PDB-7sr0: Single chain trimer HLA-A*02:01 (H98L, Y108C) with HPV.16 E7 pept...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sr0

タイトル

Single chain trimer HLA-A*02:01 (H98L, Y108C) with HPV.16 E7 peptide YMLDLQPET

要素

Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera
VHH

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HLA / VHH / HPV / SCT

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host IRF9 activity / symbiont-mediated suppression of host cGAS-STING signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / positive regulation of actin filament polymerization / cadmium ion binding / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / viral process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)

Pongo pygmaeus (オランウータン)

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Finton, K.A.K. / Rupert, P.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: Effects of HLA single chain trimer design on peptide presentation and stability.
著者: Finton, K.A.K. / Rupert, P.B. / Friend, D.J. / Dinca, A. / Lovelace, E.S. / Buerger, M. / Rusnac, D.V. / Foote-McNabb, U. / Chour, W. / Heath, J.R. / Campbell, J.S. / Pierce, R.H. / Strong, R.K.

履歴

登録	2021年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7sr0.ent.gz	320.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7sr0_validation.pdf.gz	474.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sr0_full_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示
XML形式データ	7sr0_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	7sr0_validation.cif.gz	48.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/7sr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/7sr0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7sqpSC 7sr3C 7sr4C 7sr5C 7srkC 7sshC 7st3C 7stgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

B: VHH

C: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

D: VHH

ヘテロ分子

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

B: VHH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
60.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

D: VHH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.713, 117.713, 261.836
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera 分子量: 47672.453 Da / 分子数: 2 / 変異: H98L, Y108C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス), (組換発現) Pongo pygmaeus (オランウータン), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: E7, B2M, HLA-A / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P03129, UniProt: P16213, UniProt: A0A678ZGP6
#2: 抗体	VHH 分子量: 12536.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM HK2PO4, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 59905 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 11 % / B_iso Wilson estimate: 47.54 Å² / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 26.1
反射シェル	解像度: 2.54→2.63 Å / Num. unique obs: 5425 / CC_1/2: 0.856

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.19.1_4122	精密化
PHENIX	1.19.1_4122	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7SQP

7sqp

解像度: 2.54→48.84 Å / SU ML: 0.2673 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8114
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2423	2956	4.94 %
R_work	0.2167	56935	-
obs	0.2179	59891	97.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→48.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7457	0	10	159	7626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0017	7652
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5055	10424
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0393	1118
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	1356
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.7965	1078

