PDB-7tcb: Crystal Structure of the YaeQ Family Protein VPA0551 from Vibrio ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tcb

タイトル

Crystal Structure of the YaeQ Family Protein VPA0551 from Vibrio parahaemolyticus

要素

YaeQ family protein VPA0551

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

YaeQ / YaeQ superfamily / YaeQ protein / YaeQ / Restriction endonuclease type II-like / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Kim, Y. / Mulligan, R. / Maltseva, N. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the YaeQ Family Protein VPA0551 from Vibrio parahaemolyticus
著者: Kim, Y. / Mulligan, R. / Maltseva, N. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2021年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7tcb.ent.gz	247 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tcb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	7tcb_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	7tcb_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	7tcb_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tcb	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	7tcb-4 6xpm-d 6s5f-d 1jx1-6 6we3-1 6r64-2 1knb-d 7tcb-3 1kt4-d 5n1p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP00115

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: CSGID-IDP00115

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YaeQ family protein VPA0551

B: YaeQ family protein VPA0551

C: YaeQ family protein VPA0551

D: YaeQ family protein VPA0551

85.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: YaeQ family protein VPA0551

登録者が定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: YaeQ family protein VPA0551

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C: YaeQ family protein VPA0551

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4

D: YaeQ family protein VPA0551

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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.024, 47.687, 115.519
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.720, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	YaeQ family protein VPA0551 分子量: 21375.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VPA0551 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q87IQ5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 24176 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 76.65 Å² / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 844 / CC_1/2: 0.621 / % possible all: 67.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→40.92 Å / SU ML: 0.4229 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.9873
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2647	1140	4.78 %
R_work	0.2235	22706	-
obs	0.2253	23846	95.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5609	0	0	9	5618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	5747
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4394	7790
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0428	868
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	989
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8874	2138

