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万見
- PDB-7s7t: iNicSnFR3a Nicotine Sensor comprising Periplasmic Binding sequenc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s7t
タイトルiNicSnFR3a Nicotine Sensor comprising Periplasmic Binding sequence plus Fluorescent Sequence with varenicline bound
要素iNicSnFR 3.0 Fluorescent Nicotine Sensor
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / nicotine / gfp / periplasmic binding protein / nicotine-binding protein / fluorescent sensor / pharmacokinetic sensor / CHOLINE-BINDING PROTEIN
機能・相同性Osmoprotection protein (prox); domain 2 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / IODIDE ION / VARENICLINE
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter sp. X513 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Fan, C. / Shivange, A.V. / Looger, L.L. / Lester, H.A. / Rees, D.C.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA037161 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA043829 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)GM123582 米国
Tobacco-Related Disease Research Program (TRDRP)23XT-0007 米国
Tobacco-Related Disease Research Program (TRDRP)27IP-0057 米国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Correction: Fluorescence activation mechanism and imaging of drug permeation with new sensors for smoking-cessation ligands.
著者: Nichols, A.L. / Blumenfeld, Z. / Fan, C. / Luebbert, L. / Blom, A.E.M. / Cohen, B.N. / Marvin, J.S. / Borden, P.M. / Kim, C.H. / Muthusamy, A.K. / Shivange, A.V. / Knox, H.J. / Campello, H.R. ...著者: Nichols, A.L. / Blumenfeld, Z. / Fan, C. / Luebbert, L. / Blom, A.E.M. / Cohen, B.N. / Marvin, J.S. / Borden, P.M. / Kim, C.H. / Muthusamy, A.K. / Shivange, A.V. / Knox, H.J. / Campello, H.R. / Wang, J.H. / Dougherty, D.A. / Looger, L.L. / Gallagher, T. / Rees, D.C. / Lester, H.A.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Fluorescence activation mechanism and imaging of drug permeation with new sensors for smoking-cessation ligands.
著者: Nichols, A.L. / Blumenfeld, Z. / Fan, C. / Luebbert, L. / Blom, A.E.M. / Cohen, B.N. / Marvin, J.S. / Borden, P.M. / Kim, C.H. / Muthusamy, A.K. / Shivange, A.V. / Knox, H.J. / Campello, H.R. ...著者: Nichols, A.L. / Blumenfeld, Z. / Fan, C. / Luebbert, L. / Blom, A.E.M. / Cohen, B.N. / Marvin, J.S. / Borden, P.M. / Kim, C.H. / Muthusamy, A.K. / Shivange, A.V. / Knox, H.J. / Campello, H.R. / Wang, J.H. / Dougherty, D.A. / Looger, L.L. / Gallagher, T. / Rees, D.C. / Lester, H.A.
履歴
登録2021年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / struct_keywords
Item: _struct.title / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: iNicSnFR 3.0 Fluorescent Nicotine Sensor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3028
ポリマ－60,3291
非ポリマー9737
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.366, 190.366, 49.742
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 iNicSnFR 3.0 Fluorescent Nicotine Sensor


分子量: 60329.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter sp. X513 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-QMR / VARENICLINE


分子量: 211.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3,350 0.2 M Sodium malonate, pH 8.0 0.1 M Bistrispropane, pH 8.5
PH範囲: 8.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.7711 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7711 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→38.87 Å / Num. obs: 17371 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 113.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.03183 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 3.203→3.318 Å / 冗長度: 18.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 1669 / CC1/2: 0.666 / CC star: 0.894 / Rpim(I) all: 0.6106 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHASER位相決定
AutoSol位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSdata processing
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EFR

6efr


解像度: 3.2→38.87 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2188 1723 9.96 %
Rwork0.1867 --
obs0.1901 17300 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 235.16 Å2 / Biso mean: 118.1649 Å2 / Biso min: 57.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→38.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4047 0 16 0 4063
Biso mean--133.04 --
残基数----516
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.30.36251330.33211245137896
3.3-3.40.4011460.310912801426100
3.4-3.530.30781400.250812901430100
3.53-3.670.311440.235812751419100
3.67-3.830.30631440.232713101454100
3.83-4.030.24321420.208412631405100
4.04-4.290.17631400.15813001440100
4.29-4.620.20081440.145812911435100
4.62-5.080.18691420.144213091451100
5.08-5.820.191440.166513231467100
5.82-7.320.21641500.203613181468100
7.32-38.870.18271540.174513731527100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 68.252 Å / Origin y: -81.6203 Å / Origin z: 6.2191 Å
111213212223313233
T0.7594 Å2-0.104 Å2-0.0555 Å2-0.8406 Å2-0.0597 Å2--0.5924 Å2
L2.9483 °20.9035 °2-0.4136 °2-3.3837 °2-0.786 °2--1.8785 °2
S-0.035 Å °-0.2271 Å °-0.3996 Å °-0.309 Å °-0.0198 Å °0.1019 Å °0.378 Å °-0.2042 Å °0.0688 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 601
2X-RAY DIFFRACTION1allZ1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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