose

機能・相同性

Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / beta-D-glucopyranose

機能・相同性情報

生物種

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32171203	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32070125	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32170051	中国

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum.
著者: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y.

履歴

登録	2022年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x0h.cif.gz	635.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x0h.ent.gz	534 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7x0h_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x0h_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7x0h_validation.xml.gz	55.4 KB	表示
CIF形式データ	7x0h_validation.cif.gz	85.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7x0gC 7x0iC 7x0jC 7x0kC 7x0lC 7x0mC 7x0nC 7x0oC 7x0pC 7x0qC 7x0rC 2h3hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CbpA

B: CbpA

C: CbpA

D: CbpA

ヘテロ分子

124 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CbpA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CbpA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: CbpA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: CbpA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.873, 234.616, 196.325
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

CbpA

分子量: 30877.381 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB CP002416.1
由来: (組換発現)

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

#2: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.22 % 解説: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→48.485 Å / Num. obs: 148842 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.93 % / B_iso Wilson estimate: 16.97 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.164 / R_rim(I) all: 0.177 / Χ²: 0.842 / Net I/σ(I): 9.56 / Num. measured all: 2002568 / Scaling rejects: 125

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9	7.075	1.005	2	151959	21481	21477	0.823	1.085	100
1.9-1.95	7.077	0.825	2.46	147021	20778	20774	0.876	0.891	100
1.95-2.01	6.987	0.686	2.94	141479	20254	20250	0.914	0.741	100
2.01-2.07	6.886	0.574	3.43	135291	19652	19648	0.934	0.621	100
2.07-2.14	6.734	0.462	4.15	128321	19056	19055	0.957	0.5	100
2.14-2.21	6.317	0.377	4.78	116898	18506	18506	0.965	0.411	100
2.21-2.29	7.177	0.329	5.81	128081	17846	17846	0.98	0.355	100
2.29-2.39	7.125	0.281	6.71	121903	17112	17108	0.984	0.303	100
2.39-2.49	7.096	0.262	7.1	116428	16407	16407	0.986	0.283	100
2.49-2.62	7.02	0.225	8.19	110562	15750	15749	0.989	0.243	100
2.62-2.76	6.751	0.186	9.65	100733	14926	14922	0.99	0.201	100
2.76-2.93	6.607	0.151	11.45	93400	14137	14137	0.993	0.164	100
2.93-3.13	7.282	0.125	14.25	96578	13263	13263	0.996	0.134	100
3.13-3.38	7.155	0.093	17.91	88161	12322	12322	0.997	0.1	100
3.38-3.7	6.997	0.071	21.49	79526	11370	11366	0.998	0.077	100
3.7-4.14	6.288	0.057	23.08	64749	10301	10298	0.998	0.062	100
4.14-4.78	7.199	0.05	27.48	65277	9069	9067	0.999	0.054	100
4.78-5.85	7.22	0.055	25.84	55408	7674	7674	0.999	0.059	100
5.85-8.27	6.499	0.054	25.51	38333	5906	5898	0.999	0.059	99.9
8.27-48.485	7.036	0.033	35.94	22460	3224	3192	1	0.036	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2H3H

2h3h

解像度: 1.85→48.485 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: he entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1882	7280	4.89 %
R_work	0.1619	141562	-
obs	0.1632	148842	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.29 Å² / B_iso mean: 23.6196 Å² / B_iso min: 8.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→48.485 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8512	0	96	1531	10139
B_iso mean	-	-	14.65	34.33	-
残基数	-	-	-	-	1148

