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Yorodumi- PDB-7sr5: Single chain trimer HLA-A*02:01 (Y108C, A163C) with Wilms tumor p... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7sr5 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Single chain trimer HLA-A*02:01 (Y108C, A163C) with Wilms tumor protein peptide RMFPNAPYL | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HLA / VHH / HPV / SCT | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationposterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development ...posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development / Nephron development / glomerular basement membrane development / diaphragm development / sex determination / positive regulation of male gonad development / cellular response to gonadotropin stimulus / gonad development / metanephric mesenchyme development / metanephric S-shaped body morphogenesis / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development / podocyte differentiation / double-stranded methylated DNA binding / cardiac muscle cell fate commitment / hemi-methylated DNA-binding / mesenchymal to epithelial transition / male genitalia development / glomerulus development / camera-type eye development / C2H2 zinc finger domain binding / ureteric bud development / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / germ cell development / vasculogenesis / epithelial cell differentiation / RNA splicing / cellular response to cAMP / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / kidney development / ER to Golgi transport vesicle membrane / negative regulation of cell growth / MHC class I protein complex / positive regulation of miRNA transcription / male gonad development / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / early endosome membrane / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of translation / nuclear speck / immune response / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Finton, K.A.K. / Rupert, P.B. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Front Immunol / Year: 2023Title: Effects of HLA single chain trimer design on peptide presentation and stability. Authors: Finton, K.A.K. / Rupert, P.B. / Friend, D.J. / Dinca, A. / Lovelace, E.S. / Buerger, M. / Rusnac, D.V. / Foote-McNabb, U. / Chour, W. / Heath, J.R. / Campbell, J.S. / Pierce, R.H. / Strong, R.K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7sr5.cif.gz | 461 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7sr5.ent.gz | 313.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7sr5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7sr5_validation.pdf.gz | 459.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7sr5_full_validation.pdf.gz | 464.6 KB | Display | |
| Data in XML | 7sr5_validation.xml.gz | 34.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 7sr5_validation.cif.gz | 48.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/7sr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/7sr5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7sqpC ![]() 7sr0SC ![]() 7sr3C ![]() 7sr4C ![]() 7srkC ![]() 7sshC ![]() 7st3C ![]() 7stgC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 47683.484 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y108C, A163C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human), (gene. exp.) ![]() Gene: WT1, B2M, HLA-A / Production host: Homo sapiens (human)References: UniProt: P19544, UniProt: P16213, UniProt: A0A678ZGP6 #2: Antibody | Mass: 12536.822 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human)#3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.74 Å3/Da / Density % sol: 67.13 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 200 mM NH4Citrate, 14.5% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 17, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. obs: 76503 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 40.97 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.35→2.43 Å / Num. unique obs: 7530 / CC1/2: 0.772 |
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Processing
| Software | Name: PHENIX / Version: 1.19.1_4122 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7SR0 Resolution: 2.35→48.74 Å / SU ML: 0.2797 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.0818 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 49.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→48.74 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation







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