PDB-7vl2: The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vl2

タイトル

The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavibacterium album with ethyl alpha-D-Glucoside

要素

beta-1,2-glucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / beta-1 / 2-glucosyltransferase Glycoside / hydrolase family 35 / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-1,2-glucosyltransferase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Ignavibacterium album (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Characterization and structural analyses of a novel glycosyltransferase acting on the beta-1,2-glucosidic linkages.
著者: Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2021年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2022年4月6日	Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
改定 2.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vl2.cif.gz	322.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vl2.ent.gz	249.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vl2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vl2_validation.pdf.gz	759.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vl2_full_validation.pdf.gz	766.2 KB	表示
XML形式データ	7vl2_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	7vl2_validation.cif.gz	79.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkwC 7vkxC 7vkyC 7vkzC 7vl0C 7vl1C 7vl3C 7vl4C 7vl5C 7vl6C 7vl7C 7x87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vl7-d 7vl1-d 7vky-d 7vl5-d 7vl6-d 7vkw-d 7vl0-d 7vl3-d 7vl4-d 7vkx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-1,2-glucosyltransferase

B: beta-1,2-glucosyltransferase

ヘテロ分子

167 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.753, 71.517, 129.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.131, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	beta-1,2-glucosyltransferase / Beta-galactosidase 分子量: 83165.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ignavibacterium album (strain DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16) (バクテリア) 株: DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16 / 遺伝子: IALB_1185 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I0AIT9
#2: 糖	ChemComp-BW3 / (2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-ethoxy-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol / Ethyl alpha-D-glucopyranoside / α-エチルグルコシドタイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 208.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 0.2M calcium acetate, 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月27日
放射	モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.84 Å / Num. obs: 135219 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6738 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→43.978 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 2.946 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2036	6793	5.024 %
R_work	0.1717	128424	-
all	0.173	-	-
obs	-	135217	99.992 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.185 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.002 Å²	-0 Å²	-0.001 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.978 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11642	0	15	769	12426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	11956
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.572	1.642	16144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.389	1.583	25984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.008	5	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.376	23.488	645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.416	15	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.705	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	13414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	10827
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	5852
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	5330
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	756
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.069	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.197	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.133	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.519	1.731	5628
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.518	1.73	5627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.289	2.588	7028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.289	2.589	7029
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.307	1.983	6328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.307	1.983	6329
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.641	2.859	9116
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.641	2.859	9117
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.629	20.169	13783
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.629	20.17	13784

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.302	513	0.258	9431	0.261	9945	0.828	0.839	99.9899	0.231
1.847-1.897	0.264	473	0.241	9206	0.242	9679	0.87	0.872	100	0.21
1.897-1.952	0.271	447	0.217	9022	0.22	9469	0.874	0.892	100	0.186
1.952-2.012	0.237	497	0.201	8623	0.203	9120	0.907	0.915	100	0.169
2.012-2.078	0.21	411	0.185	8471	0.186	8882	0.929	0.933	100	0.155
2.078-2.151	0.236	446	0.184	8140	0.187	8586	0.919	0.933	100	0.156
2.151-2.232	0.216	407	0.17	7872	0.172	8279	0.933	0.942	100	0.144
2.232-2.322	0.214	437	0.164	7569	0.167	8006	0.936	0.95	100	0.138
2.322-2.425	0.186	387	0.157	7276	0.159	7663	0.949	0.953	100	0.132
2.425-2.543	0.198	366	0.155	6941	0.157	7307	0.947	0.957	100	0.132
2.543-2.681	0.197	377	0.16	6583	0.162	6960	0.946	0.956	100	0.137
2.681-2.842	0.235	332	0.165	6298	0.168	6630	0.929	0.952	100	0.145
2.842-3.038	0.188	282	0.166	5905	0.167	6187	0.954	0.957	100	0.148
3.038-3.28	0.192	290	0.173	5522	0.173	5812	0.955	0.962	100	0.16
3.28-3.591	0.196	237	0.177	5143	0.178	5380	0.96	0.962	100	0.168
3.591-4.012	0.172	269	0.151	4547	0.152	4816	0.97	0.973	100	0.146
4.012-4.626	0.152	219	0.126	4092	0.127	4311	0.976	0.98	100	0.124
4.626-5.65	0.164	169	0.151	3480	0.151	3649	0.975	0.978	100	0.148
5.65-7.925	0.202	152	0.17	2713	0.171	2865	0.962	0.971	100	0.163
7.925-43.978	0.181	82	0.187	1590	0.187	1672	0.976	0.975	100	0.192

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