PDB-6s9m: Designed Armadillo Repeat protein Lock2 fused to target peptide K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s9m

タイトル

Designed Armadillo Repeat protein Lock2 fused to target peptide KRKRKAKITW

要素

Lock2_KRKRKAKITW

キーワード

DE NOVO PROTEIN / peptide binder / repeat protein / designed armadillo repeat protein

機能・相同性

Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / TRIETHYLENE GLYCOL

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ernst, P. / Zosel, F. / Reichen, C. / Schuler, B. / Pluckthun, A.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Design of a Peptide Lock for Modular Peptide Binders.
著者: Ernst, P. / Zosel, F. / Reichen, C. / Nettels, D. / Schuler, B. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2019年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s9m.cif.gz	679.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s9m.ent.gz	562.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s9m_validation.pdf.gz	497.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s9m_full_validation.pdf.gz	525.7 KB	表示
XML形式データ	6s9m_validation.xml.gz	75.1 KB	表示
CIF形式データ	6s9m_validation.cif.gz	108.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s9lC 6s9nC 6s9oC 6s9pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s9n-2 6s9n-5 6s9l-2 4l7m-1 5aei-2 6s9n-3 6s9n-4 5aei-3 5mfh-3 5aei-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lock2_KRKRKAKITW

B: Lock2_KRKRKAKITW

C: Lock2_KRKRKAKITW

D: Lock2_KRKRKAKITW

E: Lock2_KRKRKAKITW

F: Lock2_KRKRKAKITW

ヘテロ分子

192 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Lock2_KRKRKAKITW

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, fluorescence anisotropy binding experiments and stopped flow FRET kinetics
32 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lock2_KRKRKAKITW

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lock2_KRKRKAKITW

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lock2_KRKRKAKITW

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Lock2_KRKRKAKITW

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Lock2_KRKRKAKITW

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.853, 85.474, 193.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.320, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	THR	THR	A	A	11 - 308	4 - 301
2	1	SER	SER	THR	THR	B	B	11 - 308	4 - 301
1	2	GLY	GLY	TRP	TRP	A	A	10 - 309	3 - 302
2	2	GLY	GLY	TRP	TRP	C	C	10 - 309	3 - 302
1	3	GLU	GLU	THR	THR	A	A	12 - 308	5 - 301
2	3	GLU	GLU	THR	THR	D	D	12 - 308	5 - 301
1	4	GLY	GLY	THR	THR	A	A	10 - 308	3 - 301
2	4	GLY	GLY	THR	THR	E	E	10 - 308	3 - 301
1	5	GLU	GLU	THR	THR	A	A	12 - 308	5 - 301
2	5	GLU	GLU	THR	THR	F	F	12 - 308	5 - 301
1	6	SER	SER	THR	THR	B	B	11 - 308	4 - 301
2	6	SER	SER	THR	THR	C	C	11 - 308	4 - 301
1	7	GLU	GLU	THR	THR	B	B	12 - 308	5 - 301
2	7	GLU	GLU	THR	THR	D	D	12 - 308	5 - 301
1	8	SER	SER	THR	THR	B	B	11 - 308	4 - 301
2	8	SER	SER	THR	THR	E	E	11 - 308	4 - 301
1	9	GLU	GLU	THR	THR	B	B	12 - 308	5 - 301
2	9	GLU	GLU	THR	THR	F	F	12 - 308	5 - 301
1	10	GLU	GLU	THR	THR	C	C	12 - 308	5 - 301
2	10	GLU	GLU	THR	THR	D	D	12 - 308	5 - 301
1	11	GLY	GLY	THR	THR	C	C	10 - 308	3 - 301
2	11	GLY	GLY	THR	THR	E	E	10 - 308	3 - 301
1	12	GLU	GLU	THR	THR	C	C	12 - 308	5 - 301
2	12	GLU	GLU	THR	THR	F	F	12 - 308	5 - 301
1	13	GLU	GLU	THR	THR	D	D	12 - 308	5 - 301
2	13	GLU	GLU	THR	THR	E	E	12 - 308	5 - 301
1	14	GLU	GLU	TRP	TRP	D	D	12 - 309	5 - 302
2	14	GLU	GLU	TRP	TRP	F	F	12 - 309	5 - 302
1	15	GLU	GLU	THR	THR	E	E	12 - 308	5 - 301
2	15	GLU	GLU	THR	THR	F	F	12 - 308	5 - 301

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Lock2_KRKRKAKITW 分子量: 31502.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 1109分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1072 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 22.5 % PEG smear medium, 0.1 M CaCl2, 0.1 M MgCl2,0.1 M Pipes pH 7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1.000041 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.000041 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→48.2 Å / Num. obs: 228033 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.479 % / B_iso Wilson estimate: 34.082 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_rim(I) all: 0.133 / Χ²: 1.017 / Net I/σ(I): 10.55 / Num. measured all: 793257 / Scaling rejects: 60

