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- PDB-2j90: Crystal structure of human ZIP kinase in complex with a tetracycl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j90
タイトルCrystal structure of human ZIP kinase in complex with a tetracyclic pyridone inhibitor (Pyridone 6)
要素DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 3
キーワードTRANSFERASE / NUCLEAR PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE- PROTEIN KINASE / CHROMATIN REGULATOR / MYOSIN PHOSPHORYLATION / KINASE / MUSCLE / APOPTOSIS / ATP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myosin II filament organization / leucine zipper domain binding / cAMP response element binding protein binding / regulation of smooth muscle contraction / regulation of cell motility / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / regulation of focal adhesion assembly / regulation of mitotic nuclear division / chromosome, centromeric region / regulation of mitotic cell cycle ...regulation of myosin II filament organization / leucine zipper domain binding / cAMP response element binding protein binding / regulation of smooth muscle contraction / regulation of cell motility / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / regulation of focal adhesion assembly / regulation of mitotic nuclear division / chromosome, centromeric region / regulation of mitotic cell cycle / regulation of actin cytoskeleton organization / apoptotic signaling pathway / PML body / small GTPase binding / cellular response to type II interferon / spindle / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell shape / midbody / protein autophosphorylation / regulation of apoptotic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / regulation of autophagy / negative regulation of translation / intracellular signal transduction / cilium / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAPK3, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...DAPK3, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IZA / PHOSPHATE ION / Death-associated protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Turnbull, A.P. / Berridge, G. / Fedorov, O. / Pike, A.C.W. / Savitsky, P. / Eswaran, J. / Papagrigoriou, E. / Ugochukwa, E. / von Delft, F. / Gileadi, O. ...Turnbull, A.P. / Berridge, G. / Fedorov, O. / Pike, A.C.W. / Savitsky, P. / Eswaran, J. / Papagrigoriou, E. / Ugochukwa, E. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Activation Segment Dimerization: A Mechanism for Kinase Autophosphorylation of Non-Consensus Sites.
著者: Pike, A.C.W. / Rellos, P. / Niesen, F.H. / Turnbull, A. / Oliver, A.W. / Parker, S.A. / Turk, B.E. / Pearl, L.H. / Knapp, S.
履歴
登録2006年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 3
B: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,32410
ポリマ－70,3532
非ポリマー9718
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.765, 95.765, 150.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.92836, -0.31836, -0.19183), (-0.35011, 0.57573, 0.73889), (-0.12479, 0.75312, -0.64594)
ベクター: 76.86736, 18.85642, -7.42233)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 3 / DAP KINASE 3 / DAP-LIKE KINASE / DLK / ZIP KINASE


分子量: 35176.742 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 9-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DIPHOSPHORYLATED FORM (SER50 AND THR265) / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: O43293, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 335分子

#2: 化合物 ChemComp-IZA / 2-TERT-BUTYL-9-FLUORO-3,6-DIHYDRO-7H-BENZ[H]-IMIDAZ[4,5-F]ISOQUINOLINE-7-ONE / 2-(1,1-DIMETHYLETHYL)9-FLUORO-3,6-DIHYDRO-7H-BENZ[H]-IMIDAZ[4,5-F]ISOQUINOLIN-7-ONE / ピリドン6


分子量: 309.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16FN3O
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 30% PEG 1000 0.1M SPG BUFFER PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 48089 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1YRP, 1JKT, 1JKS, 1WVX

1yrp

1jkt

1jks

1wvx


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 6.201 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2433 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 45599 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å20 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4189 0 65 327 4581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224388
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.9875937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2393.0017224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1695530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91224.307202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.70515.039771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2021526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02876
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.22945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.22111
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.22229
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2940.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.74232779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55654281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.99872028
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.859111656
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.263 171
Rwork0.226 3308
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.84440.2630.54482.67510.16973.8177-0.0549-0.3050.26430.1314-0.01320.0784-0.1250.16840.0681-0.06650.0195-0.0268-0.1668-0.0342-0.128230.586815.703618.499
21.39750.10630.68532.071.03761.8439-0.0128-0.2332-0.06840.2571-0.16230.35460.1935-0.35990.1751-0.1133-0.01110.0414-0.0992-0.0144-0.098618.52363.07311.0635
35.4382-0.4945-5.36120.46750.5646.57070.08520.54270.1128-0.02290.0230.0538-0.2829-0.3901-0.1082-0.1389-0.0291-0.0313-0.1433-0.0028-0.149233.63336.1817-4.6112
42.50730.8153-0.63612.8512-0.48422.09010.0004-0.0012-0.2544-0.06260.01340.13780.1535-0.0453-0.0137-0.1069-0.03820.007-0.1863-0.0403-0.131723.8525-11.6728-0.9821
56.7564-0.91290.77280.88710.51552.6472-0.10690.27790.6155-0.18880.11860.3499-0.5007-0.566-0.01170.15790.1665-0.00030.1520.0330.165638.86728.0862-13.2191
63.72-0.54210.1132.94340.0532.73160.04830.2020.7105-0.12210.023-0.2203-0.5559-0.0323-0.0713-0.0524-0.0249-0.01-0.07180.02940.014955.423221.9714-12.9204
73.0824-0.8751.61952.35982.66695.4807-0.0759-0.03540.3366-0.1187-0.0886-0.5283-0.41560.30140.1645-0.0470.00250.0113-0.02250.0017-0.050536.4176-2.41624.5751
83.35540.63640.58682.42420.40761.2661-0.02270.4643-0.1838-0.19830.0579-0.36910.02830.2986-0.0352-0.1547-0.03040.027-0.0153-0.0387-0.076358.86883.7799-18.954
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2A72 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3A156 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4A191 - 278
5X-RAY DIFFRACTION5B12 - 66
6X-RAY DIFFRACTION6B67 - 168
7X-RAY DIFFRACTION7B169 - 190
8X-RAY DIFFRACTION8B191 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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