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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7slz | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH BPF023596 | ||||||
![]() | Glucose-induced degradation protein 4 homolog | ||||||
![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / Pro/N-degron / protein degradation / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | ![]() protein catabolic process in the vacuole / GID complex / protein targeting to vacuole / negative regulation of gluconeogenesis / ubiquitin ligase complex / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Song, X. / Dong, A. / Calabrese, M. / Wang, F. / Owen, D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH BPF023596 Authors: Song, X. / Dong, A. / Calabrese, M. / Wang, F. / Owen, D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 59.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 768.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 768.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 10.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6wzzS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19604.777 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-9QU / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.37 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 35% PEG 3350, 0.2M CaAC |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 4, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.97→50 Å / Num. obs: 12410 / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 44.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.816 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 179104 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6wzz Resolution: 1.97→39.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.179 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.189 / SU Rfree Blow DPI: 0.165 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.161
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Displacement parameters | Biso max: 125.12 Å2 / Biso mean: 51.01 Å2 / Biso min: 29.92 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.97→39.49 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -6.4701 Å / Origin y: 7.6964 Å / Origin z: 13.299 Å
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Refinement TLS group | Selection details: { A|* } |