PDB-7spo: Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7spo

タイトル

Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with VNAR 3B4

要素

Spike protein S1
VNAR 3B4

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) /

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

Squalus acanthias (アブラツノザメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihara, H.

資金援助

米国,

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanisms of SARS-CoV-2 neutralization by shark variable new antigen receptors elucidated through X-ray crystallography.
著者: Ubah, O.C. / Lake, E.W. / Gunaratne, G.S. / Gallant, J.P. / Fernie, M. / Robertson, A.J. / Marchant, J.S. / Bold, T.D. / Langlois, R.A. / Matchett, W.E. / Thiede, J.M. / Shi, K. / Yin, L. / ...

履歴

登録	2021年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7spo.cif.gz	468.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7spo.ent.gz	324.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7spo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/7spo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/7spo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sppC 4hgkS 6ym0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ta4-d 2oep-d 2oe2-d 1pr3-d 3u34-5 2hog-d 7sdp-1 7sgc-d 5nqz-2 6fqa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Spike protein S1

B: Spike protein S1

C: VNAR 3B4

D: VNAR 3B4

ヘテロ分子

80.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Spike protein S1

C: VNAR 3B4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Spike protein S1

D: VNAR 3B4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.144, 90.740, 122.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 444 through 527 or resid 601))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 444 through 527 or resid 603))
d_1	ens_2	(chain "C" and (resid 21 through 58 or resid 65 through 83 or resid 85 through 134))
d_2	ens_2	(chain "D" and (resid 21 through 58 or resid 65 through 83 or resid 85 through 134))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	LYS	PRO	A	111 - 194
d_1	2	ens_1	EDO	EDO	B
d_2	1	ens_1	LYS	PRO	F	111 - 194
d_2	2	ens_1	EDO	EDO	I
d_1	1	ens_2	SER	LYS	L	1 - 38
d_1	2	ens_2	TRP	LYS	L	45 - 63
d_1	3	ens_2	PHE	VAL	L	65 - 114
d_2	1	ens_2	SER	LYS	N	1 - 38
d_2	2	ens_2	TRP	LYS	N	44 - 62
d_2	3	ens_2	PHE	VAL	N	64 - 113

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

#1: タンパク質

Spike protein S1

分子量: 24003.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

#2: タンパク質

VNAR 3B4

分子量: 15607.319 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Squalus acanthias (アブラツノザメ)
発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル /

エチレングリコール

分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.92→81.14 Å / Num. obs: 69770 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 47.87 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 19.6 / Num. measured all: 465377

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.92-1.96	6.9	1.981	30677	4443	0.529	0.804	2.14	1	99.9
9.21-81.14	6.1	0.022	4461	735	0.995	0.01	0.024	65.4	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20rc3_4406	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YM0,4HGK

6ym0

4hgk

解像度: 1.92→72.96 Å / SU ML: 0.2496 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.1463
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2263	3510	5.04 %
R_work	0.1904	66157	-
obs	0.1921	69667	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→72.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4900	0	104	247	5251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0103	5137
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9111	6964
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0606	763
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	891
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6436	1846

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.847146118285
ens_2	d_2	L	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.556800428732

