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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tp3 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody K288.2 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / antibody / neutralizing antibody / Fab / COVID-19 / coronavirus / receptor-binding domain / RBD | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Macaca mulatta (アカゲザル) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yuan, M. / Zhu, X. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022 タイトル: Broadly neutralizing antibodies to SARS-related viruses can be readily induced in rhesus macaques. 著者: Wan-Ting He / Meng Yuan / Sean Callaghan / Rami Musharrafieh / Ge Song / Murillo Silva / Nathan Beutler / Wen-Hsin Lee / Peter Yong / Jonathan L Torres / Mariane Melo / Panpan Zhou / Fangzhu ...著者: Wan-Ting He / Meng Yuan / Sean Callaghan / Rami Musharrafieh / Ge Song / Murillo Silva / Nathan Beutler / Wen-Hsin Lee / Peter Yong / Jonathan L Torres / Mariane Melo / Panpan Zhou / Fangzhu Zhao / Xueyong Zhu / Linghang Peng / Deli Huang / Fabio Anzanello / James Ricketts / Mara Parren / Elijah Garcia / Melissa Ferguson / William Rinaldi / Stephen A Rawlings / David Nemazee / Davey M Smith / Bryan Briney / Yana Safonova / Thomas F Rogers / Jennifer M Dan / Zeli Zhang / Daniela Weiskopf / Alessandro Sette / Shane Crotty / Darrell J Irvine / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Raiees Andrabi / 要旨: To prepare for future coronavirus (CoV) pandemics, it is desirable to generate vaccines capable of eliciting broadly neutralizing antibody responses to CoVs. Here, we show that immunization of ...To prepare for future coronavirus (CoV) pandemics, it is desirable to generate vaccines capable of eliciting broadly neutralizing antibody responses to CoVs. Here, we show that immunization of macaques with SARS-CoV-2 spike (S) protein with a two-shot protocol generated potent serum receptor binding domain cross-neutralizing antibody responses to both SARS-CoV-2 and SARS-CoV-1. Furthermore, responses were equally effective against most SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) and some were highly effective against Omicron. This result contrasts with human infection or many two-shot vaccination protocols where responses were typically more SARS-CoV-2 specific and where VOCs were less well neutralized. Structural studies showed that cloned macaque neutralizing antibodies, particularly using a given heavy chain germline gene, recognized a relatively conserved region proximal to the angiotensin converting enzyme 2 receptor binding site (RBS), whereas many frequently elicited human neutralizing antibodies targeted more variable epitopes overlapping the RBS. B cell repertoire differences between humans and macaques appeared to influence the vaccine response. The macaque neutralizing antibodies identified a pan-SARS-related virus epitope region less well targeted by human antibodies that could be exploited in rational vaccine design. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tp3.cif.gz | 143.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tp3.ent.gz | 108.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tp3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tp3_validation.pdf.gz | 451.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tp3_full_validation.pdf.gz | 458 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7tp3_validation.xml.gz | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tp3_validation.cif.gz | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/7tp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/7tp3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26095.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2 | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 24553.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) | ||||
#3: 抗体 | 分子量: 23512.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, and 5% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 35809 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 49.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 1.872 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 260172 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6W41 解像度: 2.33→37.5 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 211.15 Å2 / Biso mean: 58.3587 Å2 / Biso min: 24.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.33→37.5 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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