PDB-7vl0: The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vl0

タイトル

The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavibacterium album with p-nitrophenyl-alpha-D-glucopyranoside

要素

Beta-galactosidase

キーワード

TRANSFERASE / beta-1 / 2-glucosyltransferase Glycoside / hydrolase family 35 / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-1,2-glucosyltransferase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Ignavibacterium album (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Characterization and structural analyses of a novel glycosyltransferase acting on the beta-1,2-glucosidic linkages.
著者: Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2021年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vl0.cif.gz	325.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vl0.ent.gz	250.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vl0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vl0_validation.pdf.gz	1006.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vl0_full_validation.pdf.gz	1016.7 KB	表示
XML形式データ	7vl0_validation.xml.gz	55.6 KB	表示
CIF形式データ	7vl0_validation.cif.gz	82.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkwC 7vkxC 7vkyC 7vkzC 7vl1C 7vl2C 7vl3C 7vl4C 7vl5C 7vl6C 7vl7C 7x87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vky-d 7vl2-d 7vl7-d 7vl3-d 7vkw-d 7vl1-d 7vl5-d 7vl6-d 7vl4-d 7vkz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

167 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.576, 71.533, 129.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.794, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Beta-galactosidase

分子量: 83165.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ignavibacterium album (strain DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16) (バクテリア)
株: DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16 / 遺伝子: IALB_1185 / プラスミド: pET30a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I0AIT9

#2: 糖

ChemComp-PNG / 4-nitrophenyl alpha-D-glucopyranoside / 4'-NITROPHENYL-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSIDE / 4-nitrophenyl alpha-D-glucoside / 4-nitrophenyl D-glucoside / 4-nitrophenyl glucoside

タイプ: D-saccharide / 分子量: 301.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅NO₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 0.2M calcium acetate, 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→47.86 Å / Num. obs: 135895 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6639 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→19.891 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 3.347 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2183	6826	5.027 %
R_work	0.1798	128952	-
all	0.182	-	-
obs	-	135778	99.846 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.756 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.002 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→19.891 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11651	0	43	815	12509

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	11995
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.557	1.645	16199
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.357	1.584	26023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.954	5	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.973	23.498	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.974	15	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.145	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	13449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	10961
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	5855
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	5252
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	780
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.052	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.095	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.097	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.581	2.007	5632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.58	2.007	5631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.277	3.004	7033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.276	3.005	7034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.322	2.259	6363
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.322	2.259	6363
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.623	3.276	9166
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.623	3.276	9167
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.613	23.449	13903
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.566	23.275	13733

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.79-1.836	0.284	473	0.265	9349	0.265	9903	0.806	0.818	99.1821	0.243
1.836-1.886	0.275	484	0.241	9198	0.243	9684	0.836	0.856	99.9793	0.216
1.886-1.94	0.315	460	0.274	8984	0.276	9445	0.81	0.821	99.9894	0.241
1.94-1.999	0.249	488	0.208	8606	0.211	9094	0.891	0.9	100	0.183
1.999-2.064	0.252	469	0.2	8433	0.203	8902	0.888	0.91	100	0.174
2.064-2.136	0.252	444	0.196	8148	0.199	8592	0.894	0.914	100	0.171
2.136-2.215	0.213	421	0.187	7896	0.188	8317	0.925	0.931	100	0.161
2.215-2.305	0.281	425	0.223	7553	0.226	7982	0.896	0.912	99.9499	0.193
2.305-2.406	0.205	419	0.168	7282	0.17	7701	0.935	0.944	100	0.145
2.406-2.521	0.217	347	0.158	6972	0.161	7319	0.939	0.952	100	0.138
2.521-2.655	0.215	303	0.166	6715	0.168	7018	0.935	0.948	100	0.145
2.655-2.813	0.212	337	0.168	6294	0.171	6631	0.933	0.946	100	0.148
2.813-3.003	0.229	313	0.176	5910	0.178	6223	0.929	0.947	100	0.157
3.003-3.238	0.228	266	0.178	5574	0.18	5840	0.929	0.95	100	0.165
3.238-3.537	0.208	267	0.176	5127	0.177	5394	0.946	0.957	100	0.166
3.537-3.939	0.184	253	0.159	4646	0.16	4900	0.963	0.966	99.9796	0.151
3.939-4.519	0.149	228	0.131	4117	0.132	4345	0.974	0.977	100	0.127
4.519-5.465	0.169	172	0.142	3566	0.143	3738	0.978	0.98	100	0.138
5.465-7.452	0.209	159	0.171	2813	0.173	2972	0.961	0.966	100	0.164
7.452-19.891	0.199	98	0.17	1768	0.172	1866	0.962	0.972	100	0.169

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