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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sr3
タイトルSingle chain trimer HLA-A*02:01 (H98L, Y108C) with HPV.16 E7 peptide YMLDLQPETTDL
要素
  • Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera
  • VHH
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / VHH / HPV / SCT
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host IRF9 activity / symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / positive regulation of actin filament polymerization / cadmium ion binding / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / viral process / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host IRF9 activity / symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / positive regulation of actin filament polymerization / cadmium ion binding / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / viral process / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / early endosome membrane / DNA-binding transcription factor binding / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / immune response / protein domain specific binding / DNA-binding transcription factor activity / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Papillomavirus E7 / E7 protein, Early protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...Papillomavirus E7 / E7 protein, Early protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Protein E7 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
Pongo pygmaeus (オランウータン)
Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Finton, K.A.K. / Rupert, P.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: Effects of HLA single chain trimer design on peptide presentation and stability.
著者: Finton, K.A.K. / Rupert, P.B. / Friend, D.J. / Dinca, A. / Lovelace, E.S. / Buerger, M. / Rusnac, D.V. / Foote-McNabb, U. / Chour, W. / Heath, J.R. / Campbell, J.S. / Pierce, R.H. / Strong, R.K.
履歴
登録2021年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera
B: VHH
C: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera
D: VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,0774
ポリマ－121,0774
非ポリマー00
水2,432135
1
A: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera
B: VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5392
ポリマ－60,5392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera
D: VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5392
ポリマ－60,5392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.093, 118.093, 262.205
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Protein E7 peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera


分子量: 48001.797 Da / 分子数: 2 / 変異: H98L, Y108C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス), (組換発現) Pongo pygmaeus (オランウータン), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: E7, B2M, HLA-A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P03129, UniProt: P16213, UniProt: A0A678ZGP6
#2: 抗体 VHH


分子量: 12536.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM K2SO4, 17% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 65593 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 38.78 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.49→2.58 Å / Num. unique obs: 6332 / CC1/2: 0.847

