PDB-6s9l: Designed Armadillo Repeat protein Lock1 bound to (KR)4KLSF target

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s9l

タイトル

Designed Armadillo Repeat protein Lock1 bound to (KR)4KLSF target

要素

KR4KLSF Lock1
LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-LEU-SER-PHE

キーワード

DE NOVO PROTEIN / peptide binder / repeat protein / designed armadillo repeat protein

機能・相同性

Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ernst, P. / Zosel, F. / Reichen, C. / Schuler, B. / Pluckthun, A.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Design of a Peptide Lock for Modular Peptide Binders.
著者: Ernst, P. / Zosel, F. / Reichen, C. / Nettels, D. / Schuler, B. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2019年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s9l.cif.gz	234.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s9l.ent.gz	190.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s9l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s9l_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s9l_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	6s9l_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	6s9l_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s9mC 6s9nC 6s9oC 6s9pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5aei-1 6s9n-5 5aei-2 5aei-3 6s9m-3 6s9m-1 6s9n-4 6s9n-6 6s9n-3 4arn-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: KR4KLSF Lock1

B: KR4KLSF Lock1

C: LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-LEU-SER-PHE

D: LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-LEU-SER-PHE

ヘテロ分子

63.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: KR4KLSF Lock1

C: LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-LEU-SER-PHE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, fluorescence anisotropy
32 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: KR4KLSF Lock1

D: LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-LEU-SER-PHE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.350, 80.260, 122.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	KR4KLSF Lock1 分子量: 29884.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-LEU-SER-PHE 分子量: 1640.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M HEPES/NaOH pH 8 66% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→48.75 Å / Num. obs: 66103 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.148 % / B_iso Wilson estimate: 32.526 Å² / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.355 / R_rim(I) all: 0.383 / Χ²: 0.802 / Net I/σ(I): 4.98

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	7.328	2.38	0.88	35774	4883	4882	0.314	2.56	100
2.15-2.21	7.279	1.917	1.12	34838	4787	4786	0.382	2.063	100
2.21-2.28	7.257	1.685	1.25	33852	4666	4665	0.465	1.814	100
2.28-2.35	7.221	1.383	1.54	32351	4482	4480	0.545	1.49	100
2.35-2.42	7.2	1.155	1.84	31415	4363	4363	0.611	1.244	100
2.42-2.51	7.183	1.01	2.04	30608	4261	4261	0.687	1.088	100
2.51-2.6	7.19	0.904	2.28	29048	4042	4040	0.722	0.974	100
2.6-2.71	7.153	0.78	2.68	28011	3919	3916	0.784	0.84	99.9
2.71-2.83	6.993	0.631	3.19	26118	3736	3735	0.828	0.682	100
2.83-2.97	6.811	0.496	3.95	24644	3618	3618	0.891	0.537	100
2.97-3.13	6.344	0.383	4.76	21582	3402	3402	0.926	0.417	100
3.13-3.32	6.099	0.308	5.66	19840	3253	3253	0.942	0.337	100
3.32-3.55	6.625	0.245	7.26	20015	3021	3021	0.97	0.266	100
3.55-3.83	6.925	0.17	10.12	19598	2830	2830	0.984	0.184	100
3.83-4.2	7.873	0.136	13.22	20446	2597	2597	0.991	0.146	100
4.2-4.7	7.878	0.116	15.12	18457	2343	2343	0.994	0.124	100
4.7-5.42	7.87	0.143	12.41	16299	2071	2071	0.992	0.153	100
5.42-6.64	7.849	0.155	11.72	13790	1757	1757	0.988	0.166	100
6.64-9.39	7.749	0.089	18.93	10368	1338	1338	0.996	0.096	100
9.39-48.746	7.329	0.067	23.21	5460	748	745	0.997	0.072	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→48.75 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.83

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	1749	5 %
R_work	0.2071	-	-
obs	0.2086	34964	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.73 Å² / B_iso mean: 33.8657 Å² / B_iso min: 10.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→48.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4409	0	56	297	4762
B_iso mean	-	-	55.89	37.25	-
残基数	-	-	-	-	592

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.1001-2.1619	0.3525	144	0.3024	2726
2.1619-2.2316	0.3291	144	0.282	2740
2.2316-2.3114	0.3028	143	0.2778	2717
2.3114-2.4039	0.2634	144	0.2478	2727
2.4039-2.5134	0.2813	144	0.2371	2737
2.5134-2.6459	0.2698	142	0.2363	2716
2.6459-2.8116	0.255	146	0.2236	2770
2.8116-3.0287	0.2679	145	0.2156	2741
3.0287-3.3334	0.2076	147	0.2003	2792
3.3334-3.8156	0.2346	145	0.1773	2767
3.8156-4.8066	0.177	149	0.1575	2823
4.8066-48.75	0.1937	156	0.1833	2959

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8393	0.2215	0.1945	0.9855	0.6462	2.3012	-0.0178	-0.1033	-0.0785	0.1727	0.0177	-0.0102	0.2647	0.0281	-0.0192	0.1388	0.0118	0.0177	0.1559	0.0436	0.198	16.9092	91.3401	22.586
2	1.9943	-0.0066	0.2016	1.6016	0.4291	0.9545	0.0395	-0.0743	0.0869	0.0267	0.0252	-0.0999	-0.0672	-0.0812	-0.043	0.1204	0.0184	0.0329	0.1452	0.0168	0.1543	-6.118	111.5921	16.4166
3	3.3596	-0.4246	1.2976	4.1429	0.3982	7.6191	0.088	-0.0103	-0.3457	-0.2171	-0.1084	0.147	0.7291	-0.3693	0.0341	0.2196	-0.0103	0.0116	0.3032	-0.0238	0.2931	10.2177	90.877	26.0282
4	2.813	0.4323	0.162	6.6217	3.3012	3.9208	0.1009	-0.354	0.2755	-0.2924	-0.1061	-0.1233	-0.6854	-0.1165	0.057	0.2844	0.0126	0.0052	0.2089	0.0047	0.2433	-8.4372	115.5642	9.8841

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 9:293)	A	9 - 293
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 10:292)	B	10 - 292
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resseq 1:12)	C	1 - 12
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq 1:12)	D	1 - 12

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