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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bei | ||||||
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Title | Crystal structure of VACV D13 in its apo (unbound) form | ||||||
![]() | Scaffold protein D13 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / poxvirus / assembly / scaffolding protein / Rifampicin resistance protein / immature virion | ||||||
Function / homology | Poxvirus rifampicin-resistance / Poxvirus rifampicin resistance protein / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / FORMIC ACID / Scaffold protein OPG125![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garriga, D. / Accurso, C. / Coulibaly, F. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for the inhibition of poxvirus assembly by the antibiotic rifampicin. Authors: Garriga, D. / Headey, S. / Accurso, C. / Gunzburg, M. / Scanlon, M. / Coulibaly, F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 331.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 267.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6bebC ![]() 6becC ![]() 6bedC ![]() 6beeC ![]() 6befC ![]() 6begC ![]() 6behC ![]() 3samS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 62076.656 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FMT / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.59 Å3/Da / Density % sol: 65.71 % / Description: hexagonal bypiramidal |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.8 / Details: 3.5-4.0 M sodium formate and 0.1 M citric acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Aug 2, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double-crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.81→19.94 Å / Num. obs: 66970 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 15.432 % / Biso Wilson estimate: 71.99 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rrim(I) all: 0.207 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 17.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdbid 3SAM Resolution: 2.81→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.538 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.55 / SU Rfree Blow DPI: 0.285 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.288
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Displacement parameters | Biso max: 124.99 Å2 / Biso mean: 51.23 Å2 / Biso min: 21.04 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.81→19.94 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.81→2.88 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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