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- PDB-6s9m: Designed Armadillo Repeat protein Lock2 fused to target peptide K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s9m
タイトルDesigned Armadillo Repeat protein Lock2 fused to target peptide KRKRKAKITW
要素Lock2_KRKRKAKITW
キーワードDE NOVO PROTEIN / peptide binder / repeat protein / designed armadillo repeat protein
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ernst, P. / Zosel, F. / Reichen, C. / Schuler, B. / Pluckthun, A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / : 2020
タイトル: Structure-Guided Design of a Peptide Lock for Modular Peptide Binders.
著者: Ernst, P. / Zosel, F. / Reichen, C. / Nettels, D. / Schuler, B. / Pluckthun, A.
履歴
登録2019年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lock2_KRKRKAKITW
B: Lock2_KRKRKAKITW
C: Lock2_KRKRKAKITW
D: Lock2_KRKRKAKITW
E: Lock2_KRKRKAKITW
F: Lock2_KRKRKAKITW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,57643
ポリマ-189,0146
非ポリマー2,56137
19,3121072
1
A: Lock2_KRKRKAKITW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,99111
ポリマ-31,5021
非ポリマー48910
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lock2_KRKRKAKITW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,99111
ポリマ-31,5021
非ポリマー48910
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lock2_KRKRKAKITW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6532
ポリマ-31,5021
非ポリマー1501
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lock2_KRKRKAKITW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0918
ポリマ-31,5021
非ポリマー5897
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Lock2_KRKRKAKITW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1656
ポリマ-31,5021
非ポリマー6635
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Lock2_KRKRKAKITW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6855
ポリマ-31,5021
非ポリマー1824
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.853, 85.474, 193.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTHRTHRAA11 - 3084 - 301
21SERSERTHRTHRBB11 - 3084 - 301
12GLYGLYTRPTRPAA10 - 3093 - 302
22GLYGLYTRPTRPCC10 - 3093 - 302
13GLUGLUTHRTHRAA12 - 3085 - 301
23GLUGLUTHRTHRDD12 - 3085 - 301
14GLYGLYTHRTHRAA10 - 3083 - 301
24GLYGLYTHRTHREE10 - 3083 - 301
15GLUGLUTHRTHRAA12 - 3085 - 301
25GLUGLUTHRTHRFF12 - 3085 - 301
16SERSERTHRTHRBB11 - 3084 - 301
26SERSERTHRTHRCC11 - 3084 - 301
17GLUGLUTHRTHRBB12 - 3085 - 301
27GLUGLUTHRTHRDD12 - 3085 - 301
18SERSERTHRTHRBB11 - 3084 - 301
28SERSERTHRTHREE11 - 3084 - 301
19GLUGLUTHRTHRBB12 - 3085 - 301
29GLUGLUTHRTHRFF12 - 3085 - 301
110GLUGLUTHRTHRCC12 - 3085 - 301
210GLUGLUTHRTHRDD12 - 3085 - 301
111GLYGLYTHRTHRCC10 - 3083 - 301
211GLYGLYTHRTHREE10 - 3083 - 301
112GLUGLUTHRTHRCC12 - 3085 - 301
212GLUGLUTHRTHRFF12 - 3085 - 301
113GLUGLUTHRTHRDD12 - 3085 - 301
213GLUGLUTHRTHREE12 - 3085 - 301
114GLUGLUTRPTRPDD12 - 3095 - 302
214GLUGLUTRPTRPFF12 - 3095 - 302
115GLUGLUTHRTHREE12 - 3085 - 301
215GLUGLUTHRTHRFF12 - 3085 - 301

