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- PDB-5jh2: Crystal structure of the holo form of AKR4C7 from maize -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jh2
タイトルCrystal structure of the holo form of AKR4C7 from maize
要素Aldose reductase, AKR4C7
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldo-keto reductase superfamily / AKR4C subfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


aldose reductase (NADPH) activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 4C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 4C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / Aldose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Giuseppe, P.O. / Santos, M.L. / Sousa, S.M. / Koch, K.E. / Yunes, J.A. / Aparicio, R. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: A comparative structural analysis reveals distinctive features of co-factor binding and substrate specificity in plant aldo-keto reductases.
著者: Giuseppe, P.O. / Santos, M.L. / Sousa, S.M. / Koch, K.E. / Yunes, J.A. / Aparicio, R. / Murakami, M.T.
履歴
登録2016年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldose reductase, AKR4C7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1334
ポリマ－34,6081
非ポリマー5253
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.219, 55.857, 105.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aldose reductase, AKR4C7


分子量: 34608.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2T1W7
#2: 化合物 ChemComp-A2P / ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / 2′,5′-ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0,1 M Tris-HCl, pH, 6.0, 22% m/v PEG4000, 0,1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→52.87 Å / Num. all: 27864 / Num. obs: 27864 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 4.8 % / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.069 / Net I/av σ(I): 6.571 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 134095
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.72-1.814.60.6431.2174.8
1.81-1.9250.3682.1184.1
1.92-2.064.70.213.6189.4
2.06-2.224.60.1425194.9
2.22-2.434.70.1076.4198.1
2.43-2.724.90.0848.1198.9
2.72-3.1450.0699.4199.1
3.14-3.8550.05810.3199.6
3.85-5.4450.05211.7199.8
5.44-49.394.60.03814.1199.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.9データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JH1

5jh1


解像度: 1.72→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.356 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.11
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 1412 5.1 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.17 26401 91.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.65 Å2 / Biso mean: 27.406 Å2 / Biso min: 14.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å2-0 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2015 0 32 192 2239
Biso mean--28.53 37.33 -
残基数----257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8431.9662964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02534719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.865272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.99624.94795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5515359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.993158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02491
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1812.431070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.172.4261069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.863.6271348
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 84 -
Rwork0.346 1399 -
all-1483 -
obs--66.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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