PDB-7vl5: The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vl5

タイトル

The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavibacterium album with n-octyl-beta-D-glucoside

要素

Beta-galactosidase

キーワード

TRANSFERASE / beta-1 / 2-glucosyltransferase Glycoside / hydrolase family 35 / HYDROLASE

機能・相同性

Glycoside hydrolase 35, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 35 / Glycoside hydrolase, family 35 / Class I glutamine amidotransferase-like / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / Beta-galactosidase

機能・相同性情報

生物種

Ignavibacterium album (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Characterization and structural analyses of a novel glycosyltransferase acting on the beta-1,2-glucosidic linkages.
著者: Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2021年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vl5.cif.gz	325.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vl5.ent.gz	249.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vl5_validation.pdf.gz	847.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vl5_full_validation.pdf.gz	856.3 KB	表示
XML形式データ	7vl5_validation.xml.gz	55 KB	表示
CIF形式データ	7vl5_validation.cif.gz	80.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkwC 7vkxC 7vkyC 7vkzC 7vl0C 7vl1C 7vl2C 7vl3C 7vl4C 7vl6C 7vl7C 7x87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vl7-d 7vky-d 7vl3-d 7vl2-d 7vl6-d 7vl4-d 7vl1-d 7vl0-d 7vkw-d 7vkx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

167 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.142, 71.590, 129.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.024, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Beta-galactosidase

分子量: 83165.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ignavibacterium album (strain DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16) (バクテリア)
株: DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16 / 遺伝子: IALB_1185 / プラスミド: pET30a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I0AIT9

#2: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 760 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 0.2M calcium acetate, 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→47.89 Å / Num. obs: 108358 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5326 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.93→19.986 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 4.046 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2125	5443	5.028 %
R_work	0.17	102804	-
all	0.172	-	-
obs	-	108247	99.881 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.528 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→19.986 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11651	0	41	760	12452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	11991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.644	16187
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.332	1.588	26089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.355	5	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.018	23.498	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.961	15	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.505	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	13425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	11109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	5882
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	5582
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	824
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.101	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.054	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.129	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.652	2.089	5632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.652	2.088	5631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.466	3.125	7033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.465	3.125	7034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.38	2.343	6359
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.38	2.343	6359
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.796	3.396	9154
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.796	3.396	9155
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.943	24.329	14009
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.911	24.209	13851

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.93-1.98	0.299	407	0.249	7517	0.251	7924	0.82	0.839	100	0.22
1.98-2.033	0.284	369	0.236	7321	0.238	7691	0.851	0.866	99.987	0.203
2.033-2.092	0.261	393	0.21	7076	0.213	7470	0.877	0.897	99.9866	0.18
2.092-2.155	0.266	342	0.207	6939	0.209	7282	0.885	0.905	99.9863	0.174
2.155-2.225	0.244	375	0.19	6705	0.193	7081	0.906	0.921	99.9859	0.157
2.225-2.302	0.245	321	0.182	6499	0.185	6820	0.913	0.926	100	0.151
2.302-2.388	0.225	333	0.178	6267	0.18	6601	0.924	0.932	99.9848	0.147
2.388-2.484	0.211	295	0.16	6090	0.162	6385	0.938	0.948	100	0.13
2.484-2.593	0.212	308	0.157	5805	0.16	6113	0.941	0.952	100	0.128
2.593-2.717	0.221	298	0.166	5553	0.169	5851	0.938	0.948	100	0.138
2.717-2.861	0.22	300	0.156	5291	0.16	5591	0.936	0.953	100	0.132
2.861-3.031	0.214	279	0.171	4957	0.174	5237	0.941	0.95	99.9809	0.148
3.031-3.234	0.224	257	0.174	4721	0.177	4979	0.938	0.951	99.9799	0.156
3.234-3.486	0.202	229	0.177	4417	0.178	4647	0.953	0.958	99.9785	0.164
3.486-3.807	0.195	202	0.163	4108	0.165	4312	0.96	0.966	99.9536	0.151
3.807-4.237	0.166	194	0.131	3725	0.133	3919	0.97	0.976	100	0.122
4.237-4.857	0.155	185	0.123	3278	0.125	3463	0.976	0.981	100	0.116
4.857-5.862	0.175	159	0.146	2836	0.148	2995	0.974	0.979	100	0.137
5.862-7.955	0.194	122	0.16	2252	0.162	2374	0.958	0.97	100	0.148
7.955-19.986	0.152	75	0.167	1447	0.166	1522	0.981	0.98	100	0.165

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