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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vfh
タイトルCryo-EM structure of Vaccinia virus scaffolding protein D13 trimer sextet
要素Scaffold protein D13
キーワードVIRAL PROTEIN / Scaffold / capsid / double-jelly-roll
機能・相同性Poxvirus rifampicin-resistance / Poxvirus rifampicin resistance protein / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / Scaffold protein OPG125
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Wolf, M. / Hyun, J. / Matsunami, H. / Kim, T.G.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101076 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17K07318 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K06039 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Assembly mechanism of the pleomorphic immature poxvirus scaffold.
著者: Jaekyung Hyun / Hideyuki Matsunami / Tae Gyun Kim / Matthias Wolf /
要旨: In Vaccinia virus (VACV), the prototype poxvirus, scaffold protein D13 forms a honeycomb-like lattice on the viral membrane that results in formation of the pleomorphic immature virion (IV). The ...In Vaccinia virus (VACV), the prototype poxvirus, scaffold protein D13 forms a honeycomb-like lattice on the viral membrane that results in formation of the pleomorphic immature virion (IV). The structure of D13 is similar to those of major capsid proteins that readily form icosahedral capsids in nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs). However, the detailed assembly mechanism of the nonicosahedral poxvirus scaffold has never been understood. Here we show the cryo-EM structures of the D13 trimer and scaffold intermediates produced in vitro. The structures reveal that the displacement of the short N-terminal α-helix is critical for initiation of D13 self-assembly. The continuous curvature of the IV is mediated by electrostatic interactions that induce torsion between trimers. The assembly mechanism explains the semiordered capsid-like arrangement of D13 that is distinct from icosahedral NCLDVs. Our structures explain how a single protein can self-assemble into different capsid morphologies and represent a local exception to the universal Caspar-Klug theory of quasi-equivalence.
履歴
登録2021年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31954
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Scaffold protein D13
B: Scaffold protein D13
C: Scaffold protein D13
D: Scaffold protein D13
E: Scaffold protein D13
F: Scaffold protein D13
G: Scaffold protein D13
H: Scaffold protein D13
I: Scaffold protein D13
L: Scaffold protein D13
J: Scaffold protein D13
K: Scaffold protein D13
N: Scaffold protein D13
O: Scaffold protein D13
M: Scaffold protein D13
Q: Scaffold protein D13
R: Scaffold protein D13
P: Scaffold protein D13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,076,71018
ポリマ－1,076,71018
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Scaffold protein D13 / 62 kDa protein / Rifampicin resistance protein


分子量: 59817.219 Da / 分子数: 18 / 変異: M1-K17del / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (strain Western Reserve) (ウイルス)
株: Western Reserve / 遺伝子: VACWR118, D13L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P68440

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vaccinia virus scaffolding protein D13 with N-terminal 17 residue truncation, in its trimer sextet oligomeric state
タイプ: COMPLEX
詳細: Recombinant D13 was expressed with N-terminal polyhistidine-tag (His-tag) using bacterial expression system. The protein was purified using metal affinity chromatography. His-tag was removed ...詳細: Recombinant D13 was expressed with N-terminal polyhistidine-tag (His-tag) using bacterial expression system. The protein was purified using metal affinity chromatography. His-tag was removed by proteolysis and the protein was further purified using size exclusion chromatography. The final purified protein was trimeric. D13 assembled in tubular objects in low salt buffer.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.080 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus WR (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris hydrochlorideNH2C(CH2OH)3HCl1
2150 mMSodium chlrorideNaCl1
32 mM2-mercapthoethanolHSCH2CH2OH1
試料濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3 microliter sample volume was loaded onto a holey grid with additional graphene oxide film. 10 sec waiting time, 5 sec blotting time and blot force 0, no delay time were applied before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7621
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18rc7_3834: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.9CTF補正CTF determination
5RELION3.1CTF補正CTF correction
6cisTEM1.0.0CTF補正CTF correction
9UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
10Coot0.9.1モデルフィッティング
12PHENIX1.18モデル精密化
13RELION3.1初期オイラー角割当
14cisTEM1.0.0最終オイラー角割当
15cisTEM1.0.0分類
16cisTEM1.0.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 303052
詳細: D13 trimer sextet images were extracted from the images of tubular assembly (EMD-31953) by symmetry expansion and signal subtraction.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 247311 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6BEI

6bei


Accession code: 6BEI / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00377580
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.608105588
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.78310440
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04912132
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00413536

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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