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Yorodumi- PDB-3be5: Crystal structure of FitE (crystal form 1), a group III periplasm... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3be5 | ||||||
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Title | Crystal structure of FitE (crystal form 1), a group III periplasmic siderophore binding protein | ||||||
Components | Putative iron compound-binding protein of ABC transporter family | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / Open form / closed form / group III periplasmic binding protein / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI | ||||||
Function / homology | ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / outer membrane-bounded periplasmic space / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Ferrichrome-binding protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli O157:H7 EDL933 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Shi, R. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI) | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2008 Title: Trapping open and closed forms of FitE-A group III periplasmic binding protein. Authors: Shi, R. / Proteau, A. / Wagner, J. / Cui, Q. / Purisima, E.O. / Matte, A. / Cygler, M. | ||||||
History |
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Remark 999 | AUTHORS STATE THAT THIS IS A MUTATION (A259T) BASED ON THE ELECTRON DENSITY MAPS. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3be5.cif.gz | 239.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3be5.ent.gz | 202.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3be5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3be5_validation.pdf.gz | 451.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3be5_full_validation.pdf.gz | 462.5 KB | Display | |
Data in XML | 3be5_validation.xml.gz | 47.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3be5_validation.cif.gz | 68.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3be5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3be5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32662.539 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: FitE without N-terminal signal sequence: Residues 19-315 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O157:H7 EDL933 (bacteria) Strain: O157:H7 EDL933, EHEC / Gene: fite, ECs3913, Z4382 / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DL41(DE3) / References: UniProt: Q8XBR1 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 22% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 12, 2006 Details: Cryogenically cooled double crystal monochromator with horizontal focusing sagitally bent second mono crystal |
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 60135 / Observed criterion σ(I): 5 / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 14.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 4025 / Rsym value: 0.183 / % possible all: 59.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→47.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 11.461 / SU ML: 0.155 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.317 / ESU R Free: 0.236 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.43 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→47.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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