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- PDB-6fqa: Crystal structure of the CsuC-CsuA/B chaperone-subunit preassembl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fqa
タイトルCrystal structure of the CsuC-CsuA/B chaperone-subunit preassembly complex of the archaic chaperone-usher Csu pili of Acinetobacter baumannii
要素
  • CsuA/B,CsuA/B
  • CsuC
キーワードCELL ADHESION / Ig-like fold / beta sandwich / donor-strand complementation
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / Spore coat protein U / Spore Coat Protein U domain / Spore Coat Protein U domain / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...: / Spore coat protein U / Spore Coat Protein U domain / Spore Coat Protein U domain / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Parilova, O. / Pakharukova, N.A. / Malmi, H. / Tuitilla, M. / Paavilainen, S. / Zavialov, A.V.
資金援助 フィンランド, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland273075 フィンランド
Juselius Foundation フィンランド
Magnus Ehrnrooth foundation フィンランド
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Archaic and alternative chaperones preserve pilin folding energy by providing incomplete structural information.
著者: Pakharukova, N. / McKenna, S. / Tuittila, M. / Paavilainen, S. / Malmi, H. / Xu, Y. / Parilova, O. / Matthews, S. / Zavialov, A.V.
履歴
登録2018年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CsuC
B: CsuA/B,CsuA/B
C: CsuC
D: CsuA/B,CsuA/B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8704
ポリマ－85,8704
非ポリマー00
水00
1
A: CsuC
B: CsuA/B,CsuA/B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9352
ポリマ－42,9352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
2
C: CsuC
D: CsuA/B,CsuA/B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9352
ポリマ－42,9352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.379, 94.379, 390.745
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resid 8 through 33 or resid 35...
21(chain D and (resid 8 through 18 or resid 29...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain B and (resid 8 through 33 or resid 35...B8 - 33
121(chain B and (resid 8 through 33 or resid 35...B35 - 49
131(chain B and (resid 8 through 33 or resid 35...B55 - 85
141(chain B and (resid 8 through 33 or resid 35...B89 - 132
151(chain B and (resid 8 through 33 or resid 35...B136 - 152
211(chain D and (resid 8 through 18 or resid 29...D8 - 18
221(chain D and (resid 8 through 18 or resid 29...D29 - 33
231(chain D and (resid 8 through 18 or resid 29...D35 - 129
241(chain D and (resid 8 through 18 or resid 29...D132
251(chain D and (resid 8 through 18 or resid 29...D136 - 138
261(chain D and (resid 8 through 18 or resid 29...D140 - 152

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要素

#1: タンパク質 CsuC


分子量: 27004.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: csuC / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q6XBY4
#2: タンパク質 CsuA/B,CsuA/B


分子量: 15930.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: csuA/B / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q6XBY7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium malonate, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→390.745 Å / Num. all: 24880 / Num. obs: 24880 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 56.29 Å2 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.167 / Rsym value: 0.157 / Net I/av σ(I): 4.6 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 195696
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.85-36.40.8660.92267235460.3640.9430.866299.5
3-3.198.50.5991.32859033710.2150.6380.5993.799.6
3.19-3.418.30.4111.82648331860.1490.4380.4115.499.5
3.41-3.688.10.24432391929610.0890.2610.2448.599.5
3.68-4.038.40.1784.22292327360.0640.1890.17811.499.2
4.03-4.517.90.1066.71994825140.0390.1140.10616.599.1
4.51-5.28.20.0818.81830422210.0290.0870.08121.198.9
5.2-6.377.80.0957.71481419080.0350.1010.0951898.7
6.37-9.017.60.071101154615110.0270.0760.0712298.3
9.01-46.84970.0414.764979260.0150.0430.0435.797.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FQ0

6fq0


解像度: 2.85→47.189 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2615 1310 5.27 %
Rwork0.1968 23567 -
obs0.2002 24877 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.11 Å2 / Biso mean: 58.7062 Å2 / Biso min: 17.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→47.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5499 0 0 0 5499
残基数----716
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B998X-RAY DIFFRACTION15.175TORSIONAL
12D998X-RAY DIFFRACTION15.175TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8501-2.96420.42211420.32782560270299
2.9642-3.0990.33691490.26682536268599
3.099-3.26240.30291390.23552592273199
3.2624-3.46670.311490.24072558270799
3.4667-3.73430.25331450.19752600274599
3.7343-4.10990.24281640.17872587275199
4.1099-4.70410.22041400.14772611275198
4.7041-5.92490.21311460.15812665281198
5.9249-47.19590.25711360.19862858299497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30270.15320.09130.85130.05480.73190.0461-0.0202-0.0122-0.0059-0.07540.1098-0.0102-0.0566-00.1916-0.07630.0080.2614-0.08920.327726.9972-27.8772-25.0894
20.31590.0111-0.01161.18750.05140.6463-0.036-0.03590.01660.0219-0.1286-0.0971-0.1334-0.0118-0.0020.2887-0.05040.00890.2337-0.07690.21430.9815-6.2412-23.7392
31.4851-0.18040.83472.16690.03050.9781-0.05410.37790.40710.8062-0.2184-0.1698-0.30910.533-0.32080.6198-0.23220.1395-0.0613-0.36810.044528.417-21.6159-2.1994
40.3142-0.47560.15440.7784-0.17030.4972-0.0028-0.0070.0525-0.0446-0.0266-0.03710.04520.1393-0.00010.19830.0889-0.02210.2778-0.00370.264664.7773-27.43823.7432
50.1661-0.48440.15030.66940.11560.47560.0093-0.04460.1315-0.06880.0217-0.0633-0.1533-0.03140.01810.27070.054-0.02230.20050.03310.26560.876-5.726421.472
61.0284-0.13630.57910.6088-0.15460.7684-0.03860.02350.1628-0.21140.16070.12290.3635-0.04330.0010.40220.02-0.03890.29690.03520.2359.4667-23.1865-0.1832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 96 )A1 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 108 through 239 )A108 - 239
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 6 through 152 )B6 - 152
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1 through 96 )C1 - 96
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 108 through 239 )C108 - 239
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 8 through 152)D8 - 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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