PDB-5ig2: Crystal structure of a short chain dehydrogenase/reductase SDR fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ig2

タイトル

Crystal structure of a short chain dehydrogenase/reductase SDR from Burkholderia phymatum in complex with NAD

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / short chain dehydrogenase/reductase family / NAD / Burkholderia phymatum / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia phymatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a short chain dehydrogenase/reductase SDR from Burkholderia phymatum in complex with NAD
著者: Mayclin, S.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ig2.cif.gz	343.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ig2.ent.gz	279.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ig2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5ig2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5ig2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tjrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1nkq-4 3tzh-d 3bg0-2 3bg1-2 3r4d-d 3bg0-3 5k8r-1 6mer-1 5dzx-d 5hws-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuphA.00010.n

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

C: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

97 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

C: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

C: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
194 kDa, 6 ポリマー
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2

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.6 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

C: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

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64.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.520, 187.790, 108.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-454- HOH

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 31601.887 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia phymatum (strain DSM 17167 / STM815) (バクテリア) 株: DSM 17167 / STM815 / 遺伝子: Bphy_1038 / プラスミド: BuphA.00010.n.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2JGP2
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / Mosaicity: 0.24 °
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MCSG1 C4 (269066c4): 170mM Ammonium acetate, 85mM Sodium acetate:HCl pH4.6, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% (v/v) Glycerol, 4mM NAD; direct cryo; puck kxt5-2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→46.895 Å / Num. obs: 78892 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.22 % / B_iso Wilson estimate: 18.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 0.973 / Net I/σ(I): 20.63 / Num. measured all: 490706

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	6.23	0.542	3.69	35805	5753	5750	0.886	0.591	99.9
1.85-1.9		0.405	4.81	35171	5644	5643	0.933	0.441	100
1.9-1.95		0.336	5.85	34099	5475	5474	0.953	0.366	100
1.95-2.01		0.259	7.44	33217	5323	5319	0.966	0.283	99.9
2.01-2.08		0.207	9.13	32099	5148	5147	0.978	0.225	100
2.08-2.15		0.161	11.51	31411	5022	5020	0.986	0.176	100
2.15-2.23		0.132	13.75	30279	4840	4840	0.99	0.144	100
2.23-2.32		0.114	15.57	29229	4675	4673	0.993	0.125	100
2.32-2.43		0.092	18.5	27752	4430	4430	0.995	0.101	100
2.43-2.55		0.081	20.78	26903	4299	4299	0.996	0.088	100
2.55-2.68		0.069	23.94	25514	4075	4075	0.997	0.075	100
2.68-2.85		0.059	27.24	24324	3889	3888	0.998	0.064	100
2.85-3.04		0.051	31.07	22623	3625	3625	0.998	0.055	100
3.04-3.29		0.043	36.49	21065	3383	3383	0.998	0.047	100
3.29-3.6		0.035	43.19	19450	3143	3142	0.999	0.039	100
3.6-4.02		0.032	47.07	17475	2846	2843	0.999	0.035	99.9
4.02-4.65		0.027	51.7	15537	2535	2531	0.999	0.029	99.8
4.65-5.69		0.025	51.75	13198	2159	2157	0.999	0.028	99.9
5.69-8.05		0.025	50.98	10153	1689	1685	0.999	0.027	99.8
8.05-46.895		0.021	56.34	5402	997	968	1	0.023	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
Coot		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3tjr

3tjr

解像度: 1.8→46.895 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.89 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1772	1674	2.12 %
R_work	0.1411	77190	-
obs	0.1419	78864	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.53 Å² / B_iso mean: 22.7617 Å² / B_iso min: 7.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→46.895 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6141	0	144	845	7130
B_iso mean	-	-	18.46	33.54	-
残基数	-	-	-	-	838

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6499
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.777	8887
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1038
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1223
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.467	3890

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8-1.853	0.2715	128	0.2382	6318	6446
1.853-1.9128	0.2141	132	0.2062	6401	6533
1.9128-1.9812	0.1937	146	0.1891	6382	6528
1.9812-2.0605	0.1866	134	0.1779	6370	6504
2.0605-2.1542	0.216	150	0.1683	6364	6514
2.1542-2.2678	0.1969	141	0.1583	6406	6547
2.2678-2.4099	0.1724	124	0.1497	6420	6544
2.4099-2.596	0.1882	141	0.1452	6402	6543
2.596-2.8572	0.1858	146	0.14	6468	6614
2.8572-3.2705	0.1987	150	0.1292	6446	6596
3.2705-4.1201	0.164	138	0.1083	6520	6658
4.1201-46.9112	0.1263	144	0.1116	6693	6837

