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Yorodumi- PDB-7tcb: Crystal Structure of the YaeQ Family Protein VPA0551 from Vibrio ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tcb | ||||||
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Title | Crystal Structure of the YaeQ Family Protein VPA0551 from Vibrio parahaemolyticus | ||||||
Components | YaeQ family protein VPA0551 | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | YaeQ / YaeQ superfamily / YaeQ protein / YaeQ / Restriction endonuclease type II-like / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Mulligan, R. / Maltseva, N. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the YaeQ Family Protein VPA0551 from Vibrio parahaemolyticus Authors: Kim, Y. / Mulligan, R. / Maltseva, N. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7tcb.cif.gz | 352.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7tcb.ent.gz | 247 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7tcb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7tcb_validation.pdf.gz | 452.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7tcb_full_validation.pdf.gz | 458.8 KB | Display | |
Data in XML | 7tcb_validation.xml.gz | 24.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7tcb_validation.cif.gz | 32.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tcb | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Links
-Assembly
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-Components
#1: Protein | Mass: 21375.203 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (bacteria) Strain: RIMD 2210633 / Gene: VPA0551 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: Q87IQ5 #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25 % (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 24176 / % possible obs: 95.1 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 76.65 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 844 / CC1/2: 0.621 / % possible all: 67.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.7→40.92 Å / SU ML: 0.4229 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 32.9873 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 91.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→40.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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