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- PDB-7t35: Crystal Structure of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate pho... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7t35 | ||||||
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Title | Crystal Structure of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae | ||||||
![]() | 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC | ||||||
![]() | HYDROLASE / SSGCID / 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase / KdsC / lipopolysaccharide biosynthesis / 3-deoxy-D-manno-octulosonate biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / KdsC family / HAD-superfamily hydrolase,subfamily IIIA / lipopolysaccharide biosynthetic process / HAD superfamily / HAD-like superfamily / metal ion binding / 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae Authors: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 86.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 53.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 21456.611 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: KlpnC.17333.a.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: HS11286 / Gene: KPHS_47470 / Plasmid: KlpnC.17333.a.B1 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A0H3GTS8, 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: RigakuReagents JCSG+ screen, condition a1: 50% (v/v) PEG 400 100 mM Sodium acetate/ Acetic acid pH 4.5 200 mM Lithium sulfate: KlpnC.017337.a.B1.PW39027 at 23mg/ml: tray 322405a1: cryo: direct: puck kzu0-2. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2021 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.65→50 Å / Num. obs: 5801 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 14.07 % / Biso Wilson estimate: 71.572 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 0.919 / Net I/σ(I): 34.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry 2r8eA as per Morda Resolution: 2.65→32.68 Å / SU ML: 0.362 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.5339 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 83.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→32.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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