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- PDB-6d8j: Mycobacterium tuberculosis polyketide synthase 13 N-terminal acyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d8j
タイトルMycobacterium tuberculosis polyketide synthase 13 N-terminal acyl carrier protein domain
要素Polyketide synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / PKS13 / N-terminal ACP
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. ...: / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Polyketide synthase Pks13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Tang, S. / Sacchettini, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Mycobacterium tuberculosis polyketide synthase 13 N-terminal acyl carrier protein domain
著者: Tang, S. / Sacchettini, J.
履歴
登録2018年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8078
ポリマ－9,3511
非ポリマー4577
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area5010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.972, 51.972, 74.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-104-

CA

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase


分子量: 9350.620 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal acyl carrier protein domain (UNP residues 10-93)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: LH57_20715 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A089QYU6, UniProt: I6X8D2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 18-24% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 12933 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 19.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.109 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 122439
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.63-1.669.50.5466300.9040.1830.5780.598.4
1.66-1.699.30.4736540.9120.1610.5010.50499.2
1.69-1.729.60.3876320.9440.130.4090.5698.9
1.72-1.769.40.3716420.9440.1250.3920.54598.6
1.76-1.799.50.3196500.9630.1070.3380.698.6
1.79-1.849.50.2796360.970.0940.2960.63598.5
1.84-1.889.50.2266440.9660.0760.240.74398.5
1.88-1.939.40.2146590.9810.0710.2260.92398.5
1.93-1.999.60.1726280.9810.0570.1810.96598.1
1.99-2.059.50.1456500.9890.0480.1531.197.6
2.05-2.139.60.1386350.9920.0450.1451.26196.9
2.13-2.219.50.1186410.9910.0390.1241.34697.4
2.21-2.319.60.126450.9920.040.1271.47696.6
2.31-2.439.60.1066430.9940.0340.1111.74196.4
2.43-2.599.50.0956460.9950.0310.11.7495.8
2.59-2.799.50.0866380.9970.0280.091.82995.5
2.79-3.079.50.0756600.9970.0250.0791.71895.1
3.07-3.519.30.0656490.9970.0220.0691.74595
3.51-4.429.40.0526560.9980.0170.0551.43593.6
4.42-5090.0376950.9980.0130.040.76689.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6D8I

6d8i


解像度: 1.63→30.276 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 1286 9.96 %Random selection
Rwork0.1628 11631 --
obs0.1649 12917 96.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146 Å2 / Biso mean: 25.1454 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→30.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数590 0 46 131 767
Biso mean--43.45 35.37 -
残基数----79
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.761875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049105
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.586394
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6296-1.69480.20961400.18941267140799
1.6948-1.7720.21521420.18541294143699
1.772-1.86540.19271450.17231283142899
1.8654-1.98220.1941460.16761293143999
1.9822-2.13520.1781460.14821274142098
2.1352-2.350.16651350.15281294142997
2.35-2.68990.19351450.16461277142296
2.6899-3.38830.19311400.16511300144095
3.3883-30.28120.16821470.161349149693
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.7057 Å / Origin y: 22.3604 Å / Origin z: 12.1276 Å
111213212223313233
T0.1503 Å20.005 Å2-0.004 Å2-0.1473 Å20.0033 Å2--0.1428 Å2
L1.381 °20.8135 °2-0.706 °2-0.6883 °20.0183 °2--1.3652 °2
S-0.0468 Å °0.0851 Å °0.0394 Å °-0.0849 Å °0.0711 Å °-0.015 Å °-0.0621 Å °-0.0412 Å °0.0009 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA15 - 93
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 5
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 131
5X-RAY DIFFRACTION1allD1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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