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- PDB-7v8p: Crystal Structure of the MukE dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v8p
タイトルCrystal Structure of the MukE dimer
要素Chromosome partition protein MukE
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Structural maintenance of chromosomes / Chromatin remodeling
機能・相同性Arc Repressor Mutant, subunit A - #2250 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Qian, J.W. / Guo, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the chromosome partition protein MukE homodimer.
著者: Qian, J.W. / Wang, X.Y. / Deng, K. / Li, D.F. / Guo, L.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome partition protein MukE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9891
ポリマ－25,9891
非ポリマー00
水724
1
A: Chromosome partition protein MukE

A: Chromosome partition protein MukE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9792
ポリマ－51,9792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.560, 64.360, 62.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.650, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Chromosome partition protein MukE


分子量: 25989.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: mukE, CQA91_05990, DQP17_14640, NCTC8524_01712, NCTC9783_04161, SAMEA3710514_03893, SAMEA3710568_03348
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A383JZS2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M Sodium chloride;0.1 M IBS pH 8.5;25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.439→55.64 Å / Num. obs: 8635 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.44-2.547.20.92469329580.8790.3660.9952.298.6
8.79-55.646.20.05112421990.9960.0210.05529.698.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EUH

3euh


解像度: 2.44→32.656 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 411 4.78 %
Rwork0.2199 8193 -
obs0.222 8604 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.8 Å2 / Biso mean: 68.365 Å2 / Biso min: 30.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→32.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1598 0 0 4 1602
Biso mean---59.53 -
残基数----195
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.44-2.79180.3311320.2729268998
2.7918-3.51670.33051220.2521274099
3.5167-32.6560.23071570.1967276499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.8302 Å / Origin y: 34.4444 Å / Origin z: -16.9704 Å
111213212223313233
T0.3214 Å2-0.0105 Å2-0.0462 Å2-0.4546 Å20.001 Å2--0.4119 Å2
L2.4977 °20.3621 °2-1.2066 °2-2.2355 °2-0.4837 °2--6.3631 °2
S-0.0227 Å °0.2748 Å °0.2652 Å °-0.0953 Å °0.2039 Å °0.152 Å °0.4819 Å °-0.6946 Å °-0.1597 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 1 through 220)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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