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	3.423	0.871	1.72	57781	17587	16882	0.626	1.038	96
2.05-2.11	3.302	0.713	2.04	53572	17163	16224	0.7	0.854	94.5
2.11-2.17	2.998	0.516	2.61	44230	16463	14753	0.815	0.63	89.6
2.17-2.24	3.378	0.446	3.39	51676	16155	15300	0.873	0.534	94.7
2.24-2.31	3.533	0.387	4.09	53505	15726	15146	0.899	0.46	96.3
2.31-2.39	3.524	0.305	5.36	51205	15057	14531	0.922	0.363	96.5
2.39-2.48	3.533	0.273	6.56	49964	14607	14141	0.933	0.325	96.8
2.48-2.58	3.511	0.25	7.29	47604	14027	13559	0.938	0.299	96.7
2.58-2.7	3.579	0.237	8.4	46711	13376	13051	0.946	0.281	97.6
2.7-2.83	3.669	0.231	9.83	46710	12866	12732	0.957	0.272	99
2.83-2.98	3.639	0.182	11.76	44183	12276	12141	0.972	0.214	98.9
2.98-3.16	3.592	0.148	13.38	41081	11585	11436	0.98	0.175	98.7
3.16-3.38	3.532	0.113	15.63	37535	10847	10626	0.988	0.135	98
3.38-3.65	3.459	0.085	18.68	33884	10150	9797	0.993	0.1	96.5
3.65-4	3.119	0.055	22.21	26648	9240	8543	0.996	0.066	92.5
4-4.47	3.407	0.043	26.43	27641	8440	8114	0.997	0.051	96.1
4.47-5.16	3.765	0.043	27.89	27898	7431	7410	0.998	0.05	99.7
5.16-6.32	3.797	0.046	26.07	23647	6250	6227	0.998	0.054	99.6
6.32-8.94	3.781	0.031	33.69	18257	4839	4829	0.999	0.037	99.8
8.94-48.2	3.676	0.024	40.68	9525	2647	2591	0.999	0.028	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0189	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→48.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 8.503 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.157
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2126	5904	5 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
obs	0.1788	112173	98.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 167.65 Å² / B_iso mean: 32.384 Å² / B_iso min: 12.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.3 Å²	-0 Å²	-1.03 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→48.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13207	0	139	1072	14418
B_iso mean	-	-	64.03	40.04	-
残基数	-	-	-	-	1796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	13700
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	12969
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.948	1.982	18574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.079	3	30405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.293	5	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.382	28.462	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.752	15	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.16	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	15586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2067

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18640	0.07
1	2	B	18640	0.07
2	1	A	18612	0.09
2	2	C	18612	0.09
3	1	A	18470	0.08
3	2	D	18470	0.08
4	1	A	18516	0.08
4	2	E	18516	0.08
5	1	A	18272	0.09
5	2	F	18272	0.09
6	1	B	18514	0.09
6	2	C	18514	0.09
7	1	B	18544	0.08
7	2	D	18544	0.08
8	1	B	18492	0.08
8	2	E	18492	0.08
9	1	B	18402	0.09
9	2	F	18402	0.09
10	1	C	18250	0.09
10	2	D	18250	0.09
11	1	C	18356	0.09
11	2	E	18356	0.09
12	1	C	18144	0.1
12	2	F	18144	0.1
13	1	D	18592	0.08
13	2	E	18592	0.08
14	1	D	18682	0.09
14	2	F	18682	0.09
15	1	E	18454	0.08
15	2	F	18454	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	433	-
R_work	0.287	8224	-
all	-	8657	-
obs	-	-	97.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0728	-0.1476	-0.0519	0.3186	0.063	0.2984	0.0112	0.0065	-0.0064	-0.0308	-0.048	0.0175	0.0351	0.0132	0.0368	0.0211	0.0035	0.0381	0.0774	-0.0064	0.1045	1.992	23.8223	47.723
2	0.0565	-0.1339	-0.0282	0.3791	0.2178	0.562	-0.013	0.0173	-0.0173	-0.009	-0.0556	0.0359	-0.0428	0.0225	0.0686	0.047	0.0101	0.0239	0.0398	0.0012	0.1024	24.667	-20.0136	15.9906
3	0.2271	-0.1517	0.0167	0.1134	0.1625	2.5782	0.022	0.0549	0.1128	0.0139	-0.059	-0.0739	0.3598	-0.3921	0.0369	0.0733	-0.0711	0.0143	0.1137	0.0176	0.0572	11.6995	-15.7734	-12.8494
4	0.1315	0.1744	0.1731	0.3296	-0.0069	0.8055	-0.0185	-0.0196	0.0299	-0.0378	-0.0467	0.0159	0.0073	0.0113	0.0653	0.0173	-0.008	0.0318	0.0697	0.0037	0.122	29.7685	-28.5703	52.0062
5	0.0141	0.0413	-0.0572	0.2364	0.1007	0.8812	-0.0032	-0.0039	-0.0071	0.0185	-0.0306	-0.039	0.0824	-0.0337	0.0338	0.0168	-0.0193	0.0183	0.0651	0.0215	0.1058	8.2197	14.9391	77.9339
6	0.4182	-0.0516	0.3803	0.2979	0.0876	0.5492	-0.074	0.0116	0.0603	-0.0135	-0.0161	-0.003	0.0049	0.0079	0.0901	0.0572	0.0049	0.0164	0.0825	0.0077	0.0989	5.0986	8.0796	109.2078

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 309
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 309
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	10 - 309
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	12 - 309
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	9 - 309
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	12 - 309

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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