PDB-7w6d: Polyketide cyclase OAC-F24I mutant from Cannabis sativa in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w6d

タイトル

Polyketide cyclase OAC-F24I mutant from Cannabis sativa in complex with olivetolic acid

要素

Olivetolic acid cyclase

キーワード

LYASE / olivetolic acid cyclase / polypeptide cyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

olivetolic acid cyclase / olivetolic acid biosynthetic process / cannabinoid biosynthetic process / pollen tube adhesion / cyclase activity / terpenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cannabis sativa (アサ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Lee, Y.E. / Morita, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Org.Lett. / 年: 2022
タイトル: Dual Engineering of Olivetolic Acid Cyclase and Tetraketide Synthase to Generate Longer Alkyl-Chain Olivetolic Acid Analogs.
著者: Lee, Y.E. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Chen, X. / Morita, H.

履歴

登録	2021年12月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w6d.cif.gz	187.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w6d.ent.gz	125.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7w6eC 7w6fC 7w6gC 5b08S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7w6f-d 3hf5-2 7w6e-d 5b0f-d 3h7j-1 5e2f-2 5b0e-d 5b08-d 2ozj-1 2a8e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Olivetolic acid cyclase

B: Olivetolic acid cyclase

ヘテロ分子

24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.795, 39.431, 43.412
Angle α, β, γ (deg.)	70.379, 75.480, 67.777
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Olivetolic acid cyclase 分子量: 12195.995 Da / 分子数: 2 / 変異: F24I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / 遺伝子: OAC / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: I6WU39, olivetolic acid cyclase
#2: 化合物	ChemComp-4MX / 2,4-bis(oxidanyl)-6-pentyl-benzoic acid / オリベト-ル酸分子量: 224.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES-NaOH pH 6.5, 30% PEG3350, 1.2% 1,3-butanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→40.48 Å / Num. obs: 51358 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 13.51 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.148 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 1259 / CC_1/2: 0.975 / R_rim(I) all: 0.2 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B08

5b08

解像度: 1.54→40.48 Å / SU ML: 0.1308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 17.3014
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.176	2429	4.73 %
R_work	0.1519	48929	-
obs	0.153	51358	92.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→40.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1741	0	0	247	1988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2041
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.918	2802
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0614	298
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	359
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.5531	753

