PDB-7sr4: Single chain trimer HLA-A*02:01 (H98L, Y108C) with HPV.16 E7 pept...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sr4

タイトル

Single chain trimer HLA-A*02:01 (H98L, Y108C) with HPV.16 E7 peptide YMLDLQPETTDLYC

要素

Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera
VHH

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HLA / VHH / HPV / SCT

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host IRF9 activity / symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / positive regulation of actin filament polymerization / cadmium ion binding / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / viral process / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)

Pongo pygmaeus (オランウータン)

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Finton, K.A.K. / Rupert, P.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: Effects of HLA single chain trimer design on peptide presentation and stability.
著者: Finton, K.A.K. / Rupert, P.B. / Friend, D.J. / Dinca, A. / Lovelace, E.S. / Buerger, M. / Rusnac, D.V. / Foote-McNabb, U. / Chour, W. / Heath, J.R. / Campbell, J.S. / Pierce, R.H. / Strong, R.K.

履歴

登録	2021年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7sr4.ent.gz	309.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	7sr4_full_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示
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CIF形式データ	7sr4_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/7sr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/7sr4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7sqpSC 7sr0C 7sr3C 7sr5C 7srkC 7sshC 7st3C 7stgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

B: VHH

C: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

D: VHH

122 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

B: VHH

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
60.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

D: VHH

登録者が定義した集合体
60.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.877, 117.877, 262.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera 分子量: 48268.113 Da / 分子数: 2 / 変異: H98L, Y108C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス), (組換発現) Pongo pygmaeus (オランウータン), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: E7, B2M, HLA-A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P03129, UniProt: P16213, UniProt: A0A678ZGP6
#2: 抗体	VHH 分子量: 12536.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.17 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM KCitrate, pH 6.5, 17.5% PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 58080 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 46.52 Å² / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 2.59→2.69 Å / Num. unique obs: 5680 / CC_1/2: 0.848

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7SQP

7sqp

解像度: 2.59→48.91 Å / SU ML: 0.2799 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.1442
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	2962	5.1 %
R_work	0.2177	55092	-
obs	0.2192	58054	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→48.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7221	0	0	142	7363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	7400
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5379	10075
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0405	1082
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1309
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.9342	1044

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.59-2.64	0.2854	134	0.2572	2557	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.64-2.68	0.3442	160	0.2596	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.68-2.73	0.2826	132	0.2531	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.78	0.291	146	0.2508	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.78-2.84	0.2829	140	0.2432	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.9	0.3057	131	0.2501	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.9-2.97	0.3137	128	0.2485	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.04	0.2903	150	0.2582	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.13	0.2909	138	0.2456	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.22	0.2749	134	0.2347	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.32	0.2446	137	0.2405	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.32-3.44	0.2504	143	0.2301	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.44-3.58	0.2888	147	0.2248	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.74	0.2446	113	0.2155	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.74-3.94	0.2472	144	0.2044	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.18	0.2208	141	0.1925	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.18-4.51	0.2032	157	0.1713	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
4.51-4.96	0.2233	161	0.1669	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.96-5.68	0.1835	144	0.1908	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.89
5.68-7.15	0.2524	139	0.2349	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.97
7.15-48.91	0.2302	143	0.2409	2875	X-RAY DIFFRACTION	99.15