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4194	0.063	-1.8273	0.5424	-0.3885	2.9018	-0.0363	-0.0904	0.0624	-0.0198	0.0765	-0.0601	-0.0147	0.0797	-0.0561	0.0963	-0.0108	0.0047	0.0781	-0.0083	0.116	22.3696	25.7991	-3.905
2	0.6954	0.3862	0.3183	4.3453	0.7896	0.7829	-0.0113	0.0301	0.0269	-0.0894	0.0002	0.3971	-0.0337	-0.0591	0.0344	0.0714	0.008	-0.009	0.121	0.0099	0.1535	11.6792	24.1416	-3.1868
3	0.5413	-0.0387	0.0417	1.6982	-0.1603	0.4839	-0.0136	0.04	0.0159	-0.0416	0.059	0.0419	-0.0055	-0.0071	-0.0569	0.0756	0.0043	-0.0008	0.1078	-0.0161	0.1063	18.2471	9.0088	-1.3835
4	0.8521	0.1201	-0.4703	1.7325	-0.304	1.7459	-0.0176	-0.0701	0.0442	0.1459	0.0464	-0.0994	-0.0834	0.0241	-0.0168	0.0909	0.0038	-0.0176	0.116	-0.0276	0.1358	24.4018	9.0157	4.5548
5	1.0547	-0.1083	0.3863	3.2345	-0.9476	5.0749	0.0624	-0.1503	0.0575	0.1407	0.011	-0.4773	-0.4764	0.456	0.0246	0.1157	-0.0356	-0.005	0.167	-0.019	0.2891	33.3038	22.7824	1.1934
6	0.6059	-1.1021	0.5921	3.8775	-0.9296	0.5671	0.0264	-0.0512	0.0791	0.1577	-0.1274	-0.5421	-0.0106	0.2175	0.0228	0.0949	-0.0049	-0.0263	0.2116	-0.0177	0.3268	39.5144	3.5902	3.7679
7	0.7544	-0.0783	-0.2821	0.2866	0.0792	0.1192	0.0543	0.0654	-0.0346	0.0472	-0.0771	0.121	-0.1011	-0.054	-0.0769	0.1214	-0.0493	0.0755	0.0841	0.0207	0.0704	16.2512	47.7116	19.8903
8	2.3302	0.3845	0.0592	2.1511	-0.4731	2.1274	0.0805	-0.0258	-0.0586	0.169	0.005	0.1879	-0.0236	-0.0482	-0.0786	0.0973	-0.0211	0.0435	0.1109	0.0052	0.125	11.3997	41.6532	11.653
9	2.3029	-0.1299	0.3366	6.8306	-4.2086	3.2263	0.1073	0.0619	0.0415	0.1173	0.1357	0.5081	0.0235	-0.2994	-0.1809	0.1446	-0.0083	0.0609	0.1682	-0.009	0.1634	6.4191	48.2594	10.3079
10	2.7344	-0.3132	0.4528	2.5125	-3.0847	7.214	0.1507	-0.1308	0.1882	0.3982	0.1928	0.6125	-0.2786	-0.5206	-0.255	0.1669	0.0091	0.1057	0.1905	-0.023	0.2894	3.6061	55.1917	14.9807
11	0.9931	0.3452	-0.2377	1.2111	-0.3691	1.58	0.0825	-0.0559	0.1372	0.128	-0.0161	0.1372	-0.0717	-0.0808	-0.0524	0.0999	-0.0025	0.0327	0.0888	0.0046	0.1124	20.5081	58.9659	6.3669
12	1.5728	0.0936	0.01	2.2506	0.0989	1.6575	0.0591	0.0048	-0.0444	-0.0244	0.0481	0.0059	0.0029	0.0334	-0.0361	0.0778	-0.0268	0.0258	0.0811	0.0354	0.0944	21.8927	50.4244	5.7421
13	0.531	-0.3024	-0.8183	1.8754	-0.9705	3.0325	0.0645	0.3155	-0.0206	-0.5304	0.0059	0.2852	0.2245	-0.2066	-0.1301	0.2309	-0.0616	-0.0517	0.1567	0.0065	0.161	19.9446	49.2859	-13.036
14	0.6786	-0.404	-0.4914	3.5186	2.2015	3.8285	0.0319	-0.1178	-0.0784	0.3203	0.0381	-0.1106	0.2639	0.2173	0.0413	0.108	-0.0264	-0.0072	0.1491	0.0285	0.1118	27.0753	43.0774	12.4614
15	3.3317	1.0031	-2.5183	2.0476	-1.2198	2.5171	0.1496	-0.0787	0.0091	0.0332	-0.1016	-0.1574	-0.0246	0.1723	0.0242	0.0809	-0.0038	-0.0303	0.1463	0.0059	0.1598	38.6847	56.8922	3.6432
16	1.3706	0.2409	-0.5548	0.0539	-0.1849	1.6394	-0.1375	0.0903	0.3712	0.0878	-0.006	0.0273	-0.4377	0.0706	-0.3412	0.174	-0.0219	0.041	0.1366	0.1204	0.1972	32.5189	83.9638	-14.9793
17	1.4914	0.8951	-0.0056	2.8868	-0.7927	2.0735	-0.0273	0.117	0.3195	0.0418	0.0889	0.3542	-0.4887	-0.1779	-0.0558	0.2419	0.0477	0.0096	0.1751	0.085	0.2695	21.7376	87.1186	-15.7329