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.82	0.3888	110	0.3585	2232	X-RAY DIFFRACTION	75.06
2.82-2.97	0.399	135	0.3368	2652	X-RAY DIFFRACTION	90.31
2.97-3.16	0.325	159	0.3036	2895	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.16-3.4	0.3106	163	0.2713	2934	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.4-3.74	0.2774	132	0.247	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.74-4.28	0.2879	152	0.2104	2971	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.29-5.4	0.2284	137	0.1822	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4-40.92	0.2239	152	0.2014	3057	X-RAY DIFFRACTION	98.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.04161430374	-0.931945769837	-0.618193774456	6.81406802101	2.69118809499	3.47331497075	0.000876689359827	0.464419296223	-0.565204898181	0.923399568929	-0.309077283701	0.560395446782	0.80914098435	-0.381514791808	-0.117517168357	0.734212718902	0.0407561927057	-0.0402162145	0.554308844137	0.0357516473806	0.705247466323	-3.40259091241	-7.67474479289	93.6933940634
2	7.78798709382	-1.94118009841	3.3643146703	0.540426415258	-0.940675027389	1.56764690483	-0.163586574537	1.55722145149	-0.801478465718	-0.452997234074	-0.0177616817944	0.495495673077	0.970497158865	-0.46753554424	-0.0368292810749	0.791666045076	-0.104411965549	-0.0119527277645	0.739230043296	-0.0854736773873	0.716065983061	-5.88207308924	-5.99020718857	83.1847979659
3	4.80438241204	2.0710614441	-1.86880309135	5.49287621848	-0.589208987727	6.56284248404	-0.118963336377	0.543887132757	-0.0422464702871	-0.89954636076	0.0598698199295	0.787243519884	0.169048692079	-0.773266936242	0.14283946487	0.875366097817	-0.0309578413801	-0.0955407113985	0.880739396125	-0.0524500006572	0.57122315502	-13.8453143558	0.568989364598	78.8396530917
4	1.91687911651	-2.10317562963	2.19690419237	4.36513253064	-1.68278881899	5.29475273216	-0.100257250962	0.270626834505	0.0819435695823	-1.06160310882	0.0030490261353	-0.282563007567	0.305651612095	0.484496818493	0.107469723964	0.733553568627	-0.0686977085333	0.00836802237803	0.947316300291	0.154900921738	0.645393294188	-0.68583300729	4.37974266194	82.8939537904
5	4.49768743595	0.254394475482	-2.72790214302	7.53576531561	3.43158443442	5.65048256496	-0.601470052529	-0.631299254743	0.723330074669	0.0843486240409	0.452086211615	-0.772431220391	-0.166791085086	-0.221678145496	-0.0838290016858	0.687603457432	-0.0634551439717	0.087771224395	0.836105464291	0.0131678559568	0.354044280012	0.676708266109	5.86236684059	91.1528363244
6	3.57629483244	0.329779132195	5.01627027668	4.62450467464	0.210920518356	7.63208583994	0.377355742759	-1.6841405072	0.234073749975	0.488555277863	-0.124633893639	-0.473380808914	-0.546232187498	-1.21794249112	-0.213614372169	0.683265340455	0.0560825445151	0.214631315408	1.39935228259	-0.214917319757	1.12969211289	-13.3897103329	-28.0247980108	123.521009675
7	5.64204403258	1.72165469595	-3.07741290176	2.9077891926	-2.35863804381	5.41955818742	0.364922596488	-0.195245879952	1.02476363664	-0.385268230789	0.0204891470505	0.310758198089	-0.51301170739	-0.350410856807	-0.273011817688	0.638222051434	0.118726946283	0.0687707188845	0.586933607435	-0.0282806975517	0.813683020673	-8.08925384311	-25.6497841818	111.976784505
8	4.39980955464	-0.89543484221	-0.877457576226	7.36583879544	-2.71811519665	6.62509714052	0.20201740962	1.7730085421	2.37291255734	-2.72475011097	0.864366936926	-0.317350649014	0.516747488327	-0.360547575163	-0.48558730518	0.741307812247	0.0961665166819	0.247310172713	0.67320865246	0.177989038132	1.18628340953	2.0515224068	-24.114683785	100.95890558
9	4.6418773756	0.32990132856	-0.216663421452	4.76240323465	-1.13385014147	7.08488928222	0.0538498916908	-0.107247373946	-0.0137765216402	-0.0687071258759	-0.17381332457	-0.134485164173	0.764114629424	0.531284712089	0.251878866394	0.592086301772	0.0413182079484	-0.0550961924718	0.453918180842	0.001368371139	0.556868766728	0.0229248639028	-36.6410778417	111.226624881
10	1.44534384206	-0.927984250267	-0.71963928843	3.70397840581	0.951482776275	6.08696142199	0.168532426839	-1.33854925485	0.182795181404	0.830212853706	-0.26412589996	0.694439350175	0.342251505004	-0.47175193563	0.184696340563	0.9396127857	-0.0723387688212	-0.0417697757189	1.39495173882	0.0196659700798	0.684985133496	-6.95289942966	-36.8622030432	124.673301334
11	3.43071932873	0.546376266944	-1.45256270635	9.43011232285	-1.33432927595	4.12554660339	0.543246322528	0.346754039245	-0.208367495215	-1.84021792827	-0.597367622125	-0.669195615153	-0.128508828717	2.41150092022	-0.0201606973114	1.15158112859	-0.214555582175	0.134846057655	2.0198258687	0.0474425426443	0.669895545705	25.5956879014	0.993309846031	58.9538246731
12	1.66904326097	1.29902405389	1.21322535298	2.76815486337	4.27964715442	6.73407302363	-0.0231972789189	0.264994341856	0.53050710347	-1.1895811185	0.23315503727	0.0732019362528	-1.54462360851	1.6317310257	-0.153508482255	1.26642269181	-0.161561992651	0.00734563898464	1.67304667898	0.0919572448008	0.60904382738	17.5553369866	2.7791801578	51.5179418329
13	3.28953045878	3.10697056858	1.30958448945	3.21225149422	0.232920753892	3.33667144096	1.08688855421	0.725558243703	-1.04134304918	-1.28271947682	-0.388685511131	-0.560768781951	-0.227880012331	1.22041801586	-0.119562209111	1.46125517813	-0.0181865544491	-0.0312058741794	1.72698052734	-0.0970694482809	0.428751941726	16.0544186341	-5.08371280599	43.8510318321
14	3.17468704465	0.0191506863384	0.430286190239	1.93654329619	-0.415299552149	1.88840256321	-0.981087604332	0.911435059238	-0.278944983078	-1.67640493471	0.844679950561	0.975809320559	-0.612164885948	0.881376042665	-0.0415467950398	1.24588116586	-0.12490853534	-0.1366227718	1.3543633258	-0.22152974032	0.626935459433	7.49395238801	-4.11742738415	46.6300308035
15	1.74339503595	1.34740292739	1.50626339782	4.60883015813	0.548711068025	4.6377223991	0.0688677618078	0.0775085638466	0.430270182875	-1.11866932977	0.135165387952	0.755387209701	-0.606757428515	-0.059393110014	-0.156395493627	0.976461310768	0.0231608893556	-0.0998833965238	1.49953561926	-0.126681775095	0.741277877561	0.462465154946	-5.1570678883	52.4777081989
16	4.74348843229	-0.391970628984	1.69554441306	3.04807475877	-1.80285481195	4.99989351423	0.194359798052	-0.102667970573	0.41009184617	0.149867713655	-0.38558077687	0.0990957910018	-0.949623321061	0.437451832494	0.146465312668	0.828675950686	-0.0171865830119	-0.00067383241841	1.1867346102	-0.0200299749621	0.484295144966	16.0269964597	1.78538268576	65.6030436151
17	6.56460536546	-2.32730358615	1.40420386434	3.59181816972	0.0549536763766	4.49013667389	-0.183031492893	-0.181421840408	0.156698541819	0.484084154048	-0.048932063593	-0.409633330118	-0.00965205345728	0.668727904576	0.303541840681	0.682428083285	-0.180958962163	0.0467183030332	1.39946535478	0.144463643822	0.529951719614	32.5281343083	-11.1445371009	84.8715499571
18	6.81492630634	0.330660392519	-0.0196793507173	3.58515255754	-1.7661002556	9.99174920228	0.0723822922366	-0.591934473254	-0.182274407537	1.06446183055	0.0445119692193	-0.569635005366	-1.11391269075	0.895791119368	-0.200307815436	0.716227186745	-0.0204993657344	-0.0592441884189	0.970179357433	0.00838406129811	0.588754181005	23.515275707	-14.7442491625	98.310386779
19	2.91142104272	-0.572055669734	0.267583264301	4.63417720106	-3.35107104578	6.21365513684	0.140389888927	0.585411003775	-0.176196690914	-0.496069147492	-0.253326867014	-0.0159303443666	0.390341575558	1.47409217286	0.181887134737	0.691304057474	0.0582489743188	-0.0331866379336	1.08604570997	-0.0587145173731	0.549190401262	23.8904844043	-20.5606812495	83.3644402568

