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- PDB-4meb: Crystal structure of aCif-D158S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4meb
タイトルCrystal structure of aCif-D158S
要素Predicted protein
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold / epoxide hydrolase / secreted
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / :
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter sp. RUH2624 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bridges, A.A. / Bahl, C.D. / Madden, D.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Signature motifs identify an acinetobacter cif virulence factor with epoxide hydrolase activity.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Bridges, A.A. / Ballok, A.E. / Bomberger, J.M. / Cady, K.C. / O'Toole, G.A. / Madden, D.R.
履歴
登録2013年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22014年4月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted protein
B: Predicted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0376
ポリマ－73,6602
非ポリマー3774
水10,124562
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area22990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.109, 42.511, 86.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Predicted protein


分子量: 36829.848 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-349 / 変異: D158S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. RUH2624 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0014_00517, ZP_05823503 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0BWK6
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 250 mM monopotassium phosphate, 100 mM sodium citrate, 20% PEG 4000, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月25日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.85 Å / Num. obs: 40969 / % possible obs: 96 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4MEA

4mea


解像度: 2→40.85 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.18 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1969 2057 5.02 %thin shells
Rwork0.1547 ---
obs0.1568 40962 96.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.383 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7981 Å2-0 Å2-2.1153 Å2
2---0.6437 Å2-0 Å2
3----0.1544 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5064 0 21 562 5647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0277186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7721955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078752
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005925
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04650.24181430.18332643X-RAY DIFFRACTION98
2.0465-2.09770.24361710.17662568X-RAY DIFFRACTION98
2.0977-2.15440.25251050.16672672X-RAY DIFFRACTION98
2.1544-2.21780.23561120.15892641X-RAY DIFFRACTION98
2.2178-2.28940.18892030.15662560X-RAY DIFFRACTION98
2.2894-2.37120.24261130.14972671X-RAY DIFFRACTION98
2.3712-2.46620.18641080.15632645X-RAY DIFFRACTION98
2.4662-2.57840.20991890.15282538X-RAY DIFFRACTION97
2.5784-2.71430.19181240.16142620X-RAY DIFFRACTION97
2.7143-2.88430.21051000.16012625X-RAY DIFFRACTION96
2.8843-3.10690.19531770.15792555X-RAY DIFFRACTION96
3.1069-3.41950.20891270.15972561X-RAY DIFFRACTION95
3.4195-3.91390.1627990.13612612X-RAY DIFFRACTION94
3.9139-4.92980.15031970.11582451X-RAY DIFFRACTION92
4.9298-40.8580.1942890.18132543X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25430.06650.07250.41640.18980.47490.01990.0410.0098-0.00190.0118-0.0342-0.03880.0323-0.01890.03590.00730.00670.00960.00520.0255-35.5518-10.0658-20.0123
20.61680.09440.07480.41340.06080.4143-0.005-0.01610.01650.0219-0.0330.0854-0.0159-0.05940.02320.0390.0298-0.01420.0769-0.02730.0558-72.9692-20.4373-23.9949
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 25:348)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESID 25:348)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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