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- PDB-2hiv: ATP-dependent DNA ligase from S. solfataricus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hiv
タイトルATP-dependent DNA ligase from S. solfataricus
要素Thermostable DNA ligase
キーワードLIGASE / DNA ligase / ATP-dependent / open conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / lagging strand elongation / DNA biosynthetic process / DNA recombination / cell division / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, ATP-dependent, bacterial/archaeal / DNA ligase i, domain 1 / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain / : / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / DNA ligase/mRNA capping enzyme / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. ...DNA ligase, ATP-dependent, bacterial/archaeal / DNA ligase i, domain 1 / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain / : / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / DNA ligase/mRNA capping enzyme / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Pascal, J.M. / Ellenberger, T.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: A Flexible Interface between DNA Ligase and PCNA Supports Conformational Switching and Efficient Ligation of DNA.
著者: Pascal, J.M. / Tsodikov, O.V. / Hura, G.L. / Song, W. / Cotner, E.A. / Classen, S. / Tomkinson, A.E. / Tainer, J.A. / Ellenberger, T.
履歴
登録2006年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermostable DNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9981
ポリマ－69,9981
非ポリマー00
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.206, 169.770, 77.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-796-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thermostable DNA ligase / Polydeoxyribonucleotide synthase


分子量: 69998.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: lig / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q980T8, DNA ligase (ATP)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 6-8% PEG 3350, 100mM sodium acetate pH 4.5, 20-80mM sodium/potassium tartrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
Reflection
冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)D res low (Å)Num. obs% possible obs
4.817.8936720.1111.032.8301964897.8
5.226.51471310.1391.013.1352809199.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.023096.610.0390.9914.7
4.786.0298.110.0691.0354.8
4.184.7898.510.0631.0364.8
3.84.1898.810.091.0544.9
3.533.898.410.1241.0674.8
3.323.5399.310.1691.0564.9
3.153.3298.410.2651.0344.8
3.023.1599.410.3581.0084.8
2.93.0297.910.4141.0134.7
2.82.992.310.5090.9764.4
6.663599.920.0421.0085.2
5.36.6699.820.1011.0225.2
4.635.399.620.0860.9955.3
4.214.6399.420.0891.0025.2
3.94.2199.420.1240.9895.3
3.673.998.720.1761.0155.2
3.493.6798.920.241.015.2
3.343.4998.720.2991.0185.3
3.213.3498.520.4461.0155.1
3.13.2198.720.6051.0095.3
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 48112 / Num. obs: 48112 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.183.70.43745750.976195.7
2.18-2.265.90.35647380.987199.7
2.26-2.377.40.27648000.9771100
2.37-2.498.80.22747760.9861100
2.49-2.6511.70.18647880.9431100
2.65-2.8512.70.13248130.9231100
2.85-3.1412.70.08248440.9581100
3.14-3.5912.70.05748291.061100
3.59-4.5212.50.04548791.0541100
4.52-5011.90.03850701.0671100

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å28.88 Å
Translation3 Å28.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→42.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 8.826 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2422 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.211 48093 --
obs0.209 48093 97.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.178 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→42.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4566 0 0 225 4791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.9836334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7885587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18624.279208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.71515900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4281532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.22549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.23283
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2220.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2950.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8731.52950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45924658
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.33531956
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.614.51670
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 116 -
Rwork0.234 2167 -
obs-2283 63.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.88430.4426-0.25443.0174-0.65642.92370.1018-0.2375-0.14790.5684-0.0388-0.07720.28720.1526-0.06290.0323-0.0321-0.0381-0.0762-0.0041-0.069629.381619.043748.4902
21.75580.26390.40453.8809-1.29262.40660.06460.1436-0.105-0.1850.13440.31330.1135-0.0492-0.1991-0.2261-0.02460.0029-0.1727-0.0323-0.193118.54723.539615.1577
33.7494-0.19090.28213.74370.53114.969-0.00370.24780.15620.0834-0.0508-0.3419-0.28510.67550.0546-0.2004-0.07790.04650.02090.05-0.1232-10.031638.351-2.2205
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111 - 23021 - 250
22231 - 440251 - 460
33441 - 590461 - 610

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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