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Yorodumi- PDB-7w6g: TKS-L190G mutant from Cannabis sativa in complex with lauroyl-CoA -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7w6g | ||||||
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Title | TKS-L190G mutant from Cannabis sativa in complex with lauroyl-CoA | ||||||
Components | 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase | ||||||
Keywords | LIGASE / tetraketide synthase / type III polypeptide synthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase / Lyases; Carbon-sulfur lyases / cannabinoid biosynthetic process / terpenoid biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / lyase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cannabis sativa (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Nakashima, Y. / Lee, Y.E. / Morita, H. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Org.Lett. / Year: 2022 Title: Dual Engineering of Olivetolic Acid Cyclase and Tetraketide Synthase to Generate Longer Alkyl-Chain Olivetolic Acid Analogs. Authors: Lee, Y.E. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Chen, X. / Morita, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7w6g.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7w6g.ent.gz | 743.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7w6g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7w6g_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7w6g_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 7w6g_validation.xml.gz | 62.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7w6g_validation.cif.gz | 85.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6g | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7w6dC 7w6eC 7w6fC 6gw3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 42617.969 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: L190G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cannabis sativa (plant) / Gene: OLS, CAN24, PKS-1, TKS / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: B1Q2B6, 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase, Lyases; Carbon-sulfur lyases |
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-Non-polymers , 6 types, 638 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PEG / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PG4 / | #6: Chemical | ChemComp-1PE / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M ammonium acetate, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.07 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Jan 31, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→47.18 Å / Num. obs: 148561 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.29 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 4.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.807 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4413 / CC1/2: 0.684 / Rrim(I) all: 1.117 / % possible all: 96.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6GW3 Resolution: 2.1→47.18 Å / SU ML: 0.2657 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / Phase error: 26.5107 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→47.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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