PDB-2j8x: Epstein-Barr virus uracil-DNA glycosylase in complex with Ugi fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j8x

タイトル

Epstein-Barr virus uracil-DNA glycosylase in complex with Ugi from PBS-2

要素

URACIL-DNA GLYCOSYLASE
URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / EBV / DNA REPAIR / LYTIC PROTEIN / EPSTEIN-BARR VIRUS / URACIL- DNA GLYCOSYLASE / HYDROLASE / URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

EPSTEIN-BARR VIRUS (ヘルペスウイルス)

BACILLUS PHAGE PBS2 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Geoui, T. / Buisson, M. / Tarbouriech, N. / Burmeister, W.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: New Insights on the Role of the Gamma-Herpesvirus Uracil-DNA Glycosylase Leucine Loop Revealed by the Structure of the Epstein-Barr Virus Enzyme in Complex with an Inhibitor Protein.
著者: Geoui, T. / Buisson, M. / Tarbouriech, N. / Burmeister, W.P.

履歴

登録	2006年10月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j8x.cif.gz	142.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j8x.ent.gz	112.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/2j8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/2j8x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lqmS 1eui 1lqg 1udi 1ugh 1ugi 1uug 2ugi 2uug S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ugh-d 2nom-1 4lyl-1 1udi-d 1dgp-2 1lqm-4 2q0n-d 2dns-3 5jgw-4 4xg3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE

B: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR

C: URACIL-DNA GLYCOSYLASE

D: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR

ヘテロ分子

70.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE

B: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: URACIL-DNA GLYCOSYLASE

D: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.406, 82.942, 269.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.896536, -0.04962, -0.440184), (0.141372, -0.909691, 0.390482), (-0.419807, -0.412311, -0.808555)	34.376, 8.332, 193.96
2	given	(0.881249, -0.07454, -0.466737), (0.145511, -0.896739, 0.417953), (-0.449696, -0.436236, -0.779404)	38.474, 4.517, 191.553

#1: タンパク質	URACIL-DNA GLYCOSYLASE 分子量: 25758.666 Da / 分子数: 2 / 断片: URACIL-DNA GLYCOSYLASE DOMAIN, RESIDUES 25-255 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) EPSTEIN-BARR VIRUS (ヘルペスウイルス) 株: B95-8 / プラスミド: PPROEXHTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q777D9, UniProt: P12888*PLUS, uridine nucleosidase
#2: タンパク質	URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR 分子量: 9482.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS PHAGE PBS2 (ファージ) / 株: PBS-2 / プラスミド: PRSETB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14739
#3: 化合物	ChemComp-URE / UREA / 尿素分子量: 60.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄N₂O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % 解説: E.COLI UNG-UGI COMPLEX USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT.
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD. PROTEIN IN 100 MM NACL, 20 MM TRIS-HCL PH 7.5 AND 10 MM DTT AT 30 TO 50 MG/ML. RESERVOIR SOLUTION OF 20% PEG 3350 AND 0.05 M NH4CL.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月20日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: CHANNEL-CUT SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→67.3 Å / Num. obs: 29123 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.81 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.84 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LQM

1lqm

解像度: 2.3→49.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 13.563 / SU ML: 0.181 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	1482	5.1 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.196	27583	92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4910	0	8	389	5307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.022	5032
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.829	1.966	6839
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.748	5	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.584	24.955	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.561	15	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.498	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	3387
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.2	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.169	3	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.302	4	5033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.382	2	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.186	3	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.269	112
R_work	0.214	1954

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4261	0.01	0.2094	0.5186	-0.0391	0.6164	-0.0109	-0.0263	-0.0433	0.005	0.0216	-0.051	0.0256	-0.0157	-0.0107	-0.0193	-0.0091	0.0041	-0.0438	0.0028	-0.0134	1.9025	19.9616	119.2076
2	0.8462	-0.3719	-0.4012	0.7867	-0.2878	1.7435	0.052	-0.0321	-0.0049	-0.0365	0.0594	-0.0521	-0.1396	0.027	-0.1114	-0.0031	-0.0467	0.0121	-0.0454	-0.0305	-0.0195	8.8667	42.0522	117.1613
3	1.9152	-0.0979	0.5031	0.6684	-0.675	1.1785	-0.1633	0.3727	0.2146	0.0898	0.014	-0.0012	-0.0111	-0.0082	0.1494	-0.0293	-0.0249	-0.0706	-0.0023	0.0507	-0.0492	-17.3957	36.8914	88.6013
4	2.9976	-0.397	0.2237	2.7215	-0.1139	1.6199	0.3014	0.8086	-0.4081	-0.0616	-0.139	0.1944	0.1932	0.5034	-0.1624	-0.0253	0.0516	-0.0603	0.1904	-0.1739	-0.1184	-11.5208	16.9329	78.2506

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 255
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 84
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	27 - 255
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 84

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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