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- PDB-3bg1: Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bg1
タイトルArchitecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane
要素
  • Nucleoporin NUP145
  • Protein SEC13 homolog
キーワードPROTEIN TRANSPORT / HYDROLASE / NPC / Transport / WD repeat / Autocatalytic cleavage / mRNA transport / Nuclear pore complex / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding / Translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


GATOR2 complex / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore localization / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore central transport channel / COPII-coated vesicle cargo loading / nuclear pore outer ring / telomere tethering at nuclear periphery ...GATOR2 complex / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore localization / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore central transport channel / COPII-coated vesicle cargo loading / nuclear pore outer ring / telomere tethering at nuclear periphery / COPII vesicle coat / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Amino acids regulate mTORC1 / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / tRNA export from nucleus / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / NLS-bearing protein import into nucleus / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / SUMOylation of RNA binding proteins / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / COPII-mediated vesicle transport / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / poly(A)+ mRNA export from nucleus / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / SUMOylation of DNA replication proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of TOR signaling / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / cellular response to nutrient levels / nuclear pore / subtelomeric heterochromatin formation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / negative regulation of TORC1 signaling / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / positive regulation of TORC1 signaling / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / SUMOylation of chromatin organization proteins / HCMV Late Events / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / Transcriptional regulation by small RNAs / RHO GTPases Activate Formins / ER to Golgi transport vesicle membrane / ISG15 antiviral mechanism / HCMV Early Events / protein import into nucleus / Separation of Sister Chromatids / nuclear envelope / double-strand break repair / snRNP Assembly / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / hydrolase activity / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #690 / N-terminal domain of TfIIb - #170 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Sec13/Seh1 family / N-terminal domain of TfIIb / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #690 / N-terminal domain of TfIIb - #170 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Sec13/Seh1 family / N-terminal domain of TfIIb / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / Other non-globular / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Special / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP145 / Protein SEC13 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Hoelz, A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Architecture of a coat for the nuclear pore membrane.
著者: Hsia, K.C. / Stavropoulos, P. / Blobel, G. / Hoelz, A.
履歴
登録2007年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SEC13 homolog
B: Nucleoporin NUP145
C: Nucleoporin NUP145
D: Protein SEC13 homolog
E: Protein SEC13 homolog
F: Nucleoporin NUP145
G: Nucleoporin NUP145
H: Protein SEC13 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,3468
ポリマ－343,3468
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein SEC13 homolog
B: Nucleoporin NUP145
C: Nucleoporin NUP145
D: Protein SEC13 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,6734
ポリマ－171,6734
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13570 Å2
手法PISA
3
E: Protein SEC13 homolog
F: Nucleoporin NUP145
G: Nucleoporin NUP145
H: Protein SEC13 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,6734
ポリマ－171,6734
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13690 Å2
手法PISA
4
A: Protein SEC13 homolog
B: Nucleoporin NUP145


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8372
ポリマ－85,8372
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
手法PISA
5
C: Nucleoporin NUP145
D: Protein SEC13 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8372
ポリマ－85,8372
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
手法PISA
6
E: Protein SEC13 homolog
F: Nucleoporin NUP145


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8372
ポリマ－85,8372
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
手法PISA
7
G: Nucleoporin NUP145
H: Protein SEC13 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8372
ポリマ－85,8372
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.367, 216.786, 192.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Protein SEC13 homolog / SEC13-related protein / SEC13-like protein 1


分子量: 34893.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC13, D3S1231E, SEC13L1, SEC13R / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: P55735
#2: タンパク質
Nucleoporin NUP145 / Nuclear pore protein NUP145


分子量: 50942.820 Da / 分子数: 4 / Fragment: Nucleoporin NUP145C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUP145, RAT10 / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL
参照: UniProt: P49687, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化温度: 294 K / pH: 7.7
詳細: 16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 75652 / Num. obs: 63607 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.646 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
BOSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 3→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 4327 5.7 %
Rwork0.249 --
obs0.249 53141 97.3 %
all-75652 -
溶媒の処理Bsol: 113.55 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 149.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--47.084 Å20 Å20 Å2
2---48.189 Å20 Å2
3---95.273 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22618 0 0 0 22618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.668
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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