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.54-2.58	0.3012	133	0.2873	2301	X-RAY DIFFRACTION	84.81
2.58-2.63	0.3116	124	0.2664	2539	X-RAY DIFFRACTION	92.18
2.63-2.67	0.3331	153	0.2851	2538	X-RAY DIFFRACTION	93.11
2.67-2.72	0.2959	124	0.2785	2600	X-RAY DIFFRACTION	94.52
2.72-2.78	0.2815	129	0.2574	2578	X-RAY DIFFRACTION	94.29
2.78-2.84	0.2687	135	0.2581	2616	X-RAY DIFFRACTION	95.36
2.84-2.91	0.2858	139	0.2626	2643	X-RAY DIFFRACTION	96.13
2.91-2.98	0.3496	135	0.2596	2663	X-RAY DIFFRACTION	96.45
2.98-3.06	0.2751	163	0.2658	2674	X-RAY DIFFRACTION	98.2
3.06-3.15	0.2666	146	0.2411	2725	X-RAY DIFFRACTION	98.46
3.15-3.25	0.2646	139	0.2388	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.25-3.37	0.2882	141	0.2287	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.37-3.5	0.2511	131	0.2287	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.5-3.66	0.2208	165	0.2157	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.66-3.86	0.2166	144	0.2021	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.86-4.1	0.2039	135	0.1889	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.1-4.41	0.1887	156	0.1749	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
4.41-4.86	0.1842	143	0.1614	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
4.86-5.56	0.1978	142	0.1884	2863	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.56-7	0.2895	149	0.2281	2885	X-RAY DIFFRACTION	99.97
7-48.84	0.2548	130	0.2224	3064	X-RAY DIFFRACTION	99.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.05957494244	1.26018053375	0.49148662099	0.979273683284	0.350632707383	0.0203711058681	-0.310255173662	0.321082253071	0.371411057833	-0.0895907930012	0.187458669336	0.149761970089	-0.0249385187352	0.180263137823	-0.00299630136522	0.333749110743	-0.086082735164	-0.0607429051074	0.405428159681	0.0659241687941	0.319859707311	-14.0883268101	31.2711693036	-41.1190465459
2	2.8000113775	1.0073694509	0.42330825645	1.03220074957	0.554697830756	0.92960588096	-0.0143292676966	-0.228084869026	0.147414288678	0.0376799793651	-0.0569291708883	0.06084025674	0.192601064132	-0.0293876923468	-0.00415720379281	0.342229995542	-0.0251558293023	-0.0266427310647	0.334561819894	-0.000601084981095	0.331868128871	-3.63375988423	37.2854138869	-24.1371994602
3	0.357005675474	-0.582457997995	-0.540339508254	0.258957816794	0.247840945329	0.453851085531	-0.759827052576	-0.0701285140567	0.781755684845	0.074257619819	0.581347722079	0.297365658892	-0.848790497625	0.547925244626	-0.0720707950959	0.782525441353	-0.346169669072	-0.442698148603	0.474318406172	0.260977279837	0.873551170046	-11.8637590729	49.994922808	-52.5586768485
4	-0.0101606034995	0.0060488128263	-0.00289074560409	0.000745760845728	-0.029323459102	0.0456107030378	0.168014424541	0.0899621566074	-0.216309308853	0.422924759906	0.000721331313465	-0.0344277512748	0.129974460371	-0.00965296332264	-0.000659642926989	0.404203654745	0.0231315049936	-0.0648519459873	0.560479916893	0.0283063945917	0.421933924387	-40.206173159	15.6482176143	-50.8874052126
5	0.338477457029	0.138723794138	0.0435726067926	0.171594643582	0.112917043994	0.231430960069	-0.0904805097565	0.351208311168	-0.644209860192	-0.0875894517479	0.334231084033	-0.0305200840364	0.109472470816	0.389829754798	0.0377903235162	0.320139280564	-0.0137271000837	-0.0141062422099	0.432869589864	0.0835180115148	0.443277362945	-38.83623473	5.94060357678	-38.0002585623
6	0.412908346356	-0.0488553591655	-0.322350147196	0.107806724185	0.046119647771	0.253981015467	-0.0618726296736	-0.0148399434552	-0.105444260377	0.0193650983909	0.120273239728	-0.180173589658	-0.260481959567	-0.00626445932519	0.0152459016558	0.717867307112	-0.206887551492	-0.211862469584	1.47658794925	0.00513087720403	0.796617052798	-34.2784264361	15.4773926466	-60.7346255004
7	0.174730872123	0.0323660036612	-0.0133411875449	0.479263151597	0.166650515114	0.227063763212	-0.121441684463	-0.0164147355703	0.122977924154	0.170824707028	0.48140374392	-0.213876143967	0.199922590715	0.0429339440341	0.00100258216538	0.328713396403	-0.049035744625	-0.00885471506611	0.373108269213	0.0109291179293	0.312444453544	-30.5184983608	18.1818570663	-41.2313931453
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11	11	chain 'B' and (resid 93 through 100 )	B	B	93 - 100	91 - 98
12	12	chain 'B' and (resid 101 through 117 )	B	B	101 - 117	99 - 115
13	13	chain 'C' and (resid 1 through 155 )	C	C	1 - 155	1 - 121
14	14	chain 'C' and (resid 156 through 340 )	C	C	156 - 340	122 - 306
15	15	chain 'C' and (resid 341 through 417 )	C	C	341 - 417	307 - 383
16	16	chain 'D' and (resid 3 through 9 )	D	D	3 - 9	1 - 7
17	17	chain 'D' and (resid 10 through 19 )	D	D	10 - 19	8 - 17
18	18	chain 'D' and (resid 20 through 26 )	D	D	20 - 26	18 - 24
19	19	chain 'D' and (resid 27 through 32 )	D	D	27 - 32	25 - 30
20	20	chain 'D' and (resid 33 through 41 )	D	D	33 - 41	31 - 39
21	21	chain 'D' and (resid 42 through 65 )	D	D	42 - 65	40 - 61
22	22	chain 'D' and (resid 66 through 74 )	D	D	66 - 74	62 - 70
23	23	chain 'D' and (resid 75 through 84 )	D	D	75 - 84	71 - 80
24	24	chain 'D' and (resid 85 through 92 )	D	D	85 - 92	81 - 88
25	25	chain 'D' and (resid 93 through 100 )	D	D	93 - 100	89 - 96
26	26	chain 'D' and (resid 101 through 111 )	D	D	101 - 111	97 - 107
27	27	chain 'D' and (resid 112 through 117 )	D	D	112 - 117	108 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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