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- PDB-7w6f: Polyketide cyclase OAC-F24I mutant from Cannabis sativa in comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7w6f | ||||||
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Title | Polyketide cyclase OAC-F24I mutant from Cannabis sativa in complex with 6-nonylresorcylic acid | ||||||
![]() | Olivetolic acid cyclase | ||||||
![]() | LYASE / olivetolic acid cyclase / polypeptide cyclase | ||||||
Function / homology | ![]() olivetolic acid cyclase / olivetolic acid biosynthetic process / cannabinoid biosynthetic process / pollen tube adhesion / cyclase activity / terpenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakashima, Y. / Lee, Y.E. / Morita, H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Dual Engineering of Olivetolic Acid Cyclase and Tetraketide Synthase to Generate Longer Alkyl-Chain Olivetolic Acid Analogs. Authors: Lee, Y.E. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Chen, X. / Morita, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 178.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 117.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 814.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 816.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7w6dC ![]() 7w6eC ![]() 7w6gC ![]() 5b08S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12195.995 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.1 M MES-NaOH pH 6.5, 25% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Dec 19, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.58→40.32 Å / Num. obs: 47509 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 9.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.58→1.61 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1188 / CC1/2: 0.884 / Rrim(I) all: 0.43 / % possible all: 93.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5B08 Resolution: 1.58→40.32 Å / SU ML: 0.1476 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / Phase error: 17.0396 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.58→40.32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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