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万見
- PDB-7siu: Crystal structure of HPK1 (MAP4K1) complex with inhibitor A-745 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7siu
タイトルCrystal structure of HPK1 (MAP4K1) complex with inhibitor A-745
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Transferase / Protein Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9ID / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.786 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Korepanova, A. / Qiu, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: The HPK1 Inhibitor A-745 Verifies the Potential of Modulating T Cell Kinase Signaling for Immunotherapy.
著者: Malchow, S. / Korepanova, A. / Panchal, S.C. / McClure, R.A. / Longenecker, K.L. / Qiu, W. / Zhao, H. / Cheng, M. / Guo, J. / Klinge, K.L. / Trusk, P. / Pratt, S.D. / Li, T. / Kurnick, M.D. / ...著者: Malchow, S. / Korepanova, A. / Panchal, S.C. / McClure, R.A. / Longenecker, K.L. / Qiu, W. / Zhao, H. / Cheng, M. / Guo, J. / Klinge, K.L. / Trusk, P. / Pratt, S.D. / Li, T. / Kurnick, M.D. / Duan, L. / Shoemaker, A.R. / Gopalakrishnan, S.M. / Warder, S.E. / Shotwell, J.B. / Lai, A. / Sun, C. / Osuma, A.T. / Pappano, W.N.
履歴
登録2021年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3195
ポリマ－69,3882
非ポリマー9313
水12,683704
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area27150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.370, 69.370, 323.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 34693.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1 / 細胞株 (発現宿主): HEK (293-6E) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-9ID / 6-[(5R)-5-benzamidocyclohex-1-en-1-yl]-3-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)amino]pyrazine-2-carboxamide


分子量: 417.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG1000, 100 mM Li2SO4, 100 mM Sodium Citrate, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.786→80.9 Å / Num. obs: 75564 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 26.27 Å2 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.787→1.817 Å / Num. unique obs: 3293 / Rpim(I) all: 0.405

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.7 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ggf

3ggf


解像度: 1.786→80.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.115 / SU Rfree Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.097
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2054 3744 4.95 %RANDOM
Rwork0.1857 ---
obs0.1867 75564 98.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 88.65 Å2 / Biso mean: 29.2 Å2 / Biso min: 12.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7366 Å20 Å20 Å2
2---1.7366 Å20 Å2
3---3.4732 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.786→80.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4541 0 67 704 5312
Biso mean--27.31 42.28 -
残基数----579
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1639SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes825HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4712HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion596SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4630SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4712HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6382HARMONIC20.88
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.04
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.8 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 81 5.36 %
Rwork0.2347 1431 -
all0.2354 1512 -
obs--85.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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