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.95	0.3683	150	0.3499	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.95-1.97	0.3386	175	0.315	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.97-2	0.3187	127	0.2854	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2-2.03	0.3022	151	0.2634	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.03-2.07	0.2705	139	0.2586	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.07-2.1	0.3107	136	0.2696	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.1-2.14	0.3422	136	0.2776	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.14-2.18	0.3204	132	0.2738	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.18-2.23	0.2749	127	0.2348	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.23-2.28	0.2968	143	0.2529	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.28-2.33	0.268	144	0.2303	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.33-2.39	0.2236	133	0.2183	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.39-2.45	0.252	137	0.2038	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.45-2.52	0.2989	128	0.2114	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.52-2.61	0.2602	149	0.2244	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.61-2.7	0.2733	140	0.2288	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.7-2.81	0.2479	138	0.2565	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.81-2.93	0.2943	131	0.239	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.93-3.09	0.2489	153	0.2132	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.09-3.28	0.2534	138	0.2031	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.28-3.54	0.1999	161	0.2023	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.54-3.89	0.2213	121	0.1721	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.89-4.46	0.1734	127	0.1337	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.46-5.61	0.1677	135	0.1357	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.61-72.96	0.2018	159	0.1772	2844	X-RAY DIFFRACTION	99.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.07170777891	0.550227016003	1.96160505167	3.33142029655	3.78265968111	9.01254784022	-0.141443582467	0.191661910138	0.135322939625	0.278122702694	-0.0143440132886	-0.131366199356	-0.939172926839	0.479356070964	0.229455178896	0.664779289414	-0.162572147063	-0.0623684579791	0.317486046676	0.00997955464001	0.496697332897	7.40897280581	-31.0942453054	5.38495140975
2	6.36795229798	0.390104378263	1.66966318682	2.55379595403	-1.52625114022	3.28082459679	0.161796421234	-0.740375068818	-0.0859864578809	0.57037498863	-0.160288774958	-0.048292837011	-0.486113580423	0.066353321817	-0.00446247415645	0.638327758226	-0.0729143220566	-0.0768443051393	0.413826927721	0.0326764548068	0.431560871775	6.01763097399	-40.7446305812	17.3667681747
3	3.91720903835	0.223143682191	0.722981408327	1.62370770862	-0.637559895264	3.4429563539	-0.0475454582154	0.23085071921	-0.262513151289	0.0542402207858	0.117798090746	-0.113033171087	-0.149701085313	0.183249507816	-0.0691834411887	0.437062964461	-0.0242390730496	-0.00127836590236	0.277989603605	-0.0315915711368	0.422369683756	0.914878328214	-40.6486730684	-1.95398282896
4	0.388065003956	0.0204723983231	-1.1037873088	1.3313053831	-3.10152709516	8.91596621207	-0.196699792483	0.631609855318	-0.352358822225	-0.351914349983	0.18676910274	-0.253827079618	0.514931032619	-0.0799684025183	-0.0141885415278	0.41183169004	-0.161109774005	0.0169729452443	0.605212701482	-0.100580154734	0.474311156557	6.33360272938	-41.8006910746	-19.0688623211
5	3.67736606413	-1.17680581618	1.97616055019	0.773394271283	-0.684381050089	2.56226222234	0.00962646175655	-0.111202837095	0.0144672027858	0.242800301442	-0.0574026034412	-0.0951523344979	-0.416435180293	0.105254625997	0.0841923142897	0.547479164574	-0.0772183495627	-0.0354854576188	0.333200860193	0.0543263951637	0.503072529202	3.57565807309	-38.3464714827	7.01806327951
6	3.13895495744	0.973669745678	3.33640400555	2.6191407263	0.284294462641	3.64937813285	-0.12254821011	0.205270838551	0.0818624629721	-0.0487804174249	-0.238284174825	0.578306746004	-0.369785629935	-1.01339055892	0.44846992688	0.310249681492	0.022440194399	-0.0319733719425	0.8361525177	-0.104422133849	0.46418327623	2.66284874889	-24.1902882234	-34.1572860714
7	1.71825640562	0.521913447816	-0.864517313287	4.9542429081	2.02034607968	4.9431067052	0.0318973165679	0.24760759519	-0.0866935993191	-0.552405173847	-0.150975852393	0.0135332202684	-0.0128366406015	-0.817935464569	0.13324179307	0.354006936157	0.0517460978136	-0.023870459533	0.602831579546	-0.0188838542865	0.369969624492	11.8751644431	-25.3605001016	-40.5603246267
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 334 through 358 )	A	A	334 - 358	1 - 25
2	2	chain 'A' and (resid 359 through 393 )	A	A	359 - 393	26 - 60
3	3	chain 'A' and (resid 394 through 459 )	A	A	394 - 459	61 - 126
4	4	chain 'A' and (resid 460 through 494 )	A	A	460 - 494	127 - 161
5	5	chain 'A' and (resid 495 through 529 )	A	A	495 - 529	162 - 196
6	6	chain 'B' and (resid 334 through 353 )	B	F	334 - 353	1 - 20
7	7	chain 'B' and (resid 354 through 409 )	B	F	354 - 409	21 - 76
8	8	chain 'B' and (resid 410 through 421 )	B	F	410 - 421	77 - 88
9	9	chain 'B' and (resid 422 through 459 )	B	F	422 - 459	89 - 126
10	10	chain 'B' and (resid 460 through 469 )	B	F	460 - 469	127 - 136
11	11	chain 'B' and (resid 470 through 494 )	B	F	470 - 494	137 - 161
12	12	chain 'B' and (resid 495 through 528 )	B	F	495 - 528	162 - 195
13	13	chain 'C' and (resid 21 through 51 )	C	L	21 - 51	1 - 31
14	14	chain 'C' and (resid 52 through 58 )	C	L	52 - 58	32 - 38
15	15	chain 'C' and (resid 59 through 89 )	C	L	59 - 89	39 - 69
16	16	chain 'C' and (resid 90 through 115 )	C	L	90 - 115	70 - 95
17	17	chain 'C' and (resid 116 through 138 )	C	L	116 - 138	96 - 118
18	18	chain 'D' and (resid 21 through 58 )	D	N	21 - 58	1 - 38
19	19	chain 'D' and (resid 59 through 89 )	D	N	59 - 89	39 - 68
20	20	chain 'D' and (resid 90 through 136 )	D	N	90 - 136	69 - 115

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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