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- PDB-5jgw: Crystal structure of maize AKR4C13 in complex with NADP and acetate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jgw
タイトルCrystal structure of maize AKR4C13 in complex with NADP and acetate
要素Aldose reductase, AKR4C13
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldo-keto reductase superfamily / AKR4C subfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 4C / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo-keto reductase family 4C / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Santos, M.L. / Giuseppe, P.O. / Kiyota, E. / Sousa, S.M. / Schmelz, E.A. / Yunes, J.A. / Koch, K.E. / Murakami, M.T. / Aparicio, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of maize AKR4C13 in complex with NADP and acetate
著者: Sousa, S.M. / Giuseppe, P.O. / Murakami, M.T. / Kiyota, E. / Santos, M.L. / Aparicio, R. / Schmelz, E.A. / Yunes, J.A. / Koch, K.E.
履歴
登録2016年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldose reductase, AKR4C13
B: Aldose reductase, AKR4C13
C: Aldose reductase, AKR4C13
D: Aldose reductase, AKR4C13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,15811
ポリマ－147,0084
非ポリマー3,1517
水2,270126
1
A: Aldose reductase, AKR4C13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5543
ポリマ－36,7521
非ポリマー8022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aldose reductase, AKR4C13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4952
ポリマ－36,7521
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Aldose reductase, AKR4C13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5543
ポリマ－36,7521
非ポリマー8022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Aldose reductase, AKR4C13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5543
ポリマ－36,7521
非ポリマー8022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.654, 115.467, 124.938
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLUGLUAA13 - 31813 - 318
21GLYGLYGLUGLUBB13 - 31813 - 318
12ARGARGGLUGLUAA12 - 31812 - 318
22ARGARGGLUGLUCC12 - 31812 - 318
13GLYGLYGLUGLUAA13 - 31813 - 318
23GLYGLYGLUGLUDD13 - 31813 - 318
14GLYGLYGLUGLUBB13 - 31813 - 318
24GLYGLYGLUGLUCC13 - 31813 - 318
15GLYGLYASPASPBB13 - 31913 - 319
25GLYGLYASPASPDD13 - 31913 - 319
16GLYGLYGLUGLUCC13 - 31813 - 318
26GLYGLYGLUGLUDD13 - 31813 - 318

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Aldose reductase, AKR4C13


分子量: 36751.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: AR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9JVD4
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5 and 25% m/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→84.8 Å / Num. obs: 140645 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 58.146 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.76
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.440.6472.19198.2
2.44-2.610.3823.66199.8
2.61-2.820.2315.81199.7
2.82-3.080.12810199.7
3.08-3.440.06318.13199.5
3.44-3.970.0428.43199.2
3.97-4.850.02640.76199
4.85-6.80.02444.79199.4
6.80.01954.37193.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→84.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.2332 / WRfactor Rwork: 0.1997 / FOM work R set: 0.811 / SU B: 7.391 / SU ML: 0.177 / SU R Cruickshank DPI: 0.2911 / SU Rfree: 0.2186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2452 3609 4.9 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2138 69931 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 156.02 Å2 / Biso mean: 61.697 Å2 / Biso min: 33.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å2-0 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→84.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9752 0 204 126 10082
Biso mean--51.25 51.41 -
残基数----1236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01910209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.029734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.491.97813844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.394322449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.651236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.47123.7454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.019151768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7131575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02111283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7475.8814947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7435.884943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3618.8196174
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A376960.1
12B376960.1
21A380240.08
22C380240.08
31A375640.09
32D375640.09
41B377020.09
42C377020.09
51B381340.08
52D381340.08
61C377020.09
62D377020.09
LS精密化 シェル解像度: 2.302→2.362 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 266 -
Rwork0.295 5011 -
all-5277 -
obs--97.24 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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