PDB-7sqp: Single chain trimer HLA-A*02:01 (Y108C) with HPV.16 E7 peptide YM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sqp

タイトル

Single chain trimer HLA-A*02:01 (Y108C) with HPV.16 E7 peptide YMLDLQPETTDL

要素

Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera
VHH

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HLA / VHH / HPV / SCT

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host IRF9 activity / symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / positive regulation of actin filament polymerization / cadmium ion binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / viral process / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)

Pongo pygmaeus (オランウータン)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Finton, K.A.K. / Rupert, P.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: Effects of HLA single chain trimer design on peptide presentation and stability.
著者: Finton, K.A.K. / Rupert, P.B. / Friend, D.J. / Dinca, A. / Lovelace, E.S. / Buerger, M. / Rusnac, D.V. / Foote-McNabb, U. / Chour, W. / Heath, J.R. / Campbell, J.S. / Pierce, R.H. / Strong, R.K.

履歴

登録	2021年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7sqp.ent.gz	319.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7sqp_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sqp_full_validation.pdf.gz	464.7 KB	表示
XML形式データ	7sqp_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	7sqp_validation.cif.gz	48 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/7sqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/7sqp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7sr0C 7sr3C 7sr4C 7sr5C 7srkC 7sshC 7st3C 7stgC 1jf1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

B: VHH

C: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

D: VHH

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

B: VHH

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
60.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

D: VHH

登録者が定義した集合体
60.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.979, 117.979, 262.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw

#1: タンパク質	Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera 分子量: 47948.629 Da / 分子数: 2 / 変異: Y108C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス), (組換発現) Pongo pygmaeus (オランウータン), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: E7, B2M, HLA-A / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P03129, UniProt: P16213, UniProt: A0A678ZGP6
#2: 抗体	VHH 分子量: 12536.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.44 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM NH4Citrate, 20.0% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.53→50 Å / Num. obs: 61220 / % possible obs: 97.93 % / 冗長度: 9.3 % / B_iso Wilson estimate: 56.23 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 33.9
反射シェル	解像度: 2.53→2.62 Å / Num. unique obs: 5234 / CC_1/2: 0.997

-
解析

ソフトウェア

名称: CrysalisPro / バージョン: 1.19.1_4122 / 分類: データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JF1

1jf1

解像度: 2.53→48.96 Å / SU ML: 0.3514 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.257
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2601	3089	5.05 %
R_work	0.2387	58084	-
obs	0.2398	61173	97.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.53→48.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7503	0	0	108	7611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	7698
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4868	10497
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0395	1133
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.3037	1089

