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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t5y | ||||||
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タイトル | E. coli dihydroorotate dehydrogenase bound to the inhibitor HMNQ | ||||||
![]() | Dihydroorotate dehydrogenase (quinone) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / FMN binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Horwitz, S.M. / Ambarian, J.A. / Davis, K.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into inhibition of the drug target dihydroorotate dehydrogenase by bacterial hydroxyalkylquinolines. 著者: Horwitz, S.M. / Blue, T.C. / Ambarian, J.A. / Hoshino, S. / Seyedsayamdost, M.R. / Davis, K.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40285.258 Da / 分子数: 2 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A7E1, dihydroorotate dehydrogenase (quinone) |
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-非ポリマー , 5種, 89分子 ![](data/chem/img/F2D.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ORO.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ORO.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: sodium malonate, PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月17日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03384 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.62→48.3 Å / Num. obs: 34399 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 66.39 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1733 / Rpim(I) all: 0.06726 / Rrim(I) all: 0.1862 / Net I/σ(I): 9.91 |
反射 シェル | 解像度: 2.625→2.719 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 3231 / CC1/2: 0.996 / % possible all: 93.39 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7T5K 解像度: 2.62→48.3 Å / SU ML: 0.3676 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.0499 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.62→48.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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