PDB-7vl4: The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vl4

タイトル

The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavibacterium album with methyl beta-D-glucoside

要素

beta-1,2-glucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / beta-1 / 2-glucosyltransferase Glycoside / hydrolase family 35 / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-1,2-glucosyltransferase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Ignavibacterium album (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Characterization and structural analyses of a novel glycosyltransferase acting on the beta-1,2-glucosidic linkages.
著者: Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2021年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vl4.cif.gz	329.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vl4.ent.gz	253.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vl4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vl4_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vl4_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7vl4_validation.xml.gz	56.8 KB	表示
CIF形式データ	7vl4_validation.cif.gz	85.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkwC 7vkxC 7vkyC 7vkzC 7vl0C 7vl1C 7vl2C 7vl3C 7vl5C 7vl6C 7vl7C 7x87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vl6-d 7vl3-d 7vl5-d 7vl7-d 7vkx-d 7vl1-d 7vl2-d 7vkw-d 7vky-d 7vl0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-1,2-glucosyltransferase

B: beta-1,2-glucosyltransferase

ヘテロ分子

167 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.949, 71.650, 130.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.590, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

beta-1,2-glucosyltransferase / Beta-galactosidase

分子量: 83165.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ignavibacterium album (strain DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16) (バクテリア)
株: DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16 / 遺伝子: IALB_1185 / プラスミド: pET30a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I0AIT9

#2: 糖

ChemComp-MGL / methyl beta-D-glucopyranoside / O1-METHYL-GLUCOSE / methyl beta-D-glucoside / methyl D-glucoside / methyl glucoside / メチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 957 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 0.2M calcium acetate, 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→47.99 Å / Num. obs: 126164 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6096 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.83→19.978 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 3.317 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2085	6227	4.989 %
R_work	0.1713	118589	-
all	0.173	-	-
obs	-	124816	97.337 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.267 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	-0 Å²	0.001 Å²
2-	-	0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→19.978 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11666	0	27	957	12650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	12007
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.569	1.643	16217
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.346	1.584	26076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.014	5	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.688	23.509	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.729	15	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.789	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	13471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	10865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	5857
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	5510
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	886
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.182	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.05	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.175	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.128	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.318	1.442	5650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.318	1.442	5649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.093	2.155	7059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.093	2.155	7060
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.965	1.656	6357
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.965	1.656	6357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.172	2.385	9158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.172	2.385	9159
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.631	17.047	14003
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.562	16.861	13792

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.83-1.877	0.303	435	0.272	8616	0.273	9388	0.782	0.789	96.4103	0.24
1.877-1.928	0.267	448	0.244	8339	0.245	9092	0.85	0.858	96.6454	0.209
1.928-1.983	0.249	426	0.226	8198	0.227	8907	0.876	0.879	96.8227	0.192
1.983-2.044	0.251	407	0.206	7941	0.208	8615	0.885	0.902	96.9008	0.171
2.044-2.11	0.23	423	0.195	7708	0.197	8367	0.914	0.92	97.1794	0.165
2.11-2.183	0.207	367	0.182	7485	0.184	8072	0.927	0.931	97.2745	0.154
2.183-2.264	0.222	384	0.176	7216	0.178	7799	0.922	0.936	97.4484	0.147
2.264-2.356	0.216	350	0.164	7041	0.167	7574	0.929	0.945	97.5838	0.138
2.356-2.459	0.205	348	0.153	6716	0.155	7231	0.939	0.954	97.6905	0.129
2.459-2.577	0.198	342	0.15	6411	0.152	6901	0.945	0.956	97.8554	0.128
2.577-2.714	0.189	325	0.148	6142	0.15	6607	0.953	0.96	97.881	0.129
2.714-2.875	0.205	321	0.154	5827	0.156	6274	0.942	0.956	97.9917	0.136
2.875-3.069	0.202	278	0.158	5509	0.16	5900	0.946	0.957	98.0847	0.145
3.069-3.309	0.207	259	0.169	5141	0.171	5502	0.944	0.951	98.1461	0.159
3.309-3.614	0.181	258	0.161	4708	0.162	5055	0.961	0.965	98.2394	0.157
3.614-4.025	0.178	216	0.144	4318	0.145	4605	0.967	0.973	98.4582	0.143
4.025-4.616	0.164	213	0.128	3818	0.13	4134	0.972	0.978	97.5085	0.132
4.616-5.58	0.197	179	0.151	3172	0.154	3519	0.968	0.973	95.2259	0.16
5.58-7.6	0.199	132	0.177	2632	0.178	2787	0.965	0.965	99.1747	0.179
7.6-19.978	0.184	116	0.166	1651	0.167	1782	0.969	0.973	99.1582	0.184

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