PDB-7vky: The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vky

タイトル

The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavibacterium album with sophorose

要素

beta-1,2-glucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / beta-1 / 2-glucosyltransferase Glycoside / hydrolase family 35 / HYDROLASE

機能・相同性

Glycoside hydrolase 35, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 35 / Glycoside hydrolase, family 35 / Class I glutamine amidotransferase-like / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / Beta-galactosidase

機能・相同性情報

生物種

Ignavibacterium album (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Characterization and structural analyses of a novel glycosyltransferase acting on the beta-1,2-glucosidic linkages.
著者: Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2021年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vky.cif.gz	319.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vky.ent.gz	246.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vky_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vky_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7vky_validation.xml.gz	52.7 KB	表示
CIF形式データ	7vky_validation.cif.gz	77.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vky	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkwC 7vkxC 7vkzC 7vl0C 7vl1C 7vl2C 7vl3C 7vl4C 7vl5C 7vl6C 7vl7C 7x87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vl7-d 7vl3-d 7vl5-d 7vl2-d 7vl0-d 7vkw-d 7vl6-d 7vl1-d 7vkx-d 7vkz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-1,2-glucosyltransferase

B: beta-1,2-glucosyltransferase

ヘテロ分子

167 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.530, 71.660, 129.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.020, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

beta-1,2-glucosyltransferase / Beta-galactosidase

分子量: 83165.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ignavibacterium album (strain DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16) (バクテリア)
株: DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16 / 遺伝子: IALB_1185 / プラスミド: pET30a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I0AIT9

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

#3: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-2DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 0.2M calcium acetate, 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→57.14 Å / Num. obs: 307557 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.386 / Num. unique obs: 4817 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→55.312 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.971 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	4785	4.906 %
R_work	0.1656	92755	-
all	0.168	-	-
obs	-	97540	99.82 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.008 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0.003 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→55.312 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11633	0	49	597	12279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	11981
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.577	1.646	16183
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.334	1.585	26019
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.184	5	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.445	23.478	644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.829	15	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.438	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	13403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	11082
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	5843
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	5628
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	666
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.061	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.119	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.276	1.445	5624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.276	1.444	5623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.029	2.159	7023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.029	2.16	7024
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.841	1.637	6357
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.841	1.637	6358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.994	2.362	9160
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.993	2.362	9161
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.159	16.565	13745
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.159	16.565	13746

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.255	371	0.205	6819	X-RAY DIFFRACTION	99.8472
2.052-2.108	0.239	348	0.194	6653	X-RAY DIFFRACTION	99.7293
2.108-2.169	0.226	333	0.19	6444	X-RAY DIFFRACTION	99.8821
2.169-2.236	0.233	331	0.18	6283	X-RAY DIFFRACTION	99.5934
2.236-2.309	0.227	305	0.171	6059	X-RAY DIFFRACTION	99.6243
2.309-2.39	0.213	285	0.173	5897	X-RAY DIFFRACTION	99.6293
2.39-2.481	0.22	291	0.166	5732	X-RAY DIFFRACTION	99.8508
2.481-2.582	0.218	280	0.161	5453	X-RAY DIFFRACTION	99.8781
2.582-2.697	0.203	290	0.16	5280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.697-2.828	0.223	251	0.164	5021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.828-2.981	0.221	244	0.169	4817	X-RAY DIFFRACTION	99.8619
2.981-3.162	0.2	228	0.165	4526	X-RAY DIFFRACTION	99.9579
3.162-3.38	0.212	227	0.169	4271	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.65	0.183	200	0.162	3982	X-RAY DIFFRACTION	99.7615
3.65-3.998	0.16	186	0.146	3680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.998-4.47	0.16	165	0.129	3353	X-RAY DIFFRACTION	99.9432
4.47-5.16	0.164	157	0.138	2929	X-RAY DIFFRACTION	99.9676
5.16-6.317	0.214	142	0.171	2497	X-RAY DIFFRACTION	99.9621
6.317-8.923	0.178	88	0.161	1972	X-RAY DIFFRACTION	99.8546

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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