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.85-1.871	0.2631	225	0.2326	4671	100
1.871-1.8931	0.2538	228	0.2199	4721	100
1.8931-1.9161	0.2343	248	0.2043	4643	100
1.9161-1.9404	0.2495	239	0.1977	4696	100
1.9404-1.9659	0.2161	255	0.196	4662	100
1.9659-1.9929	0.2212	233	0.1889	4691	100
1.9929-2.0213	0.2068	246	0.189	4684	100
2.0213-2.0515	0.2256	232	0.1895	4721	100
2.0515-2.0836	0.2287	236	0.1882	4634	100
2.0836-2.1177	0.2243	212	0.1803	4731	100
2.1177-2.1542	0.1905	270	0.1743	4646	100
2.1542-2.1934	0.2145	253	0.1679	4672	100
2.1934-2.2356	0.1862	231	0.1549	4757	100
2.2356-2.2812	0.1787	248	0.1524	4649	100
2.2812-2.3308	0.1701	241	0.1534	4683	100
2.3308-2.385	0.1843	274	0.1483	4675	100
2.385-2.4447	0.184	248	0.1479	4704	100
2.4447-2.5108	0.1903	223	0.1544	4723	100
2.5108-2.5847	0.188	232	0.1619	4701	100
2.5847-2.6681	0.1954	253	0.1577	4729	100
2.6681-2.7634	0.1926	249	0.1644	4702	100
2.7634-2.8741	0.21	238	0.1593	4733	100
2.8741-3.0049	0.1953	247	0.1641	4745	100
3.0049-3.1632	0.183	264	0.1685	4722	100
3.1632-3.3614	0.1864	271	0.1586	4685	100
3.3614-3.6208	0.1606	236	0.1467	4802	100
3.6208-3.9851	0.162	240	0.1372	4778	100
3.9851-4.5613	0.1474	229	0.1243	4808	100
4.5613-5.7453	0.1501	223	0.1419	4844	100
5.7453-48.48	0.1879	256	0.1845	4950	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0861	-1.0045	0.3679	3.6199	-0.1889	1.4639	-0.1062	-0.0998	-0.0967	0.3765	0.1244	0.0597	0.0023	-0.0284	-0.0134	0.162	0.0285	-0.0041	0.0977	0.0139	0.0833	10.6515	25.7375	-8.7861
2	1.0769	-0.7499	0.1749	1.9685	-0.2773	0.8037	-0.0833	-0.0359	0.1618	0.306	0.0338	-0.3338	-0.1031	0.0743	0.0455	0.1571	0.0152	-0.0576	0.0947	-0.0106	0.1718	18.3518	35.4702	-12.4338
3	1.2065	-0.3643	0.3452	2.1899	0.7201	1.2971	-0.0355	0.0491	0.0433	-0.1335	-0.0362	0.0824	-0.1612	-0.0566	0.0417	0.1482	0.0163	-0.0052	0.0798	0.0112	0.1185	-2.8185	49.3688	-23.9806
4	2.1924	-1.1297	0.3461	1.2698	0.0373	0.4602	-0.0093	-0.0196	0.0628	0.0609	-0.0098	0.0692	-0.0153	-0.0784	0.0048	0.1187	0.0057	0.0039	0.0894	0.0063	0.1105	-0.5788	31.7979	-18.9711
5	1.6313	0.49	0.3165	3.0258	-0.5828	1.2665	-0.0725	0.0644	0.0623	-0.2445	0.0413	0.0273	-0.0291	0.0187	0.0258	0.1538	-0.0306	-0.0096	0.0953	0.0022	0.073	24.5358	27.6688	7.5218
6	1.1153	0.1652	0.1101	2.4163	0.3431	2.0107	0.0342	-0.0328	0.1095	-0.06	-0.0255	0.1832	-0.0179	-0.1874	0.0223	0.089	-0.0141	-0.0151	0.0881	0.0074	0.1201	18.1982	32.4751	16.7927
7	3.5286	0.8875	1.9447	1.6162	-0.1433	2.5127	-0.0411	-0.1232	0.0256	0.1426	-0.0516	-0.074	-0.0934	-0.0075	0.0889	0.1544	-0.0098	-0.0052	0.0661	-0.003	0.1244	38.7365	43.4787	28.8993
8	1.5173	-0.1265	0.653	2.9101	-0.7134	1.4885	-0.0031	0.0914	0.0421	0.0403	0.0377	-0.1837	-0.0662	0.1232	-0.016	0.1575	-0.0292	0.0094	0.0966	-0.0005	0.1431	42.5485	50.4582	18.7042
9	2.7416	1.8967	-0.161	5.4991	0.0141	1.9812	-0.0662	0.2283	0.0205	-0.276	0.0701	-0.462	-0.0766	0.2521	0.0172	0.1285	-0.0096	0.0136	0.1253	0.0191	0.1732	48.7163	38.8164	17.6365
10	4.91	2.1568	-0.1927	1.557	-0.0312	0.3446	-0.0207	-0.0893	0.0602	-0.0479	0.0056	-0.0298	0.0224	0.008	0.0273	0.1267	-0.0082	-0.015	0.0914	0.0126	0.1286	31.5863	23.2402	19.7341
11	1.1854	0.1836	0.4648	0.8398	0.4935	2.8533	-0.0005	-0.1136	-0.0598	0.0458	-0.0071	-0.0113	0.183	0.0465	0.011	0.0977	-0.0188	-0.0014	0.0806	0.0233	0.1072	28.2891	5.7647	34.8975
12	0.8331	-0.725	-1.0029	1.718	2.074	4.0361	-0.1026	-0.2115	0.0602	0.113	-0.0159	0.1154	0.0003	-0.0777	0.0807	0.0931	-0.009	-0.0056	0.1705	-0.0198	0.1417	21.4067	24.274	45.458
13	0.762	-0.157	0.0923	0.7579	-0.1816	2.0909	0.026	0.0874	-0.0397	-0.0102	-0.0087	0.0506	0.1017	-0.0908	-0.0197	0.0832	0.0139	-0.0005	0.0928	-0.0038	0.1048	8.9047	9.999	-35.0019
14	1.6648	0.0594	-0.3529	3.7183	-1.5236	3.6581	-0.0536	0.1187	0.1924	0.0907	0.2178	0.1766	-0.4537	-0.3715	-0.1071	0.1499	0.0424	-0.0132	0.1971	0.0552	0.1207	12.69	34.1302	-48.6603
15	0.6117	0.2744	-0.6632	1.3448	-1.8554	3.8656	-0.1016	0.1529	0.0211	-0.2077	-0.102	-0.1542	0.2466	0.2522	0.1751	0.1032	-0.0026	0.0018	0.1574	0.008	0.139	18.3546	24.2968	-46.8889
16	3.5489	0.6393	-1.9005	1.1851	-1.1706	2.9455	0.0097	-0.3574	0.1456	0.2712	-0.2748	-0.263	-0.3871	0.9503	0.0872	0.0902	-0.0715	-0.0346	0.3497	0.0827	0.1565	25.7711	27.881	-37.4729

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 68 )	A	33 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 143 )	A	69 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 243 )	A	144 - 243
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 244 through 319 )	A	244 - 319
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 33 through 95 )	B	33 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 96 through 143 )	B	96 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 144 through 190 )	B	144 - 190
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 191 through 243 )	B	191 - 243
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 244 through 274 )	B	244 - 274
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 275 through 319 )	B	275 - 319
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 33 through 126 )	C	33 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 127 through 319 )	C	127 - 319
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 33 through 143 )	D	33 - 143
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 144 through 190 )	D	144 - 190
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 191 through 300 )	D	191 - 300
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 301 through 319 )	D	301 - 319

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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