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 4 through 31 )	C	C	4 - 31	1 - 28
2	2	chain 'C' and (resid 32 through 68 )	C	C	32 - 68	29 - 62
3	3	chain 'C' and (resid 69 through 110 )	C	C	69 - 110	63 - 104
4	4	chain 'C' and (resid 111 through 155 )	C	C	111 - 155	105 - 149
5	5	chain 'C' and (resid 156 through 179 )	C	C	156 - 179	150 - 173
6	6	chain 'D' and (resid 3 through 31 )	D	D	3 - 31	1 - 29
7	7	chain 'D' and (resid 32 through 88 )	D	D	32 - 88	30 - 82
8	8	chain 'D' and (resid 89 through 98 )	D	D	89 - 98	83 - 92
9	9	chain 'D' and (resid 99 through 142 )	D	D	99 - 142	93 - 136
10	10	chain 'D' and (resid 143 through 178 )	D	D	143 - 178	137 - 172
11	11	chain 'A' and (resid 4 through 31 )	A	A	4 - 31	1 - 28
12	12	chain 'A' and (resid 32 through 68 )	A	A	32 - 68	29 - 61
13	13	chain 'A' and (resid 69 through 88 )	A	A	69 - 88	62 - 81
14	14	chain 'A' and (resid 89 through 110 )	A	A	89 - 110	82 - 103
15	15	chain 'A' and (resid 111 through 133 )	A	A	111 - 133	104 - 126
16	16	chain 'A' and (resid 134 through 178 )	A	A	134 - 178	127 - 171
17	17	chain 'B' and (resid 3 through 49 )	B	B	3 - 49	1 - 47
18	18	chain 'B' and (resid 50 through 98 )	B	B	50 - 98	48 - 93
19	19	chain 'B' and (resid 99 through 181 )	B	B	99 - 181	94 - 176

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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