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7SQP

7sqp


解像度: 2.49→48.99 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 3215 4.9 %
Rwork0.2249 62378 -
obs0.226 65593 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.85 Å2 / Biso mean: 42.6929 Å2 / Biso min: 17.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→48.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7120 0 0 135 7255
Biso mean---34.71 -
残基数----933
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.49-2.530.30441250.29212504262994
2.53-2.570.27571240.275527152839100
2.57-2.610.2821190.250926872806100
2.61-2.650.31021310.250626602791100
2.65-2.70.33711190.275227052824100
2.7-2.750.25221240.254527072831100
2.75-2.810.2991630.248126532816100
2.81-2.870.30121380.256126802818100
2.87-2.940.28871590.252526782837100
2.94-3.010.31831310.254426912822100
3.01-3.090.2771300.259127112841100
3.09-3.180.27531590.241126812840100
3.18-3.280.25511400.233527022842100
3.28-3.40.26641410.229326982839100
3.4-3.540.24191550.236626912846100
3.54-3.70.2651350.225127382873100
3.7-3.890.20441430.208427052848100
3.89-4.140.19551430.197227222865100
4.14-4.460.20571380.176227532891100
4.46-4.910.18171490.170927752924100
4.91-5.610.22011440.199827732917100
5.62-7.070.26321510.234928052956100
7.07-48.990.27711540.24392944309898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20390.1864-0.05320.27610.07560.03510.01920.0230.12690.0516-0.09490.23670.09620.0437-0.00110.3123-0.04990.00310.2184-0.02420.2734-30.839411.641241.6451
20.28670.10960.03270.40980.23520.3189-0.1293-0.04630.0098-0.2201-0.04710.14730.00180.1256-0.03790.2972-0.0358-0.07250.2125-0.0130.2799-37.70371.451225.2234
30.0538-0.06450.05440.054-0.10570.110.1735-0.18490.3480.0512-0.14850.44590.121-0.12430.01380.2325-0.06780.4710.2554-0.4270.5048-47.56157.803653.0714
40.0031-0.0053-0.00170.0059-0.00060.0015-0.00570.01430.026-0.0055-0.0223-0.0617-0.0293-0.0173-0.00010.4057-0.02490.06360.3132-0.10580.434-14.102437.907350.1983
50.00040.0048-0.00110.00390.00430.00220.02060.0760.0179-0.0141-0.0272-0.05530.0025-0.0059-00.30110.04580.05610.30840.01840.3279-5.13337.708529.5933
60.00050.0031-0.00110.0037-0.00290.00830.0474-0.05090.00670.103-0.13140.02430.07490.03390.00030.3742-0.05590.04220.3598-0.02550.3991-6.66435.028543.6679
7-0.00010.00140.00160.01120.00720.00330.0092-0.0220.00610.0345-0.00620.0209-0.1008-0.0393-00.4-0.107-0.01710.39250.01590.1764-13.397429.502257.3454
80.00560.0040.00230.0031-0.00090.00170.0365-0.03390.0597-0.0115-0.02030.0745-0.01850.04740.00010.289-0.00340.04360.32880.03690.2395-15.935729.980440.847
90.01190.01590.00270.0140.0020.00110.1479-0.0422-0.0829-0.07680.01210.11570.05950.0083-0.00010.3057-0.0002-0.00060.24740.02370.2665-14.154823.470440.7385
10-0.00210.0025-0.00060.0028-0.00230.00180.0552-0.0974-0.1015-0.0237-0.0722-0.1025-0.05470.07780.00010.3883-0.00180.03920.3080.01930.3013-6.071725.340439.3728
110.0006-0.00110.0038-0.00030.00150.00560.0074-0.06560.00120.07390.04080.02030.0380.04180.00010.342-0.01060.03120.3261-0.05950.3071-5.052230.665247.091
120.0001-0.0003-0.00120.0080.00380.00260.02420.0077-0.0605-0.01170.0214-0.02450.08550.0510.00010.33960.0011-0.0110.32580.03210.3043-9.395930.87927.9095
130.00190.0021-0.00010.0026-0.00330.00570.0230.01730.0813-0.0011-0.0605-0.0058-0.0523-0.02360.00010.2169-0.00480.02580.2572-0.01940.2449-16.831732.198542.445
140.021-0.0167-0.00120.00470.00050.00850.1358-0.00020.22270.108-0.04860.11870.0677-0.0486-0.00010.4102-0.0590.06670.36720.01060.3347-20.475930.075651.8269
150.0054-0.0041-0.01140.00450.00310.0292-0.03680.00890.0370.0029-0.01420.0234-0.0079-0.043700.31610.00290.01380.24440.01590.2455-11.870738.67131.2314
160.1034-0.23310.01050.2466-0.00020.01740.09820.01470.1442-0.232-0.1846-0.2820.22180.1022-0.00210.40870.10010.03310.29410.02070.2569-87.541613.365624.4414
170.0763-0.14150.05330.1205-0.10040.02640.06420.02130.0722-0.1705-0.063-0.05340.0644-0.118200.31260.03850.0210.30380.0230.2935-87.21187.169430.921
180.1437-0.21450.13550.3235-0.24060.2068-0.03750.01020.06230.0799-0.0249-0.2236-0.0239-0.1388-00.33040.0657-0.03630.2389-0.00790.3022-77.53593.995443.4782
190.0584-0.01060.0185-0.0073-0.00730.00620.01820.17780.2295-0.0594-0.335-0.45190.16730.253-0.25430.33730.73970.22810.09440.71210.6443-69.94589.20213.8352
200.0097-0.0059-0.01530.00190.00830.0177-0.024-0.02720.0109-0.035-0.00730.0017-0.01780.0288-0.00010.43850.01150.07920.43080.01020.448-102.304840.173914.5783
21-00.0016-0.0010.00210.00010.00160.0231-0.05640.00690.00430.02140.06650.0248-0.073600.39460.00260.11080.2810.02750.3866-113.757740.113234.0711
220.00170.0023-0.00130.0018-0.00420.01230.04480.0608-0.0291-0.09890.02410.0610.0149-0.0050.00010.39230.08520.05060.3140.0640.2541-110.229437.455920.0509
230.00180.00250.00250.03370.01460.0078-0.01210.008-0.02270.0044-0.0101-0.0067-0.01570.01210.00010.96290.07780.03650.56850.16840.7215-102.620434.30324.7366
240.0097-0.02990.02090.0249-0.01540.00340.1248-0.0119-0.0254-0.0283-0.04240.0081-0.0368-0.1257-00.22650.04420.00810.21370.00680.2019-100.204830.282523.6664
250.00360.0122-0.00790.0155-0.00410.00760.15250.0695-0.1214-0.03130.04740.19110.07370.01190.00010.416-0.0104-0.00870.3211-0.01240.3261-108.980525.11423.43
260.0004-0.00570.00190.0061-0.00180.0001-0.04610.09120.04820.01190.03360.1769-0.01550.0092-0.00010.3562-0.00210.00260.31350.00680.3675-111.957933.090616.1885
270.0128-0.0008-0.00230.01620.01620.00180.11530.0171-0.03290.1028-0.17670.07340.00610.0196-00.27580.03580.03170.2436-0.02530.2227-104.900333.897529.2633
280.0140.0068-0.00190.0044-0.00270.00810.12140.05850.1937-0.1976-0.0389-0.08680.06620.021-00.45420.08160.04220.40250.01230.2773-95.961732.219513.6317
290.00680.0037-0.0081-0.0003-0.00260.0110.004-0.00430.00850.0363-0.00720.0283-0.00440.0157-00.3476-0.0120.06680.2517-0.03080.2594-106.668441.027133.1752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 155 )A1 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 156 through 328 )A156 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 329 through 416 )A329 - 416
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 9 )B3 - 9
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 10 through 19 )B10 - 19
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 20 through 26 )B20 - 26
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 27 through 35 )B27 - 35
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 36 through 41 )B36 - 41
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 45 through 65 )B45 - 65
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 66 through 73 )B66 - 73
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 74 through 84 )B74 - 84
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 85 through 92 )B85 - 92
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 93 through 100 )B93 - 100
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 101 through 111 )B101 - 111
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 112 through 117 )B112 - 117
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 107 )C1 - 107
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 108 through 199 )C108 - 199
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 200 through 328 )C200 - 328
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 329 through 416 )C329 - 416
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 3 through 9 )D3 - 9
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 10 through 19 )D10 - 19
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 20 through 26 )D20 - 26
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 27 through 32 )D27 - 32
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 33 through 53 )D33 - 53
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 54 through 73 )D54 - 73
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 74 through 84 )D74 - 84
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 85 through 100 )D85 - 100
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 101 through 111 )D101 - 111
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 112 through 117 )D112 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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