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.53-2.57	0.3856	96	0.3476	2030	X-RAY DIFFRACTION	76.15
2.57-2.62	0.3581	125	0.3026	2451	X-RAY DIFFRACTION	92.76
2.62-2.66	0.2876	131	0.2931	2504	X-RAY DIFFRACTION	94.95
2.66-2.71	0.3546	158	0.2894	2532	X-RAY DIFFRACTION	96.42
2.71-2.76	0.3497	153	0.2867	2577	X-RAY DIFFRACTION	97.36
2.76-2.82	0.3153	145	0.2886	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.82-2.88	0.284	165	0.299	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.88-2.95	0.377	125	0.3058	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.95-3.02	0.3653	139	0.3241	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.02-3.1	0.3834	132	0.2928	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.1-3.19	0.3068	142	0.2651	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.19-3.3	0.2543	146	0.2611	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.3-3.41	0.2727	136	0.254	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.41-3.55	0.2746	149	0.2552	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.55-3.71	0.2337	129	0.2512	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.91	0.2416	141	0.2161	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.91-4.15	0.2274	138	0.2055	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-4.47	0.2094	151	0.1948	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.47-4.92	0.2093	150	0.1856	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.92-5.63	0.197	132	0.2049	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.63-7.09	0.2507	131	0.2372	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
7.09-48.96	0.2689	175	0.2358	2913	X-RAY DIFFRACTION	98.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.93950675322	-0.910826834539	-0.849038261747	0.844529269381	0.533728880413	0.252383550259	-0.434299046926	-0.473565778578	-0.392856754826	0.199946796578	0.219727875462	0.064822052171	0.0421285535353	0.273657788916	0.16291167631	0.545585399024	0.138998907357	0.0897760795087	0.533195161054	0.132854194468	0.382728721494	-13.630754641	-31.5321084171	-24.1887711126
2	2.93778710689	-0.737830211211	-0.652068543416	1.38644261709	0.325419120852	1.47320937723	-0.138464636436	0.235512389613	-0.308257340516	0.087760459186	0.00347776940194	0.222069327044	-0.187571471155	-0.107149986526	0.100252500355	0.478719579111	0.0243851235607	0.0695294851452	0.436054887605	-0.0110796033354	0.469382369463	-4.38476404069	-37.9897511582	-39.1193994853
3	0.949655946246	0.0533118926847	0.0385752102614	1.22725631412	0.0417379555166	1.51857781275	-0.370251303103	0.47250671113	-0.87839011923	-0.177852215931	-0.0799774024414	0.362693701931	0.934417571022	-0.00856627898751	0.265604210639	0.942507738898	0.316499663009	0.343354732738	0.835777140322	0.150749769942	0.883535565605	-11.8316270182	-49.5521507352	-10.7886647237
4	7.04862877899	-1.16918699942	0.611030866186	3.54168762191	2.37292986234	1.91417174669	-0.0875092404862	-0.350467373455	0.0376012051237	-0.0733237761373	0.395740025116	0.180350398542	0.488327183676	0.060636253788	-0.141936999134	0.597396651229	0.0664551086792	0.0209774457781	0.602053627837	-0.0148276866632	0.393439060882	-40.0716659738	-15.8848539745	-14.496370553
5	1.82003643681	0.859356959854	-0.310666317597	1.94622324654	0.00602673370955	1.84654266624	-0.436598497666	-0.283623833021	1.28837849209	0.131894181322	0.700607356993	0.331637905232	-0.84245751375	0.0966802682003	0.192592601803	0.336759761541	0.0974914572023	-0.0276083150654	0.51954023165	0.157392834785	0.569703836089	-38.7579982784	-5.95401387737	-27.4034255282
6	0.707289068242	-0.35519494069	0.873307771856	0.181473115346	-0.440886005122	1.07522637784	-0.475527530218	-0.574771786354	0.0553478291821	0.634283288189	0.0427540165713	-0.202237414431	0.417550777828	0.115436679465	-0.0797469058327	0.875814947307	0.207224045844	-0.0703679504688	1.57117386506	0.00720092840756	0.893430370565	-33.3179353919	-14.828038743	-3.96217807112
7	2.71392083577	-0.311599708962	-0.391099137833	2.45188309552	-0.948005463226	1.06757643809	-0.287931084105	-0.0957004430468	0.0193753712946	-0.436384852564	0.0998613703663	0.0516606028149	0.246044841338	0.255044163934	0.0289605070446	0.486441858602	0.0632682280013	-0.0135638659554	0.480641240397	0.0289340760608	0.452495905141	-30.5011930699	-18.3408817435	-24.3428952982
8	2.01684512602	0.191097246936	1.40046948001	2.12099064971	-0.719870067111	3.1392258253	0.187272213425	-0.0196094717843	0.671111786356	0.00516103460314	0.249328101664	-0.312245696828	-0.0985452470212	0.536525622852	0.0377336928391	0.493436586674	0.0438234119817	-0.0939370318251	0.564144177387	-0.0281510670663	0.583815792874	-25.2548755656	-8.83825915215	-22.7554191167
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10	2.5523785709	-0.209664403779	0.570191733784	1.31316082702	-0.617242142887	1.2420089735	-0.163753999749	-0.366922559721	0.11397202081	0.0352542189151	0.327623849571	0.269031189141	-0.0535954936978	-0.0359255195977	4.43153584375E-5	0.557417105873	0.139690778637	-0.00871598461656	0.470117924196	0.00332622491725	0.423658975805	-33.1462652969	-16.8427144577	-22.7169988022
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23	1.88429873537	-2.68217363985	-0.744336408466	4.90252098435	0.937231788539	0.403888076038	-0.0796331027268	-0.131500156991	-0.201190821869	0.94769878825	-0.00975959797745	-0.247835508585	-0.138112457325	0.843468289038	-0.0922533790994	0.726532583898	0.0718737952146	0.147546353282	0.60305354552	0.0508699407543	0.688143227936	-30.8028969301	9.51763638934	-27.966388857
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 155 )	A	A	1 - 155	1 - 124
2	2	chain 'A' and (resid 156 through 340 )	A	A	156 - 340	125 - 309
3	3	chain 'A' and (resid 341 through 417 )	A	A	341 - 417	310 - 382
4	4	chain 'B' and (resid 3 through 9 )	B	B	3 - 9	1 - 7
5	5	chain 'B' and (resid 10 through 26 )	B	B	10 - 26	8 - 24
6	6	chain 'B' and (resid 27 through 32 )	B	B	27 - 32	25 - 30
7	7	chain 'B' and (resid 33 through 53 )	B	B	33 - 53	31 - 51
8	8	chain 'B' and (resid 54 through 74 )	B	B	54 - 74	52 - 72
9	9	chain 'B' and (resid 75 through 84 )	B	B	75 - 84	73 - 82
10	10	chain 'B' and (resid 85 through 111 )	B	B	85 - 111	83 - 109
11	11	chain 'B' and (resid 112 through 118 )	B	B	112 - 118	110 - 116
12	12	chain 'C' and (resid 1 through 155 )	C	C	1 - 155	1 - 123
13	13	chain 'C' and (resid 156 through 341 )	C	C	156 - 341	124 - 307
14	14	chain 'C' and (resid 342 through 417 )	C	C	342 - 417	308 - 380
15	15	chain 'D' and (resid 3 through 9 )	D	D	3 - 9	1 - 7
16	16	chain 'D' and (resid 10 through 19 )	D	D	10 - 19	8 - 17
17	17	chain 'D' and (resid 20 through 26 )	D	D	20 - 26	18 - 24
18	18	chain 'D' and (resid 27 through 32 )	D	D	27 - 32	25 - 30
19	19	chain 'D' and (resid 33 through 41 )	D	D	33 - 41	31 - 39
20	20	chain 'D' and (resid 42 through 53 )	D	D	42 - 53	40 - 51
21	21	chain 'D' and (resid 54 through 74 )	D	D	54 - 74	52 - 72
22	22	chain 'D' and (resid 75 through 84 )	D	D	75 - 84	73 - 82
23	23	chain 'D' and (resid 85 through 92 )	D	D	85 - 92	83 - 90
24	24	chain 'D' and (resid 93 through 100 )	D	D	93 - 100	91 - 98
25	25	chain 'D' and (resid 101 through 117 )	D	D	101 - 117	99 - 115

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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