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Lock2_KRKRKAKITW


分子量: 31502.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 1109分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1072 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 22.5 % PEG smear medium, 0.1 M CaCl2, 0.1 M MgCl2,0.1 M Pipes pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.000041 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000041 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.2 Å / Num. obs: 228033 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.479 % / Biso Wilson estimate: 34.082 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.017 / Net I/σ(I): 10.55 / Num. measured all: 793257 / Scaling rejects: 60
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.053.4230.8711.725778117587168820.6261.03896
2.05-2.113.3020.7132.045357217163162240.70.85494.5
2.11-2.172.9980.5162.614423016463147530.8150.6389.6
2.17-2.243.3780.4463.395167616155153000.8730.53494.7
2.24-2.313.5330.3874.095350515726151460.8990.4696.3
2.31-2.393.5240.3055.365120515057145310.9220.36396.5
2.39-2.483.5330.2736.564996414607141410.9330.32596.8
2.48-2.583.5110.257.294760414027135590.9380.29996.7
2.58-2.73.5790.2378.44671113376130510.9460.28197.6
2.7-2.833.6690.2319.834671012866127320.9570.27299
2.83-2.983.6390.18211.764418312276121410.9720.21498.9
2.98-3.163.5920.14813.384108111585114360.980.17598.7
3.16-3.383.5320.11315.633753510847106260.9880.13598
3.38-3.653.4590.08518.68338841015097970.9930.196.5
3.65-43.1190.05522.2126648924085430.9960.06692.5
4-4.473.4070.04326.4327641844081140.9970.05196.1
4.47-5.163.7650.04327.8927898743174100.9980.0599.7
5.16-6.323.7970.04626.0723647625062270.9980.05499.6
6.32-8.943.7810.03133.6918257483948290.9990.03799.8
8.94-48.23.6760.02440.689525264725910.9990.02897.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 8.503 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.157
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2126 5904 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.1788 112173 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 167.65 Å2 / Biso mean: 32.384 Å2 / Biso min: 12.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3 Å2-0 Å2-1.03 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----2.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13207 0 139 1072 14418
Biso mean--64.03 40.04 -
残基数----1796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.01913700
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9481.98218574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.079330405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.29351841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.38228.462598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.752152415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.161525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.22172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02115586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022067
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A186400.07
12B186400.07
21A186120.09
22C186120.09
31A184700.08
32D184700.08
41A185160.08
42E185160.08
51A182720.09
52F182720.09
61B185140.09
62C185140.09
71B185440.08
72D185440.08
81B184920.08
82E184920.08
91B184020.09
92F184020.09
101C182500.09
102D182500.09
111C183560.09
112E183560.09
121C181440.1
122F181440.1
131D185920.08
132E185920.08
141D186820.09
142F186820.09
151E184540.08
152F184540.08
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 433 -
Rwork0.287 8224 -
all-8657 -
obs--97.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0728-0.1476-0.05190.31860.0630.29840.01120.0065-0.0064-0.0308-0.0480.01750.03510.01320.03680.02110.00350.03810.0774-0.00640.10451.99223.822347.723
20.0565-0.1339-0.02820.37910.21780.562-0.0130.0173-0.0173-0.009-0.05560.0359-0.04280.02250.06860.0470.01010.02390.03980.00120.102424.667-20.013615.9906
30.2271-0.15170.01670.11340.16252.57820.0220.05490.11280.0139-0.059-0.07390.3598-0.39210.03690.0733-0.07110.01430.11370.01760.057211.6995-15.7734-12.8494
40.13150.17440.17310.3296-0.00690.8055-0.0185-0.01960.0299-0.0378-0.04670.01590.00730.01130.06530.0173-0.0080.03180.06970.00370.12229.7685-28.570352.0062
50.01410.0413-0.05720.23640.10070.8812-0.0032-0.0039-0.00710.0185-0.0306-0.0390.0824-0.03370.03380.0168-0.01930.01830.06510.02150.10588.219714.939177.9339
60.4182-0.05160.38030.29790.08760.5492-0.0740.01160.0603-0.0135-0.0161-0.0030.00490.00790.09010.05720.00490.01640.08250.00770.09895.09868.0796109.2078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 309
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 309
3X-RAY DIFFRACTION3C10 - 309
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 309
5X-RAY DIFFRACTION5E9 - 309
6X-RAY DIFFRACTION6F12 - 309

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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