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- PDB-7x0g: Crystal structure of sugar binding protein CbpA from Clostridium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x0g
タイトルCrystal structure of sugar binding protein CbpA from Clostridium thermocellum
要素CbpA
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / glucose / cellodextrin
機能・相同性Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070125 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170051 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171203 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum.
著者: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y.
履歴
登録2022年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CbpA
B: CbpA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7552
ポリマ－61,7552
非ポリマー00
水5,368298
1
A: CbpA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8771
ポリマ－30,8771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CbpA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8771
ポリマ－30,8771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.070, 94.460, 58.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 32 and (name N or name...
21(chain B and (resid 32 through 34 or (resid 35...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 32 and (name N or name...A32
121(chain A and ((resid 32 and (name N or name...A32 - 319
131(chain A and ((resid 32 and (name N or name...A32 - 319
141(chain A and ((resid 32 and (name N or name...A32 - 319
151(chain A and ((resid 32 and (name N or name...A32 - 319
211(chain B and (resid 32 through 34 or (resid 35...B32 - 34
221(chain B and (resid 32 through 34 or (resid 35...B35
231(chain B and (resid 32 through 34 or (resid 35...B33 - 319
241(chain B and (resid 32 through 34 or (resid 35...B33 - 319
251(chain B and (resid 32 through 34 or (resid 35...B33 - 319
261(chain B and (resid 32 through 34 or (resid 35...B33 - 319

-
要素

#1: タンパク質 CbpA


分子量: 30877.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB CP002416.1
由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris, pH 8.5, 23% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.23 Å / Num. obs: 68775 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 1.903 % / Biso Wilson estimate: 31.97 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.774 / Net I/σ(I): 6.08 / Num. measured all: 130875 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.151.90.2152.989834522751750.8910.2999
2.15-2.211.9010.1973.49546506350220.8990.26799.2
2.21-2.281.9110.1743.989269491148510.9140.23598.8
2.28-2.351.910.1644.079114483147710.9230.22298.8
2.35-2.421.9090.1544.488846469546330.9240.20998.7
2.42-2.511.9060.13858376446743950.9430.18798.4
2.51-2.61.9080.1325.618107436242500.9410.17997.4
2.6-2.711.9040.1186.117694413440400.9490.16197.7
2.71-2.831.9030.1136.67390398038830.9490.15497.6
2.83-2.971.9020.1017.247158386737630.9580.13797.3
2.97-3.131.9020.0977.566669364635070.9580.13396.2
3.13-3.321.9030.0928.116353343033390.960.12697.3
3.32-3.551.8990.0848.45916325131160.9620.11695.8
3.55-3.831.8970.0848.595522302129110.9570.11596.4
3.83-4.21.880.0828.715054278826890.9610.11396.4
4.2-4.71.8460.0728.684468249524210.9730.09997
4.7-5.421.9220.0668.94162220221650.9750.09198.3
5.42-6.641.9510.078.913619188618550.970.09698.4
6.64-9.391.9420.0559.022736144514090.9840.07697.5
9.39-47.231.7970.0578.6510428065800.9790.0872

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H3H

2h3h


解像度: 2.1→47.23 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 3868 5.62 %
Rwork0.2614 64903 -
obs0.2628 68771 97.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.68 Å2 / Biso mean: 56.1017 Å2 / Biso min: 17.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→47.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4234 0 0 298 4532
Biso mean---44.88 -
残基数----575
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1728X-RAY DIFFRACTION4.518TORSIONAL
12B1728X-RAY DIFFRACTION4.518TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.12560.38541380.3338232099
2.1256-2.15250.37411500.3252238499
2.1525-2.18090.36941470.3362358100
2.1809-2.21070.3571250.34082333100
2.2107-2.24230.31781460.318236599
2.2423-2.27580.3621150.3093234199
2.2758-2.31140.38121550.328233799
2.3114-2.34920.33461600.3121233599
2.3492-2.38980.37551110.3211236699
2.3898-2.43320.32751620.3212237399
2.4332-2.480.33851270.3114227899
2.48-2.53060.34991360.2874234298
2.5306-2.58560.33391320.3052234998
2.5856-2.64580.30361410.3001229598
2.6458-2.71190.36031490.2831229797
2.7119-2.78530.31481320.2984238698
2.7853-2.86720.29251400.2747229298
2.8672-2.95970.30861220.2855228097
2.9597-3.06550.34721380.2927231797
3.0655-3.18820.32791340.2761226597
3.1882-3.33330.32911390.2722232797
3.3333-3.5090.27591400.2524229397
3.509-3.72870.28521410.2389224996
3.7287-4.01650.23121330.2338231797
4.0165-4.42040.22831330.2216229397
4.4204-5.05940.20891480.1941232298
5.0594-6.37190.23551380.2415233699
6.3719-47.20.2241360.1974215390
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7881-0.0573-1.06060.8181.15632.06830.0902-1.58821.55290.16060.0335-0.1026-0.21160.4319-0.18480.3169-0.02660.03950.8314-0.40360.703313.662-25.6379.57
22.6696-1.22640.67375.57670.66537.3145-0.1485-0.1126-0.11960.14940.0597-0.30840.6190.46680.06990.3591-0.01290.08950.23040.04090.230914.901-51.392-10.531
34.0532-0.4183-0.89183.26151.39553.84690.0336-0.13360.8473-0.20110.2265-0.3588-0.10890.2092-0.29320.2725-0.03650.02520.1966-0.00970.361612.731-32.347-7.686
40.2251-0.19750.15680.3105-0.38520.54890.7793-0.1326-0.6230.32830.48380.61091.0013-0.7627-0.82331.281-0.5675-0.52080.70320.3981.121435.598-57.11221.638
51.22581.70250.88173.2805-0.34453.62270.5687-0.8506-0.5773-0.08010.210.44011.1093-1.8345-0.6080.7077-0.3778-0.21910.89710.31730.653933.036-48.88722.866
63.6716-0.9024-0.67554.69590.48892.4696-0.11840.11410.0356-0.34170.05720.14120.1862-0.13510.05580.4116-0.08870.07830.2583-0.02490.22848.085-27.2456.365
70.1492-0.28130.60871.0663-0.10084.15470.8045-0.2618-0.933-0.25020.5181-0.07740.9171-1.1468-0.39670.9349-0.3199-0.41030.51010.29590.848744.562-53.13227.719
81.8864-0.13150.20071.2903-1.47766.06850.07930.3054-0.4059-0.14060.0494-0.22511.0962-0.0599-0.07960.4362-0.04910.03740.2209-0.03880.469550.097-44.2078.243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 32:143 )A32 - 143
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 144:243 )A144 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 244:319 )A244 - 319
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 33:51 )B33 - 51
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 52:143 )B52 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 144:274 )B144 - 274
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 275:300 )B275 - 300
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 301:319 )B301 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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