18	0.7199	0.1888	-0.0083	1.3122	-0.614	1.7446	0.0491	0.0668	0.1227	-0.0385	0.0142	0.112	-0.1116	-0.0552	-0.0447	0.0927	0.0155	0.0295	0.1013	0.0285	0.1504	24.9845	71.101	-7.5575
19	1.9652	0.4815	0.4243	2.0682	-0.2556	1.4393	0.0879	-0.0465	0.4843	0.1714	0.0187	-0.0198	-0.3026	-0.0832	-0.145	0.1929	0.0213	0.0505	0.1052	0.0639	0.2101	28.6694	78.4011	-3.4036
20	1.5548	0.6095	-1.0736	0.6197	-0.7169	2.4292	0.1266	-0.0389	0.4113	0.3338	-0.0032	0.2506	-0.5185	-0.0966	-0.0925	0.2938	0.0546	0.095	0.1502	0.0153	0.3442	24.5254	81.953	4.13
21	0.9675	0.5457	0.4209	2.8469	-2.3883	4.5559	0.1293	-0.0807	0.1719	0.2943	-0.1855	-0.0667	-0.2759	0.1724	0.0933	0.1238	-0.0107	0.0011	0.1508	0.0007	0.1966	39.2547	68.0028	6.8075
22	0.3893	-1.0315	0.1385	3.3	0.001	1.1994	-0.009	-0.0871	-0.0421	0.1109	0.1011	-0.1597	-0.0258	0.0365	-0.0398	0.1177	-0.0182	0.0208	0.1397	-0.0083	0.1601	20.5692	15.724	6.4039
23	5.4888	1.2474	-1.6883	1.952	-0.7389	1.4756	-0.1147	0.2788	-0.0323	-0.0788	0.0446	0.1091	-0.0108	-0.0171	-0.0469	0.0992	-0.0149	0.0076	0.1136	0.0085	0.1019	18.0644	48.3863	2.1137
24	1.6717	0.5185	1.5667	2.934	-0.5868	2.8128	0.0471	-0.0126	0.2903	0.1322	0.0033	0.0978	-0.3195	-0.1868	-0.0011	0.1534	0.0279	0.0664	0.1454	0.0199	0.2685	23.9799	81.6386	-2.6659

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 39 )	A	1 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 81 )	A	40 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 82 through 132 )	A	82 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 133 through 228 )	A	133 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 229 through 247 )	A	229 - 247
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 248 through 278 )	A	248 - 278
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 16 )	B	1 - 16
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 17 through 52 )	B	17 - 52
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 66 )	B	53 - 66
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 67 through 81 )	B	67 - 81
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 82 through 177 )	B	82 - 177
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 178 through 201 )	B	178 - 201
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 202 through 228 )	B	202 - 228
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 229 through 246 )	B	229 - 246
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 247 through 281 )	B	247 - 281
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 29 )	C	1 - 29
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 30 through 66 )	C	30 - 66
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 67 through 177 )	C	67 - 177
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 178 through 201 )	C	178 - 201
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 202 through 246 )	C	202 - 246
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 247 through 279 )	C	247 - 279
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'A' and resid ' 301 '	A	301
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and resid ' 301 '	B	301
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and resid ' 301 '	C	301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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