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- PDB-7syc: Crystal Structure of Nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7syc
タイトルCrystal Structure of Nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae
要素7,8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / DNA repair / nudix hydrolase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA repair
類似検索 - 分子機能
Mutator MutT / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
7,8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae
著者: DeBouver, N.D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9292
ポリマ－15,9051
非ポリマー241
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.140, 67.140, 136.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-338-

HOH

21A-389-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 7,8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase / 8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-dGTP diphosphatase MutT


分子量: 15905.060 Da / 分子数: 1 / 断片: KlpnC.00264.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: mutT, E3U38_03970, NCTC9504_05440, RJA_22585 / プラスミド: KlpnC.00264.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y0Q4X2, 8-oxo-dGTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: KlpnC.00264.a.B1.PW38992 [Barcode: 322156a9] [pin_id: llw0-5] [collection: aps21idf 9/23/2021] [crystallization conditions: MCSG1 A9 0.1M HEPES/NaOH, pH 7.5, 0.2M MgCl2, 25% (w/v) PEG 3350] [cryo: 10% EG]

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月21日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.19 Å / Num. obs: 12903 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.577 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 32.73 / Num. measured all: 175186
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.0514.3460.5765.06132419239230.9480.598100
2.05-2.1114.0980.3767.68128869149140.9750.39100
2.11-2.1714.2540.3228.99125018778770.9820.334100
2.17-2.2414.2030.26510.78122578638630.9870.275100
2.24-2.3114.2420.21913.05116648198190.9930.227100
2.31-2.3914.10.17715.88113658068060.9950.183100
2.39-2.4814.0910.14419.47111047887880.9960.149100
2.48-2.5814.0330.11423.46105537527520.9980.118100
2.58-2.713.8410.08430.44100217247240.9990.088100
2.7-2.8313.6530.06638.0294076896890.9990.069100
2.83-2.9813.3390.05743.3488846666660.9990.06100
2.98-3.1613.2020.04850.2483836356350.9990.05100
3.16-3.3812.8110.0456.3276745995990.9990.042100
3.38-3.6512.8050.03862.7471585595590.9990.039100
3.65-412.7210.03166.38665352352310.032100
4-4.4712.6540.02971.26617548848810.031100
4.47-5.1612.6640.02772.12535742342310.028100
5.16-6.3212.290.02770.17453536936910.028100
6.32-8.9411.8750.02469.9236223063050.9990.02699.7
8.94-44.199.6460.02566.0917461911810.9990.02694.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20rc3_4406精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A6S

3a6s


解像度: 2→44.19 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 1300 10.08 %
Rwork0.1979 11603 -
obs0.2024 12903 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.79 Å2 / Biso mean: 47.9441 Å2 / Biso min: 22.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→44.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数966 0 1 110 1077
Biso mean--55.03 50.63 -
残基数----122
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.080.26431350.254112601395100
2.08-2.170.28691430.216812461389100
2.18-2.290.24821240.219612651389100
2.29-2.430.27841330.225112761409100
2.43-2.620.27661320.249212791411100
2.62-2.880.26281490.221212631412100
2.88-3.30.25531500.21212971447100
3.3-4.160.22671600.171213141474100
4.16-44.190.22011740.17991403157799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.00552.7614-1.43845.0288-1.07832.58230.1071-0.2091-0.1444-0.010.22080.50240.4751-0.0946-0.22190.2912-0.018-0.08820.41580.15350.4096-29.692319.49082.5525
26.88312.6095-0.2962.77441.32823.5294-0.27511.57860.4369-0.8160.9135-0.414-0.37850.218-0.19840.26360.08080.040.58540.21080.3858-15.361736.0321-8.8077
36.16232.59-0.82948.3879-0.70958.013-0.09081.4974-1.4744-1.33690.02640.57810.6066-0.4863-0.15530.39210.0946-0.07510.9697-0.04240.4521-22.713926.2895-10.1932
47.42511.6888-4.16836.78133.07599.95810.08050.51-0.76891.0540.06-0.3942.1537-0.07020.4290.39510.0036-0.09020.33250.01750.522-21.23517.79716.5986
55.23571.2878-5.40894.3380.44226.4242-0.10910.1828-0.41180.02240.0403-1.18780.44290.375-0.11980.22970.0355-0.04370.45340.0570.5576-14.539422.65280.8175
60.85490.82660.59834.54611.32633.25330.4214-0.1820.63270.0548-0.11520.3014-0.2718-0.1091-0.21580.20230.04780.0030.45620.07120.3296-24.438229.99643.4429
74.48795.0626-0.2324.6850.45571.34660.0291-0.1884-0.3659-0.2294-0.1811-0.13140.2742-0.04430.11660.20010.0292-0.00880.41630.10420.3954-30.223824.1081.6513
88.04340.10282.36686.6989-1.79294.96370.18321.5505-0.9822-0.9727-0.2339-0.48640.58970.2445-0.01620.33970.03790.0890.7591-0.11610.4637-10.492126.6089-7.4831
99.1745-3.49363.62797.0247-1.32725.889-0.35072.94810.1884-0.9483-0.00540.8923-0.1157-1.05160.4860.3050.1115-0.03431.00320.30260.4192-18.3135.7261-13.6626
107.3272-0.19151.54552.6932-1.90588.5508-0.0861.49120.8611-0.4114-0.04560.4257-1.096-2.10210.08810.33340.1118-0.04960.960.12820.5716-28.934634.7503-8.2291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 11 )A-1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 12 through 21 )A12 - 21
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 22 through 36 )A22 - 36
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 37 through 45 )A37 - 45
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 46 through 60 )A46 - 60
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 61 through 74 )A61 - 74
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 75 through 87 )A75 - 87
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 88 through 101 )A88 - 101
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 102 through 109 )A102 - 109
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 110 through 129 )A110 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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