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万見
- PDB-3i1e: Crystal Structure of the PDZ domain of the SdrC-like Protein (Lin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i1e
タイトルCrystal Structure of the PDZ domain of the SdrC-like Protein (Lin2157) from Listeria innocua, Northeast Structural Genomics Consortium Target LkR136C
要素Lin2157 protein
キーワードstructural genomics / unknown function / alpha-beta protein. / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Endopeptidase La, PDZ domain / PDZ domain / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. ...Endopeptidase La, PDZ domain / PDZ domain / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Roll / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Listeria innocua (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target LkR136C
著者: Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lin2157 protein
B: Lin2157 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8892
ポリマ－19,8892
非ポリマー00
水43224
1
A: Lin2157 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9441
ポリマ－9,9441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lin2157 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9441
ポリマ－9,9441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.680, 43.680, 76.102
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Lin2157 protein


分子量: 9944.258 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 株: Clip11262 / 遺伝子: lin2157 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q929W6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法, under oil / pH: 6
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 100mM MES (pH 6), 40% PEG 400, and 100mM MgSO4., Microbatch, under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 7151 / Num. obs: 7080 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 65.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 682 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2 & XtalView精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I18

3i18


解像度: 2.91→18.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1063672.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 634 10.4 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.238 7126 --
obs0.237 6107 85.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.811 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.67 Å20 Å20 Å2
2--6.67 Å20 Å2
3----13.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.74 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→18.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1386 0 0 24 1410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 35 8.5 %
Rwork0.189 378 -
obs-413 60.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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