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.896016055546	0.85008278686	-0.220650317238	1.7061582676	-0.444800369392	0.0762121635374	0.150639579091	-0.0476198752921	-0.178446962791	0.261677347057	-0.237890471139	-0.391103708872	-0.155997630063	-0.0132670326809	-0.00529984058039	0.407160272213	-0.0819689450594	-0.0817484329391	0.322162841134	0.0472710295501	0.301173871747	31.4028658296	-13.9364675653	40.7858952788
2	0.749165709544	0.980869684035	-0.199828195359	2.20727420945	-0.573065732892	0.817647823603	-0.0175594012082	-0.0668739563202	-0.107375750521	-0.122941528066	-0.0778628306197	-0.183817073443	0.0276189658128	-0.167760775334	-0.00508694995399	0.316117914197	-0.0284657836349	0.00935969159693	0.307395910968	0.00421915072544	0.330142293975	37.4618389888	-3.79431125593	25.0132740482
3	0.558740220638	0.146347938521	0.0279440885072	0.421306498305	0.273744340044	0.177321843646	0.492734292133	-0.673684896947	-1.43916155077	0.0755517150433	-0.988655237827	-1.38468262714	-0.328926019805	0.291396407799	-0.936540587772	0.592983925909	-0.634373547842	-0.182639962651	0.435754711334	0.801475408689	0.974773354152	46.3942992452	-9.12570500286	50.0666858641
4	0.00599912795771	0.00487771863441	0.00991574907422	-0.00068803408791	0.00153821175174	-0.00222756263074	-0.109695162873	0.165256178867	-0.0172156086721	0.185880549785	0.120588864947	0.190859239566	0.0992438742943	0.0536124105509	-0.000608965144543	0.520491875531	0.0288206496321	-0.071641163515	0.501160670169	0.0500559565295	0.39085637297	15.7774358214	-40.3214075893	50.9725249522
5	0.0612506162483	0.00021235151868	-0.0513180167204	0.157550734086	-0.0396185461461	0.0459718656222	0.336272665898	-0.0731410616861	-0.0601717340627	0.113785360727	-0.112590458367	0.337469433192	-0.150303966496	-0.206184832832	-0.000402370744503	0.449438967253	-0.0304251683727	-0.0863854559769	0.325111753081	0.0154234308782	0.413082939922	5.99932986106	-38.95543374	38.0744277413
6	0.00101832791028	-0.0156644860369	-0.00084614220577	0.0836616397184	0.0190752699205	0.0130597357548	0.0342445163695	-0.0476170003149	0.184315942391	-0.0164129717998	-0.072740898824	0.077832144722	0.132151801958	0.199776004758	0.000324096885002	1.4011667048	-0.0604652615841	0.00487474450989	0.629774712016	0.0784529733732	0.804857213353	15.4519659565	-34.3591101002	60.8389865059
7	0.149925742394	0.139768809205	0.107033817827	0.227442864432	-0.0879626000487	0.140046942443	0.249121499919	-0.0869814449791	0.0538739336761	0.0880915582489	-0.166736497749	-0.0894873196093	0.0396295359576	-0.0441526113967	7.08932158932E-5	0.37840444177	-0.0220532164713	0.00141722745778	0.307474488182	-0.00478397329701	0.318485472966	14.729953541	-27.6447154558	41.9575151903
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 155 )	A	A	1 - 155	1 - 123
2	2	chain 'A' and (resid 156 through 344 )	A	A	156 - 344	124 - 300
3	3	chain 'A' and (resid 345 through 410 )	A	A	345 - 410	301 - 343
4	4	chain 'B' and (resid 3 through 9 )	B	B	3 - 9	1 - 7
5	5	chain 'B' and (resid 10 through 26 )	B	B	10 - 26	8 - 24
6	6	chain 'B' and (resid 27 through 32 )	B	B	27 - 32	25 - 30
7	7	chain 'B' and (resid 33 through 68 )	B	B	33 - 68	31 - 63
8	8	chain 'B' and (resid 69 through 84 )	B	B	69 - 84	64 - 79
9	9	chain 'B' and (resid 85 through 100 )	B	B	85 - 100	80 - 95
10	10	chain 'B' and (resid 101 through 117 )	B	B	101 - 117	96 - 112
11	11	chain 'C' and (resid 1 through 155 )	C	C	1 - 155	1 - 124
12	12	chain 'C' and (resid 156 through 328 )	C	C	156 - 328	125 - 297
13	13	chain 'C' and (resid 329 through 417 )	C	C	329 - 417	298 - 382
14	14	chain 'D' and (resid 3 through 9 )	D	D	3 - 9	1 - 7
15	15	chain 'D' and (resid 10 through 19 )	D	D	10 - 19	8 - 17
16	16	chain 'D' and (resid 20 through 35 )	D	D	20 - 35	18 - 33
17	17	chain 'D' and (resid 36 through 47 )	D	D	36 - 47	34 - 41
18	18	chain 'D' and (resid 48 through 68 )	D	D	48 - 68	42 - 62
19	19	chain 'D' and (resid 69 through 84 )	D	D	69 - 84	63 - 78
20	20	chain 'D' and (resid 85 through 92 )	D	D	85 - 92	79 - 86
21	21	chain 'D' and (resid 93 through 100 )	D	D	93 - 100	87 - 94
22	22	chain 'D' and (resid 101 through 117 )	D	D	101 - 117	95 - 111

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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