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.57	0.1741	137	0.1971	2787	X-RAY DIFFRACTION	89.09
1.57-1.61	0.2356	127	0.1933	2877	X-RAY DIFFRACTION	93.12
1.61-1.64	0.2158	116	0.1839	2985	X-RAY DIFFRACTION	92.9
1.64-1.68	0.2263	133	0.187	2873	X-RAY DIFFRACTION	93.07
1.68-1.73	0.1796	152	0.1804	2933	X-RAY DIFFRACTION	93.15
1.73-1.78	0.2044	166	0.1818	2833	X-RAY DIFFRACTION	93.08
1.78-1.84	0.2244	136	0.1761	2950	X-RAY DIFFRACTION	93.97
1.84-1.9	0.1811	141	0.1733	2826	X-RAY DIFFRACTION	91.63
1.9-1.98	0.2151	137	0.1622	2924	X-RAY DIFFRACTION	93.55
1.98-2.07	0.1668	156	0.1539	2947	X-RAY DIFFRACTION	93.18
2.07-2.18	0.1835	149	0.153	2891	X-RAY DIFFRACTION	93.42
2.18-2.32	0.2003	137	0.1502	2917	X-RAY DIFFRACTION	93.62
2.32-2.49	0.1715	171	0.1482	2837	X-RAY DIFFRACTION	92.33
2.49-2.75	0.155	152	0.1465	2806	X-RAY DIFFRACTION	90.62
2.75-3.14	0.171	147	0.1444	2879	X-RAY DIFFRACTION	92.2
3.14-3.96	0.1767	138	0.1247	2842	X-RAY DIFFRACTION	91.13
3.96-40.48	0.137	134	0.139	2822	X-RAY DIFFRACTION	90.95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0134748845368	-0.0240873433726	0.0359792085239	0.0552229437278	-0.0839459083553	0.123149252207	0.158949793423	0.343967923735	-0.0489736605434	0.217699255898	-0.152214454968	0.118625121652	-0.381991978534	-0.290363881185	0.00134124232571	0.133239447566	-0.00611653007018	-0.0166615771301	0.161500425545	-0.0299343881684	0.186142405817	33.1209922548	4.86138392299	6.19739784456
2	0.508267177855	-0.257407677711	0.193744954785	0.354835413689	-0.098346725837	0.119474361422	0.19099014763	0.0963838368592	0.208463989602	-0.15890274875	-0.0709172255671	-0.0044366521365	0.0115919071508	0.0110480536938	0.0377705221177	0.0598825357486	-0.00260614227582	0.0124873271111	0.0718016509998	0.0122803099464	0.106197671014	12.0394265369	12.3034634607	10.9316691944
3	0.432850631826	0.263525871514	-0.553575599248	0.523449834503	-0.348019060974	0.899926507314	0.05305806408	-0.031335906557	0.166995553671	0.188460193252	0.00040726772093	0.0379698035754	-0.0796168387327	0.027232644819	0.0259581702859	0.10332010532	0.0161137377548	0.0129698566915	0.0888435394542	-0.0196902714557	0.0842874641055	9.33148161174	13.2034000393	22.9045692221
4	0.790759531518	-0.363614895309	-0.318874652199	0.984431189016	0.133257788329	1.14444711206	-0.204012923938	-0.198050743145	-0.0148020871037	0.0956992205029	-0.0838786658782	-0.315230660863	0.323398770748	0.440046622757	-0.241494644984	0.150705446613	0.0700660847497	0.00349804092729	0.167850471336	0.0315036999688	0.0645353188377	21.981688892	2.17746387474	19.3113728765
5	0.326201780244	0.219271842282	-0.40388874873	0.45621354803	-0.241851029975	1.08185968742	0.141316889075	0.14832022004	0.0330344584076	0.141195650689	-0.00534369178388	0.28190373021	-0.211978695496	0.0440329963801	0.0329506446609	0.0997698863572	0.0132887172171	0.0124674547681	0.0847114480994	-0.00962525529802	0.250919553809	10.5932713304	20.8940062882	10.3640297149
6	0.317384553688	0.325892374983	-0.105737587438	0.275775007009	0.00865771053594	0.132551500923	0.103146822275	-0.070082443434	0.0425793838035	-0.159711147761	-0.102365171261	-0.00457424725342	0.00510616867297	0.0829195326708	-0.00186342385951	0.0743692251822	0.0179630831618	0.00796634427736	0.088190138261	0.00694739514315	0.107204701773	19.1142749402	10.2829340737	12.1126109125
7	0.578396944776	-0.0620473138831	-0.142083605885	0.7830737617	0.113648538126	0.657779597677	-0.0460643275809	0.018139705987	0.032093812938	-0.0544495487053	-0.00945629467486	0.0342273296617	0.142271681867	0.00712714266706	-0.0424216162735	0.0557749012499	0.00632372969793	-0.0100442922778	0.0570331515184	0.00234259129485	0.0697451710816	12.0776410852	4.9346445322	12.4652533161
8	0.289037271799	-0.26288489684	-0.374009988755	0.726763479254	-0.135261000988	0.392942423967	-0.00828669369642	0.0717428181101	0.0218508927281	0.0171381938283	0.0874689091901	0.107126734099	0.0861060708785	0.123304564512	0.00723343091981	0.0730728884185	-0.0187863320279	-0.011102152358	0.0900424944785	0.0200151874289	0.0927836006968	15.9302970868	19.0388750969	-0.270098781756
9	0.144717562993	0.0284845402708	-0.305717926455	0.849776503305	-0.246235878947	0.692299783674	0.0450779075362	0.0450739354495	-0.0845805507438	-0.108150260189	0.1915772703	-0.404803936735	0.00262563156936	0.240795565636	0.034114916374	0.127436173986	-0.00655518644013	-0.00518480018353	0.111838413068	-0.0200436957715	0.110990239914	23.8801552532	22.0897527901	-7.87324125147
10	0.189226926264	0.0703349437137	-0.218557723557	0.265801321613	-0.181800933866	0.15881698582	-0.06891938188	0.018107171717	0.0258463210793	-0.060812773098	0.0370773740234	-0.0399703452208	0.0915894884146	-0.116556439034	0.000453011591312	0.0910217424088	-0.0109070521719	-0.0135287561684	0.0811705123478	0.00273840448924	0.109330840937	13.5741630956	8.74166395503	0.174675353941
11	0.876414718074	0.349376596765	0.23874283984	1.10167323546	-0.0645717530842	0.593971239061	0.0421475712022	0.00259810787129	0.00171384084	-0.0299274417395	-0.0101216771017	0.0321333837121	-0.088285765481	-0.045984326837	0.0274541444357	0.0650865441177	-0.00983089121578	0.00776445892537	0.0787496948653	0.00400942217061	0.0537209033559	16.9907138507	25.6499469918	-0.487803917314

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 2 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 3 through 11 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 12 through 32 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 38 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 39 through 56 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 57 through 65 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 66 through 101 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -2 through 16 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 17 through 39 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 40 through 56 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 57 through 101 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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