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- PDB-7sxi: Solution Structure of Sds3 Capped Tudor Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sxi
タイトルSolution Structure of Sds3 Capped Tudor Domain
要素Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3
キーワードGENE REGULATION / Transcriptional corepressor / Tudor domain / Nucleic acid binding / G-quadruplex binding
機能・相同性
機能・相同性情報


HDACs deacetylate histones / blastocyst hatching / negative regulation of stem cell population maintenance / Ub-specific processing proteases / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell migration / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / histone deacetylase binding / chromatin remodeling ...HDACs deacetylate histones / blastocyst hatching / negative regulation of stem cell population maintenance / Ub-specific processing proteases / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell migration / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / histone deacetylase binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sds3-like / Sds3-like / Sds3-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Marcum, R.D. / Radhakrishnan, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association17GRNT33680167 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: A capped Tudor domain within a core subunit of the Sin3L/Rpd3L histone deacetylase complex binds to nucleic acid G-quadruplexes.
著者: Marcum, R.D. / Hsieh, J. / Giljen, M. / Justice, E. / Daffern, N. / Zhang, Y. / Radhakrishnan, I.
履歴
登録2021年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3911
ポリマ－9,3911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Sin3 histone deacetylase corepressor complex component SDS3 / Suppressor of defective silencing 3 protein homolog


分子量: 9390.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Suds3, Sds3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BR65

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
122isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
132isotropic12D 1H-1H NOESY
142isotropic13D CBCA(CO)NH
152isotropic13D HN(CA)CB
182isotropic13D (H)CCH-COSY
172isotropic13D (H)CCH-TOCSY
162isotropic13D C(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.35 mM [U-100% 15N] Sds3 CTD, 90% H2O/10% D2O15N-labeled sample15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.35 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Sds3 CTD, 100% D2O15N,13C-labeled sample15N13C_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.35 mMSds3 CTD[U-100% 15N]1
0.35 mMSds3 CTD[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 0.07 M / Label: conditions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent Direct Drive / 製造業者: Agilent / モデル: Direct Drive / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
FelixAccelrys Software Inc.解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JL. Bioinformatics. 2015 Apr 15; 31(8):1325-7.chemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JL. Bioinformatics. 2015 Apr 15; 31(8):1325-7.peak picking
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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