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万見
- PDB-7tc1: Crystal structure of D179N KPC-2 beta-lactamase in complex with v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tc1
タイトルCrystal structure of D179N KPC-2 beta-lactamase in complex with vaborbactam
要素Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vaborbactam / PHOSPHATE ION / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC-2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者van den Akker, F. / Alsenani, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI142049 米国
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2022
タイトル: Structural Characterization of the D179N and D179Y Variants of KPC-2 beta-Lactamase: Omega-Loop Destabilization as a Mechanism of Resistance to Ceftazidime-Avibactam.
著者: Alsenani, T.A. / Viviani, S.L. / Kumar, V. / Taracila, M.A. / Bethel, C.R. / Barnes, M.D. / Papp-Wallace, K.M. / Shields, R.K. / Nguyen, M.H. / Clancy, C.J. / Bonomo, R.A. / van den Akker, F.
履歴
登録2021年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5683
ポリマ－28,1761
非ポリマー3922
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.209, 66.021, 72.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC-1


分子量: 28175.754 Da / 分子数: 1 / 変異: D179N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, kpc, kpc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F663, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-4D6 / Vaborbactam / {(3R,6S)-2-hydroxy-3-[(thiophen-2-ylacetyl)amino]-1,2-oxaborinan-6-yl}acetic acid / 2-((3R,6S)-2-hydroxy-3-(2-(thiophen-2-yl)acetamido)-1,2-oxaborinan-6-yl)acetic acid / 2-[(3R,6S)-2-hydroxy-3-[(2-thiophen-2-ylacetyl)amino]oxaborinan-6-yl]acetic acid / 1,2-Oxaborinane-6-acetic acid, 2-hydroxy-3-((2-(2-thienyl)acetyl)amino)-, (3R,6S)- / RPX-7009


分子量: 297.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16BNO5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M Sodium citrate HCl pH 4, 0.8 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→27.76 Å / Num. obs: 83367 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.16→1.2 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 5359 / CC1/2: 0.88 / % possible all: 84.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OV5

2ov5


解像度: 1.16→27.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 0.975 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1576 4171 4.9 %RANDOM
Rwork0.1274 ---
obs0.1289 80550 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.4 Å2 / Biso mean: 12.372 Å2 / Biso min: 5.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.16→27.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1977 0 30 375 2382
Biso mean--14.01 27.94 -
残基数----265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0132125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0171975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0021.6462906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.71.5724572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.475281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.47821.346104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.35815328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3711516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02458
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.31534100
LS精密化 シェル解像度: 1.161→1.191 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 244 -
Rwork0.183 4870 -
all-5114 -
obs--81.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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